「PIONE Webclientチュートリアル」の版間の差分

2014年11月20日 (木) 04:39時点における版

　ここでは、PIONE Webclinetのチュートリアルを行います。PIONEの起動方法よりワークスペースを開いた後の操作について示します。

pione定義書のみで実行

　最も単純な例として、単一のpione定義書のみで"Hello, world!"というメッセージ出力するジョブを実行してみましょう。

まずは下記のワークスペースにてCreate a new jobのボタンを押してジョブを新規作成します。

入力ファイルの登録

続いてpione定義書、パッケージ、入力ファイルなどの登録を行います。今回はpione定義書を１つだけ登録します。登録用のファイルはこちらにあります。下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld.pioneを登録します。

すると、PIONE Packageに登録したpione定義書が表示されます。登録を間違えたときは右側の×ボタンを押せば削除することができます。

この後にStartボタンを押すと、登録したpione定義書やパッケージが動き出し、処理を実行します。

実行結果

処理が完了すると、ページ下部のMessage Logにログが出力され、Result Filesに出力ファイル名が表示され、クリックすることでダウンロードすることができます。

出力ファイル内のoutputディレクトリに出力ファイルが格納されています。また、ログも格納されていますので処理の流れやエラーなどを確認することもできます。このログの内XESファイルはProMというツールを使用して閲覧するためのログです。ログの閲覧方法についてはPIONEチュートリアル-XESをご覧下さい。

output/message.txt内のデータ

Hello, world!

"Hello, world!"というメッセージが出力されています。

入力ファイルとpione定義書で実行

　次は入力ファイルを加えた例を試してみましょう。今回はファイルの各行の値を2倍にしたファイルを出力するジョブを実行してみましょう。登録用のファイルはこちらにあります。

入力ファイルの登録

PIONE PackageにてMultiplying.pione、Input Filesにて/MultiplyingInput/test.inを登録します。

実行結果

Startボタンを押すと、下記のような結果が得られます。

Result Filesのファイルをダウンロードし、inputとoutputを比較してみます。

3
5

6
10

入力ファイルの各行がそれぞれ2倍されています。

パッケージ(.ppg)ファイルで実行

　pione定義書と同様にパッケージファイルでも処理を行うことができます。

入力ファイルの登録

登録用のファイルをこちらにあります。下記のPIONE PackageにてDirect Uploadを押し、ファイルHelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppgを登録します。

実行結果

今回は#pione定義書のみで実行と全く同じ処理ですので、実行結果も変わりません。

パッケージ(.ppg)ファイルで実行(Eosのコマンド)

　入力ファイルを加えてEosのコマンドを実行してみましょう。今回はPIONEチュートリアル#応用１（フローの制御）について最大値の座標を中心にカットするCenterGetプログラムを動かします。

入力ファイルの登録

パッケージファイルとしてこちら(CenterGet(Kinoshita)+v0.0.4.ppg)を、入力ファイルとしてこちら(.mrcファイル)を使用します。

入力ファイル(.mrc)は下記のようなデータです。
mrcファイル1

Min:               0 (0, 0, 0)
Max:         3398.12 (23, 55, 41)
Mean:          72.129
SD:          294.805
SE:         0.368507
Sum:     4.61626e+07

最大値の座標: (23, 55, 41)

mrcファイル2

Min:        -2390.42 (77, 14, 69)
Max:         4374.62 (17, 62, 46)
Mean:         72.1487
SD:           577.82
SE:         0.722275
Sum:     4.61752e+07

最大値の座標: (17, 62, 46)

実行結果

処理が終わると、下記のようなファイルができます。

Result Filesをダウンロードして解凍すると、output内に最大値が中心になるように切り出されたROIファイルとその画像が格納されていますので、確認してみて下さい。

出力ファイル
1VOM.roiの画像

1VOM-N.roiの画像