「分解能解析」の版間の差分
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(ページの作成:「'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。」) |
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'''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。 | '''分解能解析'''は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。 | ||
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| + | 三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。 | ||
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| + | .3dlst.3dFSC: | ||
| + | awk 'BEGIN {srand($(NSEED))} { printf("%10.7f %s\n", rand(), $$0); }' $*.3dlst \ | ||
| + | | sort \ | ||
| + | | awk '{ printf("%s %s %15.6f %15.6f %15.6f %15.6f\n", $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7)}' \ | ||
| + | > $*.3dlst.sort | ||
| + | N1=`wc -l $*.3dlst.sort | awk '{print int($$1/2)}'`; echo $$N1; \ | ||
| + | N2=`wc -l $*.3dlst.sort | awk '{print $$1-int($$1/2)}'`; echo $$N2; \ | ||
| + | head -n $$N1 $*.3dlst.sort > $*.1.3dlst; \ | ||
| + | tail -n $$N2 $*.3dlst.sort > $*.2.3dlst | ||
| + | printf "%s\n%s\n" $*.1.3d $*.2.3d | xargs -L 1 -P 2 make | ||
| + | mrcImageFourierShellCorrelation -i1 $*.1.3d -i2 $*.2.3d -d $(DelR) > $*.3dFSC | ||
2013年5月18日 (土) 02:30時点における版
分解能解析は、三次元像の分解能を解析するための統合コマンドです。
Fourier Shell Correlation
三次元構造解析のための統合コマンド中で、XXX.3dlstが与えられていた場合には、下記の様にランダムに２つのグループに分け、FSCを求めることができます。
NSEED=0
.3dlst.3dFSC:
awk 'BEGIN {srand($(NSEED))} { printf("%10.7f %s\n", rand(), $$0); }' $*.3dlst \
| sort \
| awk '{ printf("%s %s %15.6f %15.6f %15.6f %15.6f\n", $$2,$$3,$$4,$$5,$$6,$$7)}' \
> $*.3dlst.sort
N1=`wc -l $*.3dlst.sort | awk '{print int($$1/2)}'`; echo $$N1; \
N2=`wc -l $*.3dlst.sort | awk '{print $$1-int($$1/2)}'`; echo $$N2; \
head -n $$N1 $*.3dlst.sort > $*.1.3dlst; \
tail -n $$N2 $*.3dlst.sort > $*.2.3dlst
printf "%s\n%s\n" $*.1.3d $*.2.3d | xargs -L 1 -P 2 make
mrcImageFourierShellCorrelation -i1 $*.1.3d -i2 $*.2.3d -d $(DelR) > $*.3dFSC
