「RELION」の版間の差分

2021年1月7日 (木) 13:09時点における最新版

2017年現在で、デファクトスタンダードとなっているRELIONに関して、まとめたものです。

導入方法　

RELIONのMacへの導入

RELION2のLinuxへの導入

RELIONチュートリアル

RELIONを使った構造解析に関するチュートリアルサイトです。

RELIONチュートリアル:2.0
RELION3チュートリアル:3.0
RELION3.1チュートリアル:3.1

RELION理論

RELIONのアルゴリズムを通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。

RELION実装

RELIONの実装を通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。

RELION tips

RELIONのtipsをまとめた項になります。

Visual Studio CodeでRELIONのdebug

Visual Studio Codeを使ってRELIONのデバッグ実行をする方法

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-'''RELOION'''のアルゴリズムに関して、整理したページになります。すこしずつまとめたいと思います。
+年現在で、デファクトスタンダードとなっているRELIONに関して、まとめたものです。
-<math>P(\Theta | X, Y) = P(X|\Theta ,Y) P(\Theta |Y)  </math>
+== 導入方法　==
+=== [[RELIONのMacへの導入]]===
+===RELION2のLinuxへの導入===
+* [[ハードウェア]]
+* [[RELION2のUbuntuへの導入]]
+* [[RELION2のCentOSへの導入]]
+* [[RELION2のScientificLinux7への導入]]
-<math>X</math>: 観測されたデータ
+== [[RELIONチュートリアル]]==
-<math>Y</math>: 事前情報
+RELIONを使った構造解析に関するチュートリアルサイトです。
-<math>\Theta</math>：パラメータセット
+ [[RELIONチュートリアル]]:2.0
+ [[RELION3チュートリアル]]:3.0
+ [[RELION3.1チュートリアル]]:3.1
+== [[RELION理論]]==
+[[RELION]]のアルゴリズムを通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。
-尤度の定義：<math>(k, \phi, \Theta(n), Y)</math> が与えられたときの画像<math>X_i</math>となるときの尤度
+== [[RELION実装]]==
+[[RELION]]の実装を通して、三次元再構成の基本を示した頁になります。
-<math>P(X_i | k, \phi, \Theta^{(n)})=</math>
+== [[RELION tips]] ==
+[[RELION]]のtipsをまとめた項になります。
-<math>i</math>: i番目の画像 <math>(n)</math>: n回目 <math>j</math>: フーリエ成分j (2次元フーリエ空間：実験画像２Ｄ） <math>J</math>: フーリエ成分の数 <math>\sigma^{2}_{i}j^{(n)}</math>: ノイズの分散（分解能毎で予測される）、データから推定 <math>\rm{CTF}_{ij}</math>: i番目の画像のフーリエ成分jのCTF（コントラスト伝達関数）の値 <math>l</math>: フーリエ成分l(３次元フーリエ空間：３Ｄマップ） <math>L</math>: フーリエ成分の数 <math>k</math>: k番目の３Ｄマップ <math>\phi</math>: 回転（３自由度）＋平行移動（２自由）
+== [[Visual Studio CodeでRELIONのdebug]] ==
+Visual Studio Codeを使って[[RELION]]のデバッグ実行をする方法
-==== [[RELIONのMacへの導入]]====
-====RELION2のLinuxへの導入====
-===== [[RELION2のUbuntuへの導入]]=====
-=====[[RELION2のCentOSへの導入]]=====
-==== [[RELIONチュートリアル]]====