「mrcImageCTFDetermination」の版間の差分
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル設定: [[mrcImage]](Original Image)</td> | + | <td>入力ファイル設定: [[mrcImage]](FFT)(Original Image)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>参照ファイル設定: [[mrcImage]](CTF)</td> | + | <td>参照ファイル設定: [[mrcImage]](FFT)(CTF)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Optimum | + | <td>出力: Optimum: テキスト<br> |
defocus and amplitude-contrast at minimum point</td> | defocus and amplitude-contrast at minimum point</td> | ||
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
行39: | 行39: | ||
<td>-oC</td> | <td>-oC</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: CTF Information file<br> | + | <td>出力: CTF Information file: テキスト<br> |
Type (-mC)<br> | Type (-mC)<br> | ||
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) <br> | 0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) <br> | ||
行82: | 行82: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>- | + | <td>-AoverP</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP)</td> | <td>AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP)</td> | ||
行275: | 行275: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.00578955 (57, 38, 0)<br> | ||
+ | 2254.49 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 4.13125<br> | ||
+ | 46.4141<br> | ||
+ | 0.554755<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===参照ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Refer-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.73566e-07 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 15.2897 (42, 1, 0)<br> | ||
+ | 1.37251<br> | ||
+ | 2.02492<br> | ||
+ | 0.0242024<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.14785 (31, 100, 0)<br> | ||
+ | 0.151774<br> | ||
+ | 0.45969<br> | ||
+ | 0.00102025<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000002 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -kV=== | ||
+ | ====kV=100で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-kV-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.14785 (21, 99, 0)<br> | ||
+ | 0.153167<br> | ||
+ | 0.46256<br> | ||
+ | 0.00102662<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (18000.000000 0.100000): 0.108409 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038151 -1 0 | ||
+ | 0.038151 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Cs=== | ||
+ | ====Cs=2.0で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Cs-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.14785 (31, 100, 0)<br> | ||
+ | 0.151773<br> | ||
+ | 0.459688<br> | ||
+ | 0.00102025<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000002 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Ain=== | ||
+ | ====Ain=0.01で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Ain-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.14785 (31, 100, 0)<br> | ||
+ | 0.151774<br> | ||
+ | 0.45969<br> | ||
+ | 0.00102025<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000002 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -df=== | ||
+ | ====df=(10000, 20000, 200)で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 1.75148 (0, 84, 0)<br> | ||
+ | 0.150432<br> | ||
+ | 0.452789<br> | ||
+ | 0.00199503<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (17000.000000 0.979999): 1.207176 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.042054 -1 0 | ||
+ | 0.042054 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -AoverP=== | ||
+ | ====AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-AoverP-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.08574 (32, 29, 0)<br> | ||
+ | 0.151839<br> | ||
+ | 0.459873<br> | ||
+ | 0.00184229<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (26000.000000 0.420000): 0.171647 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.036612 -1 0 | ||
+ | 0.036612 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Rmin, -Rmax=== | ||
+ | ====Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-RminRmax-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.26548 (34, 86, 0)<br> | ||
+ | 0.155249<br> | ||
+ | 0.472871<br> | ||
+ | 0.0010495<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000002 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -MaxIter=== | ||
+ | ====MaxIter=1で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-MaxIter-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.34805e-06 (27, 0, 0)<br> | ||
+ | 2.14785 (31, 100, 0)<br> | ||
+ | 1.51774<br> | ||
+ | 0.199936<br> | ||
+ | 0.00140324<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000002 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -mF=== | ||
+ | ====mF=0で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-M0-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 1.76051 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.176051<br> | ||
+ | 0.528153<br> | ||
+ | 0.0011722<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (0.000000 0.000000): 1.760510 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | -1.000000 -1 0 | ||
+ | -1.000000 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | ====mF=3で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mF3-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.1501 (31, 100, 0)<br> | ||
+ | 0.152671<br> | ||
+ | 0.462291<br> | ||
+ | 0.00102602<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.100000): 0.105022 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.037828 -1 0 | ||
+ | 0.037828 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -oC=== | ||
