「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

2017年3月16日 (木) 00:39時点における最新版

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
(必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある)
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ cd
$ vim .bash_profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記２行を付け加える
$ source .bash_profile

relion2.0のインストール

RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz 
tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar

で解凍します。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

ResMapのインストール

ResMapから実行ファイルをダウンロードします

実行権限が与えられていないので、

chmod +x ResMap-1.1.4-linux64

で権限を与えます。

ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。

(今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します)

まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。

python --version

numpy、scipy、matplotlibをインストールします。

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib

それぞれのバージョンを確認します。

$ python
>>> import numpy
>>> numpy.version.version
>>> import scipy
>>> scipy.version.version
>>> import matlplotlib
>>> matplotlib.__version__

確認できたら、

>>> exit()

で終了しましょう。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

環境設定

例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。

#setup openMPI
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"

# CUDA for RELION
export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"

# Default MOTIONCORR executable
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017"

# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"

# Default ResMap executable
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"

# Default PDF viewer
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"

「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

2017年3月16日 (木) 00:39時点における最新版

目次

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール

必要なライブラリのインストール

cudaのインストール

openmpiのインストール

relion2.0のインストール

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

ResMapのインストール

環境設定

案内メニュー

表示

個人用ツール

案内

検索

ツール

@@ 行1: / 行1: @@
-=== CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール ===
+=== Ubuntu-16.04 LTS へのインストール　===
-現在，RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に，CentOS7.3が持つパッケージのバグにより，MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です．RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると，
+virtual boxを利用する場合は以下URL参照
- localhost.localdomain.5517hfi_wait_for_device: The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out
-のエラーメッセージが出ます．
-https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1408316
-これは，libfabric1.3のバグによるものなので，libfabric1.4へアップグレードすることで回避できます．
+http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
-https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=814957
+====必要なライブラリのインストール====
-から，Fedora用のsrc.rpm(SRPM)を取得し，rpmbuildコマンドでリビルドすることで，インストール可能です．
+ $ sudo apt-get update
+ $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
+ openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev cmake
+====cudaのインストール====
+nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[https://developer.nvidia.com/cuda-downloads NVIDIA website]からインストールしてください
+（PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch]）
+====openmpiのインストール====
-=== Ubuntu16.04 へのインストール　===
-https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
 https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
-https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install
+ 上記URL要約
+ https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
+ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
+ カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
+ (必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある)
+ $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
+ $ make && sudo make install
+ $ cd
+ $ vim .bash_profile
+   >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
+   >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
+ 上記２行を付け加える
+ $ source .bash_profile
+====relion2.0のインストール====
+RELION wikiの[https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install Download & install] のInstallation using apt-getを参照してください
+ インストールできないときは、githubのissuesを参照
+ https://github.com/3dem/relion/issues
+====Motion Correction software(MotionCor2)のインストール====
+UCSFから[http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html MotinoCor2]からファイルをダウンロードします。
+ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
+ gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
+ tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
+で解凍します。
+その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
+====CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール====
+[http://grigoriefflab.janelia.org/ctf Niko's CTFFINDのWebサイト]からファイルをダウンロードします。
+ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
+ gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz
+ tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar
+で解凍します。
+その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
+====ResMapのインストール====
+[http://resmap.sourceforge.net/ ResMap]から実行ファイルをダウンロードします
+実行権限が与えられていないので、
+ chmod +x ResMap-1.1.4-linux64
+で権限を与えます。
+ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。
+(今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します)
+まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。
+ python --version
+numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
+ sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib
+それぞれのバージョンを確認します。
+ $ python
+ >>> import numpy
+ >>> numpy.version.version
+ >>> import scipy
+ >>> scipy.version.version
+ >>> import matlplotlib
+ >>> matplotlib.__version__
+確認できたら、
+ >>> exit()
+で終了しましょう。
+その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
+====環境設定====
+例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br>
+"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
+<pre>
+#setup openMPI
+export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
+export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
+# CUDA for RELION
+export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
+export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
+export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
+# Default MOTIONCORR executable
+export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017"
+# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
+export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"
+# Default ResMap executable
+export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"
+# Default PDF viewer
+export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
+</pre>