「MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する」の版間の差分

2019年8月23日 (金) 09:58時点における最新版

この記事について

Macの場合で、Anaconda3をPython環境として使ってEMAN2をソースからビルドし、EMAN2の仮想環境を構築する方法について書き残しておく。
公式手順は https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA だが、ちょっと違う方法でやってみた。
2019年8月23日実施。

実行環境

Mac mini (Late 2012)
macOS Mojave 10.14.6
XCodeとかCommandLineToolとかはインストール済み

手順

Anaconda3のインストール

インストーラのダウンロードとインストールの実施

https://www.anaconda.com/distribution で Python 3.7 version の 64-Bit Graphical Installer (653 MB) をダウンロード。

Anaconda3-2019.07-MacOSX-x86_64.pkg をダブルクリックしてインストールを実施した。

※ 公式手順ではAnaconda2 (Python2をベースとするAnaconda)だし、EMAN2はPython2依存だが、今回はAnaconda3でPython2仮想環境を用意し、それを使ってビルドする。

EMAN2仮想環境の作成

EMAN2仮想環境作成

Anaconda3インストール後に新規ターミナルを立ち上げて、

> conda create -n eman-env cmake=3.9 python=2.7 -c defaults

上記の様にconda createで python=2.7 とすれば、Python3ベースのAnaconda3でもPython2環境を構築できる。

EMAN2仮想環境へ必要物をインストール

> conda install -n eman-env eman-deps=14 -c cryoem -c defaults -c conda-forge

EMAN2仮想環境への切り替え

> conda activate eman-env

公式( https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA )では "source activate eman-env" となっているが、それは古い情報で、新しいAnacondaでは conda activate コマンドで切り替えられる。

EMAN2のビルドとインストール

ソースコードの用意

Githubからソースを取ってくる。~/SoftwaresにEMAN2を置くことにする。

> cd ~/Softwares
> git clone https://github.com/cryoem/eman2.git

# 2019年8月現在の最新の安定版をチェックアウト
> git checkout v2.3

ビルド

> cd ~/Softwares/eman2
> mkdir build && cd build
> cmake ..
> make -j

makeでものっそい警告吐かれるけど気にしない。

インストール

> make install

~/anaconda3/envs/eman-env/bin/ にEMAN2のプログラムがインストールされる。

テスト

> make test
Running tests...
Test project /Users/kttn/Softwares/eman2/build
    Start 1: imports
1/5 Test #1: imports ..........................   Passed    3.95 sec
    Start 2: test-EMAN2DIR
2/5 Test #2: test-EMAN2DIR ....................   Passed    2.35 sec
    Start 3: nose-tests
3/5 Test #3: nose-tests .......................   Passed   16.21 sec
    Start 4: progs
4/5 Test #4: progs ............................   Passed  145.37 sec
    Start 5: py-compile
5/5 Test #5: py-compile .......................   Passed    5.19 sec

100% tests passed, 0 tests failed out of 5

Total Test time (real) = 173.17 sec

e2display.pyをsambaでマウントしたファイルシステム内のディレクトリで実行したら "IOError: [Errno 45] Operation not supported"が頻発してムカついたが(動作はする)、ローカルのディレクトリでは特に問題が起きなかったので、まぁ良いということにする。あと、e2boxer.pyの挙動が微妙に不安定で嫌な感じだが、とりあえずこれで使ってみることにする。

おまけ

Anaconda3では好きなだけ仮想環境を作ることができる。上記で作ったのは eman-env という名前のEMAN2用仮想環境である。

EMAN2がPython2に依存しているので、EMAN2を使うときには嫌々Python2を使うしかない。普段使い用としては、Python3の仮想環境を作成して使いましょう。

今回はAnaconda3を入れたので、基本となる仮想環境 "base" はPython3環境である。baseをコピーして、普段使い用のPython3環境を作ることにする。

> conda create --name py373 --clone base

これで py373という名前のPython3環境を作れた。

仮想環境の切り替えは conda activate で行う。

# eman-envへの切り替え
(base)
[18:45:25 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
> conda activate eman-env

INFO: eman-deps activation script is making the following environmental changes:
+++ LDFLAGS=
+++ LDFLAGS=
+++ CXXFLAGS=
+++ set +x

# pythonをインタラクティブモードで実行
(eman-env)
[18:45:34 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
> python
Python 2.7.14 |Anaconda, Inc.| (default, Mar 27 2018, 12:28:59)
[GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()

# py373への切り替え
(eman-env)
[18:46:23 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
> conda activate py373

# pythonをインタラクティブモードで実行
(py373)
[18:46:31 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
> python
Python 3.7.3 (default, Mar 27 2019, 16:54:48)
[Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> exit()

現在の仮想環境は、コマンドプロンプトの上側とかに (eman-env) とか (base) とかって感じで表示される。もちろんシェル単位で切り替えられるので、かたやEMAN2用の仮想環境を使いつつ、かたやフツーのPython3仮想環境を使うみたいなことができる。素晴らしかー。

