「cryoSPARC」の版間の差分
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== 勉強 == | == 勉強 == | ||
| − | + | === さくっとチュートリアル === | |
| + | T20Sプロテアソームのデータセットでの公式チュートリアルです。 | ||
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| + | https://guide.cryosparc.com/processing-data/cryo-em-data-processing-in-cryosparc-introductory-tutorial | ||
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| + | === 動画でがっつり === | ||
| + | youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。 | ||
https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos | https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos | ||
| − | == | + | == インストール方法 == |
| + | (※ 安永研究室ではすでにcryoSPARCのクラスタが稼働しているので新規インストールは不要です。） | ||
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[https://cryosparc.com/docs/reference/install 公式の説明]にまずは従い、失敗したら[https://discuss.cryosparc.com ディスカッションフォーラム]で類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。 | [https://cryosparc.com/docs/reference/install 公式の説明]にまずは従い、失敗したら[https://discuss.cryosparc.com ディスカッションフォーラム]で類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。 | ||
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| + | こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC | ||
単一の計算機にインストールする場合は、[https://cryosparc.com/docs/reference/install#quick-install Single workstationモードでのインストール]にならえばよいです。 | 単一の計算機にインストールする場合は、[https://cryosparc.com/docs/reference/install#quick-install Single workstationモードでのインストール]にならえばよいです。 | ||
| − | + | cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。 | |
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| + | 経験的には、既存環境へcryoSPARCを入れようとすると問題が起きることが多い印象です。Dockerで環境を用意すれば解放されます。 | ||
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| + | Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。 | ||
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| + | Dockerのswarmモードを使ってcryoSPARCのクラスタを作ることもできます。整理の途中ですがこちらをご覧ください [[DockerでcryoSPARCクラスタ]] | ||
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| + | == [[cryoSPARC tips]] == | ||
| + | cryoSPARCのtipsをまとめます。 | ||
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| + | == [[DockerでcryoSPARCクラスタ]] == | ||
| + | Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。 | ||
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| + | == cryoSPARC使い方 研究室内向け == | ||
| + | 研究室のファイルサーバー内、"マニュアル\単粒子解析\cryoSPARC"に使用方法のドキュメントを置いておきます。(まだ書き途中) | ||
| − | + | == [[cryoSPARCトラブルシューティング]] == | |
| + | 使う過程で発生したトラブルについてできるだけ記録していきます | ||
2020年9月24日 (木) 05:05時点における最新版
目次
勉強
さくっとチュートリアル
T20Sプロテアソームのデータセットでの公式チュートリアルです。
動画でがっつり
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。
https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos
インストール方法
(※ 安永研究室ではすでにcryoSPARCのクラスタが稼働しているので新規インストールは不要です。）
公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。
こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC
単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。
cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。
経験的には、既存環境へcryoSPARCを入れようとすると問題が起きることが多い印象です。Dockerで環境を用意すれば解放されます。
Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。
Dockerのswarmモードを使ってcryoSPARCのクラスタを作ることもできます。整理の途中ですがこちらをご覧ください DockerでcryoSPARCクラスタ
cryoSPARC tips
cryoSPARCのtipsをまとめます。
DockerでcryoSPARCクラスタ
Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。
cryoSPARC使い方 研究室内向け
研究室のファイルサーバー内、"マニュアル\単粒子解析\cryoSPARC"に使用方法のドキュメントを置いておきます。(まだ書き途中)
cryoSPARCトラブルシューティング
使う過程で発生したトラブルについてできるだけ記録していきます