+ | ====oC=1で実行==== | ||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 27000.000000 2.100000 200.000000 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -mW, -mS=== | ||
+ | ====mW=1, mS=1で実行==== | ||
+ | =====他のオプション設定なし===== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mWmS-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.44935 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.092834<br> | ||
+ | 0.283908<br> | ||
+ | 0.000630114<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | =====mF=2で実行===== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mF2-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.15037 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.100113<br> | ||
+ | 0.306998<br> | ||
+ | 0.00068136<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | =====mF=4で実行===== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mF4-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.15038 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.105271<br> | ||
+ | 0.322261<br> | ||
+ | 0.000715235<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | =====mF=5で実行===== | ||
+ | <div>-oP の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mF5-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 1)<br> | ||
+ | 2.15577 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.105303<br> | ||
+ | 0.323788<br> | ||
+ | 0.000718625<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (27000.000000 0.000000): 0.000000 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.038443 -1 0 | ||
+ | 0.038443 0 0 | ||
+ | </pre> |
2013年12月6日 (金) 06:56時点における版
mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage(FFT)(Original Image) | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル設定: mrcImage(FFT)(CTF) | NULL |
-o | 選択 | 出力: Optimum: テキスト defocus and amplitude-contrast at minimum point |
stdout |
-oP | 選択 | 出力: Distribution: mrcImage | NULL |
-oC | 選択 | 出力: CTF Information file: テキスト Type (-mC) |
NULL |
-oF | 選択 | 出力: Result FFT: mrcImage | NULL |
-kV | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
-Cs | 選択 | 球面収差: [mm] | 2.1 |
-Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] | 0.02 |
-W | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-df | 選択 | デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf) | (0.0, 200000, 1000) |
-AoverP | 選択 | AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) | (0.0, 1.0, 0.01) |
-Rmin | 選択 | 最小空間周波数[/A] | 0.0 |
-Rmax | 選択 | 最大空間周波数[/A] | 0.1 |
-mF | 選択 | フィルタタイプ | 1 |
-mW | 選択 | Wight Type | 0 |
-mS | 選択 | Sum Type | 0 |
-mC | 選択 | CTF Information Type | 0 |
-M | 選択 | ref Type | 0 |
-PiselSize | 選択 | ピクセルサイズ [A] | 5 |
-Width | 選択 | Pad Width [pixel] | 120 |
-truePitch | 選択 | True Pitch [A] | 700 |
-dfRef | 選択 | dfRef for ref(firstDf, withinDf) | (70000, 1000) |
-AoverPRef | 選択 | A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) | (0.05, 0.01) |
-MaxIter | 選択 | MaxIteration for ref | 10 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mF の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF補正しない |
1 | 位相のみ: W = CTF/|CTF| |
2 | 積算 : W = CTF |
3 | 積算 : W = 1/CTF |
4 | ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2) |
5 | 積算 : W = CTF^2 |
-mW の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Weight = 1 |
1 | Weight = (|in| + |ref|)/2 |
-mS の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Sigma[Phase(i)] |
1 | Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)] |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 単一イメージでCTF補正 |
1 | Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation. デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。 |
2 | Result FFT (オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0.00578955 (57, 38, 0) 2254.49 (0, 0, 0) |
参照ファイルの画像
最小 最大 |
2.73566e-07 (0, 0, 0) 15.2897 (42, 1, 0) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -kV
kV=100で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (21, 99, 0) |
(18000.000000 0.100000): 0.108409
0.000000 -1 0 0.038151 -1 0 0.038151 0 0
オプション -Cs
Cs=2.0で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -Ain
Ain=0.01で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -df
df=(10000, 20000, 200)で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 1.75148 (0, 84, 0) |
(17000.000000 0.979999): 1.207176
0.000000 -1 0 0.042054 -1 0 0.042054 0 0
オプション -AoverP
AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.08574 (32, 29, 0) |
(26000.000000 0.420000): 0.171647
0.000000 -1 0 0.036612 -1 0 0.036612 0 0
オプション -Rmin, -Rmax
Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.26548 (34, 86, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -MaxIter
MaxIter=1で実行
最小 最大 |
2.34805e-06 (27, 0, 0) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -mF
mF=0で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 1.76051 (0, 0, 0) |
(0.000000 0.000000): 1.760510
0.000000 -1 0 -1.000000 -1 0 -1.000000 0 0
mF=3で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.1501 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.100000): 0.105022
0.000000 -1 0 0.037828 -1 0 0.037828 0 0
オプション -oC
oC=1で実行
27000.000000 2.100000 200.000000 0.000000
オプション -mW, -mS
mW=1, mS=1で実行
他のオプション設定なし
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.44935 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=2で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15037 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=4で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15038 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=5で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15577 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0