「instamatic」の版間の差分
提供: Eospedia
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== 必要要件 == | == 必要要件 == | ||
* Windows | * Windows | ||
| − | * JEOL TEMCON | + | * Python3 |
| − | * | + | * JEOL TEMを使う場合 |
| + | ** JEOL TEMCON | ||
| + | * シミュレーションモードを使う場合 | ||
| + | ** 特になし | ||
== インストール == | == インストール == | ||
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python setup.py install | python setup.py install | ||
</pre> | </pre> | ||
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| + | == シミュレーションモード == | ||
| + | 実際にTEM、カメラに接続せず、シミュレーションモードで動作させる方法。 | ||
| + | === 初期設定 === | ||
| + | Powershellを開き、instamaticを起動する。 | ||
| + | <pre> | ||
| + | instamatic.exe | ||
| + | </pre> | ||
| + | 初回起動の時は、設定ファイルを格納したディレクトリを自動で作ってくれる。執筆者環境の場合、C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config が作成された。 | ||
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| + | コンフィグが作成されたら、autoconfigで設定を変えられる。 | ||
| + | <pre> | ||
| + | instamatic.autoconfig.exe | ||
| + | </pre> | ||
| + | インタラクティブなプロンプトが表示されるので、適宜答えていく。今回はシミュレーションモードで設定をしてみる。 | ||
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| + | ↓プロンプトでのやりとり | ||
| + | <pre> | ||
| + | PS C:\Users\kttn8> instamatic.autoconfig.exe | ||
| + | Config directory: C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config | ||
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| + | 1: jeol | ||
| + | 2: fei | ||
| + | 3: simulate | ||
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| + | Which microscope can I connect to? [simulate] >> | ||
| + | simulate | ||
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| + | 1: None | ||
| + | 2: gatan | ||
| + | 3: tvips | ||
| + | 4: simulate | ||
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| + | Which camera can I connect to? [simulate] >> | ||
| + | simulate | ||
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| + | 1: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\orius.yaml | ||
| + | 2: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulate.yaml | ||
| + | 3: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulateDLL.yaml | ||
| + | 4: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\timepix.yaml | ||
| + | 5: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-f416.yaml | ||
| + | 6: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-xf416.yaml | ||
| + | 7: None | ||
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| + | Which camera type do you want to use (select closest one and modify if needed)? [None] >> | ||
| + | None | ||
| + | |||
| + | Mode: mag1 | ||
| + | High tension: 200 kV | ||
| + | Current density: 100221.24 pA/cm2 | ||
| + | GunShift(x=57788, y=11163) | ||
| + | GunTilt(x=42281, y=34217) | ||
| + | BeamShift(x=32772, y=30285) | ||
| + | BeamTilt(x=36439, y=255) | ||
| + | ImageShift1(x=37126, y=55930) | ||
| + | ImageShift2(x=42692, y=62856) | ||
| + | DiffShift(x=52452, y=45943) | ||
| + | Stage(x=52584.0, y=-33851.0, z=-8761.0, a=35.0, b=-9.0) | ||
| + | Magnification(value=25000, index=10) | ||
| + | DiffFocus(value=n/a) | ||
| + | Brightness(value=20770) | ||
| + | SpotSize(1) | ||
| + | Saved alignments: ('neutral.yaml',) | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Wrote files config files: | ||
| + | Copy simulate_tem.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_tem.yaml` | ||
| + | Copy simulate_calib.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_calib.yaml` | ||
| + | |||
| + | In `settings.yaml`: | ||
| + | microscope: simulate_tem | ||
| + | calibration: simulate_calib | ||
| + | |||
| + | Todo: Check and update the pixelsizes in `simulate_calib.yaml` | ||
| + | In real space, pixelsize in nm | ||
| + | In reciprocal space, pixelsize in px/Angstrom | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | === 起動方法 === | ||
| + | 調査中。 | ||
2020年4月24日 (金) 00:23時点における版
必要要件
- Windows
- Python3
- JEOL TEMを使う場合
- JEOL TEMCON
- シミュレーションモードを使う場合
- 特になし
インストール
最新版のインストール方法について説明する。
https://github.com/stefsmeets/instamatic より、ソースコードをクローンする。
git clone https://github.com/stefsmeets/instamatic.git cd instamatic
依存ライブラリを記述したrequirements.txtがあるので、pipでそれらをインストールする。
pip install -r requirements.txt
instamaticをPython環境へインストールする。
python setup.py install
シミュレーションモード
実際にTEM、カメラに接続せず、シミュレーションモードで動作させる方法。
初期設定
Powershellを開き、instamaticを起動する。
instamatic.exe
初回起動の時は、設定ファイルを格納したディレクトリを自動で作ってくれる。執筆者環境の場合、C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config が作成された。
コンフィグが作成されたら、autoconfigで設定を変えられる。
instamatic.autoconfig.exe
インタラクティブなプロンプトが表示されるので、適宜答えていく。今回はシミュレーションモードで設定をしてみる。
↓プロンプトでのやりとり
PS C:\Users\kttn8> instamatic.autoconfig.exe
Config directory: C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config
1: jeol
2: fei
3: simulate
Which microscope can I connect to? [simulate] >>
simulate
1: None
2: gatan
3: tvips
4: simulate
Which camera can I connect to? [simulate] >>
simulate
1: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\orius.yaml
2: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulate.yaml
3: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulateDLL.yaml
4: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\timepix.yaml
5: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-f416.yaml
6: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-xf416.yaml
7: None
Which camera type do you want to use (select closest one and modify if needed)? [None] >>
None
Mode: mag1
High tension: 200 kV
Current density: 100221.24 pA/cm2
GunShift(x=57788, y=11163)
GunTilt(x=42281, y=34217)
BeamShift(x=32772, y=30285)
BeamTilt(x=36439, y=255)
ImageShift1(x=37126, y=55930)
ImageShift2(x=42692, y=62856)
DiffShift(x=52452, y=45943)
Stage(x=52584.0, y=-33851.0, z=-8761.0, a=35.0, b=-9.0)
Magnification(value=25000, index=10)
DiffFocus(value=n/a)
Brightness(value=20770)
SpotSize(1)
Saved alignments: ('neutral.yaml',)
Wrote files config files:
Copy simulate_tem.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_tem.yaml`
Copy simulate_calib.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_calib.yaml`
In `settings.yaml`:
microscope: simulate_tem
calibration: simulate_calib
Todo: Check and update the pixelsizes in `simulate_calib.yaml`
In real space, pixelsize in nm
In reciprocal space, pixelsize in px/Angstrom
起動方法
調査中。
