「Cluster(API)」の版間の差分

2015年3月16日 (月) 09:21時点における最新版

General/Clusterはクラスター解析におけるログのためのAPIです。

定数

バイナリログの読み書きで使用します。

#define CLUSTERLOG_BINARY_FILENAME_FORMAT      "%s.%08d.%08d.%08d"
#define CLUSTERLOG_BINARY_NO_CALCULATION_VALUE (-9999)

構造体

typedef float clusterTypeReal;
typedef short clusterTypeInteger;

ログ（全体）

mrcImageClusterAnalysisのオプション -Logに対応したログデータの構造体です。

管理データ

リスト構造でログデータ（全体）を管理する構造体です。

typedef struct clusterLog {
		clusterLogOneRecord* top;
		clusterLogOneRecord* current;
		clusterLogOneRecord* bottom;
} clusterLog;

ログデータ

ログデータ（全体）の構造体です。

typedef struct clusterLogOneRecord clusterLogOneRecord;
struct clusterLogOneRecord {
		/* Information of this log line in the logfile */
		clusterTypeInteger N;			/* Current N (shrinked array): Definition: N > M */
		clusterTypeInteger M;      		/* Current M : */ 
		clusterTypeInteger prevN;		/* prevN:  N: the nearest pair in the below layer */
		clusterTypeInteger prevM;		/* prevM:  M: */
		clusterTypeReal    distance;	/* Distance between N and M */

		/* Original File Number */
		clusterTypeInteger originalN;
		clusterTypeInteger originalM;

		/* File Number within the below layer */
		clusterTypeInteger firstN;
		clusterTypeInteger firstM;

		clusterLogOneRecord* belowLayerStart;
		clusterLogOneRecord* belowLayer;
		clusterLogOneRecord* belowLayerEnd;

		/* Upper Layer */
		clusterLogOneRecord* upperLayer;

		/* Below Layer */
		clusterLogOneRecord* belowLayerForN;
		clusterLogOneRecord* belowLayerForM;

		/* Including the below layer */
		clusterTypeInteger   clusterSize;	   /* File Number of the cluster */

		/* This Layer */
		clusterTypeInteger   clusterNumber;    /* Cluster Numer of this layer */  
		/* Set the number of the cluster where this log line attributes in a function of clusterLogClusterNumberSet or Set2 */ 

		clusterLogOneRecord* prev; /* previous record */
		clusterLogOneRecord* next; /* Next record */
};

ログ（ノードのみ）

mrcImageClusterAnalysisのオプション -Log2に対応したログデータの構造体です。

管理データ

リスト構造でログデータ（ノードのみ）を管理する構造体です。

typedef struct clusterLog2 {
		clusterLog2OneRecord* top;
		clusterLog2OneRecord* current;
		clusterLog2OneRecord* bottom;
} clusterLog2;

ログデータ

ログデータ（ノードのみ）の構造体です。

typedef struct clusterLog2OneRecord clusterLog2OneRecord;
struct clusterLog2OneRecord {
		// LogFile Information 
		clusterTypeInteger N; 
		clusterTypeInteger M; // N > M: merge N to M
		clusterTypeReal    distance;
		clusterTypeReal    linearCorrelation; 

		// After reading
		clusterTypeInteger clusterNumber; // Cluster Number

		clusterLog2OneRecord* prev;
		clusterLog2OneRecord* next;
};

樹形図

typedef struct clusterTreeInfo clusterTreeInfo;
struct clusterTreeInfo {
	clusterTypeReal posX;
	clusterTypeReal posY;
	clusterTypeReal ShoulderScale;  
	clusterTypeReal ArmScale;  

	clusterTypeReal ArmOffset;

	clusterTypeInteger flagLog;
	clusterTypeInteger flagScaling;

	char** In;
	char** argv;
	clusterTypeReal* InPosY;
	clusterTypeReal* InPosX;
	clusterTypeInteger argc;

	clusterTypeInteger*    clusterSize;	
	clusterTypeInteger*    clusterNumber;

	clusterTypeInteger	currentNo;

	clusterTypeInteger flagFPTTreeInfo;
	FILE* fptTreeInfo;
};

API

ファイル読み込み

ファイルからログデータを読み込み、格納されたデータのポインタを返します。

ASCIIログ（全体）

全データ

extern clusterLog* clusterLogReadAll(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

１データ

extern clusterLogOneRecord* clusterLogRead(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