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 == この記事について ==
-* Macの場合で、Anaconda3をPython環境として使ってEMAN2をソースからビルドする方法について書き残しておく。
+* Macの場合で、Anaconda3をPython環境として使ってEMAN2をソースからビルドし、EMAN2の仮想環境を構築する方法について書き残しておく。
 * 公式手順は https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA だが、ちょっと違う方法でやってみた。
 * 2019年8月23日実施。
 == 実行環境 ==
@@ 行8: / 行9: @@
 * macOS Mojave 10.14.6
 * XCodeとかCommandLineToolとかはインストール済み
 == 手順 ==
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 ※ 公式手順ではAnaconda2 (Python2をベースとするAnaconda)だし、EMAN2はPython2依存だが、今回はAnaconda3でPython2仮想環境を用意し、それを使ってビルドする。
-==== condaのアップデート ====
+=== <u>EMAN2仮想環境の作成</u> ===
-ターミナルを開いて、
+==== EMAN2仮想環境作成 ====
+Anaconda3インストール後に新規ターミナルを立ち上げて、
+<pre>
+> conda create -n eman-env cmake=3.9 python=2.7 -c defaults
+</pre>
+上記の様にconda createで python=2.7 とすれば、Python3ベースのAnaconda3でもPython2環境を構築できる。
+==== EMAN2仮想環境へ必要物をインストール ====
 <pre>
-# アップデート
+> conda install -n eman-env eman-deps=14 -c cryoem -c defaults -c conda-forge
-> conda update -n base -c defaults conda
+</pre>
-# バージョン
+==== EMAN2仮想環境への切り替え ====
-> conda --version
+<pre>
-conda 4.7.11
+> conda activate eman-env
 </pre>
-(※ > はコマンドプロンプト）
-=== <u>EMAN2用仮想環境の作成</u> ===
+公式( https://blake.bcm.edu/emanwiki/EMAN2/COMPILE_EMAN2_ANACONDA )では "source activate eman-env" となっているが、それは古い情報で、新しいAnacondaでは conda activate コマンドで切り替えられる。
+=== <u>EMAN2のビルドとインストール</u> ===
+==== ソースコードの用意 ====
+Githubからソースを取ってくる。~/SoftwaresにEMAN2を置くことにする。
 <pre>
-> conda create -n eman-env cmake=3.9 python=2.7 -c defaults
+> cd ~/Softwares
+> git clone https://github.com/cryoem/eman2.git
+# 2019年8月現在の最新の安定版をチェックアウト
+> git checkout v2.3
 </pre>
-上記の様にconda createで python=2.7 とすれば、Python3ベースのAnaconda3でもPython2環境を構築できる。
+==== ビルド ====
+<pre>
+> cd ~/Softwares/eman2
+> mkdir build && cd build
+> cmake ..
+> make -j
+</pre>
+makeでものっそい警告吐かれるけど気にしない。
+==== インストール ====
+<pre>
+> make install
+</pre>
+~/anaconda3/envs/eman-env/bin/ にEMAN2のプログラムがインストールされる。
+==== テスト ====
+<pre>
+> make test
+Running tests...
+Test project /Users/kttn/Softwares/eman2/build
+    Start 1: imports
+/5 Test #1: imports ..........................   Passed    3.95 sec
+    Start 2: test-EMAN2DIR
+/5 Test #2: test-EMAN2DIR ....................   Passed    2.35 sec
+    Start 3: nose-tests
+/5 Test #3: nose-tests .......................   Passed   16.21 sec
+    Start 4: progs
+/5 Test #4: progs ............................   Passed  145.37 sec
+    Start 5: py-compile
+/5 Test #5: py-compile .......................   Passed    5.19 sec
+% tests passed, 0 tests failed out of 5
+Total Test time (real) = 173.17 sec
+</pre>
+e2display.pyをsambaでマウントしたファイルシステム内のディレクトリで実行したら "IOError: [Errno 45] Operation not supported"が頻発してムカついたが(動作はする)、ローカルのディレクトリでは特に問題が起きなかったので、まぁ良いということにする。
+あと、e2boxer.pyの挙動が微妙に不安定で嫌な感じだが、とりあえずこれで使ってみることにする。
+== おまけ ==
+Anaconda3では好きなだけ仮想環境を作ることができる。上記で作ったのは eman-env という名前のEMAN2用仮想環境である。
+EMAN2がPython2に依存しているので、EMAN2を使うときには嫌々Python2を使うしかない。普段使い用としては、Python3の仮想環境を作成して使いましょう。
+今回はAnaconda3を入れたので、基本となる仮想環境 "base" はPython3環境である。baseをコピーして、普段使い用のPython3環境を作ることにする。
+<pre>
+> conda create --name py373 --clone base
+</pre>
+これで py373という名前のPython3環境を作れた。
+仮想環境の切り替えは conda activate で行う。
+<pre>
+# eman-envへの切り替え
+(base)
+[18:45:25 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
+> conda activate eman-env
+INFO: eman-deps activation script is making the following environmental changes:
++++ LDFLAGS=
++++ LDFLAGS=
++++ CXXFLAGS=
++++ set +x
+# pythonをインタラクティブモードで実行
+(eman-env)
+[18:45:34 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
+> python
+Python 2.7.14 |Anaconda, Inc.| (default, Mar 27 2018, 12:28:59)
+[GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] on darwin
+Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
+>>> exit()
+# py373への切り替え
+(eman-env)
+[18:46:23 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
+> conda activate py373
+# pythonをインタラクティブモードで実行
+(py373)
+[18:46:31 ~/workmac01/tmp/eman2-test]
+> python
+Python 3.7.3 (default, Mar 27 2019, 16:54:48)
+[Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] :: Anaconda, Inc. on darwin
+Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
+>>> exit()
+</pre>
+現在の仮想環境は、コマンドプロンプトの上側とかに (eman-env) とか (base) とかって感じで表示される。もちろんシェル単位で切り替えられるので、かたやEMAN2用の仮想環境を使いつつ、かたやフツーのPython3仮想環境を使うみたいなことができる。素晴らしかー。