ASCIIログ（ノードのみ）

全データ

extern clusterLog2OneRecord* clusterLog2Read(clusterLog2* cluster, FILE* fpt, int mode);

１データ

extern clusterLog2* clusterLog2ReadAll(clusterLog2* cluster, FILE* fpt, int mode);

バイナリログ

全データ

extern clusterLog* clusterLogReadAllBinary(clusterLog* cluster, char* basename, int mode);

１データ（filenameは#定数のCLUSTERLOG_BINARY_FILENAME_FORMAT(basename, prevN, prevM, N)のフォーマット）

extern clusterLogOneRecord* clusterLogReadBinary(clusterLog* cluster, clusterTypeInteger* prevN, clusterTypeInteger* prevM, char* filename, int mode);

ファイル書き出し

全てのログデータを書き出す

ASCII

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteAll(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

mrcImage

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteAllBinary(clusterLog* cluster, char* basename, int mode);

バイナリ

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteAllBinary2(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

カレントのログデータを書き出す

cluster->currentのデータをファイルfptへ出力します。(clusterLogOneRecordを使用)

ASCII

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWrite(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

バイナリ

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteBinary2(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

指定した１データを書き出す

ASCII

clusterの１データ分のログをファイルfptへ出力します。

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteOneRecord(clusterLogOneRecord* cluster, FILE* fpt, int mode);

modeにより、ログの出力フォーマットを選択できます。

mode	ログの内容
0	デフォルト(N, M, prevN, prevM, distance)
1	直下のノード情報(below)を付加
2	直下の両ノード情報(belowN, belowM)を付加
3	全体から見たNo.(original)と初期設定のNo.(first)を付加
4	全てのノード情報を付加

バイナリ

clusterの１データ分のログをファイルfptへ出力します。

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteOneRecordBinary2(clusterLogOneRecord* cluster, FILE* fpt, int mode);

modeにより、ログの出力フォーマットを選択できます。（clusterLogWriteOneRecordと同様）

ノードのみの書き出し

extern clusterLogOneRecord* clusterLogWriteClusterOnly(clusterLog* cluster, FILE* fpt, int mode);

PSファイルへの書き出し

extern void clusterLogWritePS(clusterLog* cluster, clusterTreeInfo* linfo, FILE* fpt, int mode);

ログデータ

extern void clusterLogClusterInformationSet(clusterLog* cluster, clusterTypeInteger lastNum, int mode);

modeによりログの設定範囲を設定できます。

mode	ログの設定範囲
0	全体
1	ノードのみ

ログ（全体）

ノードの場合

extern void clusterLogClusterNumberSet(clusterLogOneRecord* bottom, clusterTypeInteger lastClusterNum, int mode);

末端の場合

extern void clusterLogClusterNumberSet2(clusterLog* top, clusterTypeInteger firstClusterNum, int mode);

ログ（ノードのみ）

extern void clusterLogClusterNumberSetForLog2(clusterLog* cluster, clusterTypeInteger lastClusterNum, int mode);

ノード情報の設定

ログデータclusterのノード同士の関係を設定します。

extern void clusterLogBelowLayerPointerSet(clusterLog* cluster, int mode);

クラスターサイズの取得

１データclusterから算出したクラスターサイズを返します。

extern int clusterLogClusterSizeGet(clusterLogOneRecord* cluster, int mode);

クラスターサイズの設定

各クラスターサイズを算出し、clusterSizeへ格納します。

extern void clusterLogClusterSizeSet(clusterLog* cluster, int mode);

距離の取得

ログclusterから距離を得て戻り値のメンバdistanceへ格納します。

extern clusterLogOneRecord* clusterLogGetDistance(clusterLog* cluster, clusterTypeInteger N, clusterTypeInteger M, clusterTypeInteger clusterNum, clusterTypeReal* data);

bottomの取得

ログデータclusterのbottomを返します。

extern clusterLogOneRecord* clusterLogBottomGet(clusterLog* cluster, int mode);

bottomの設定

ログデータclusterのbottomをcluster->bottomへ格納します。

extern void clusterLogBottomSet(clusterLog* cluster, int mode);

ノードのみから全体への変換

ノードのみのログcluster2を変換し、全体のログとしたデータを返します。

extern clusterLog*  clusterLogTransformLog2ToLog(clusterLog2* cluster2, clusterTypeInteger lastNum, int mode);

初期化

ログ（全体）

extern clusterLog* clusterLogInit(clusterLog * cluster, int mode); 
extern clusterLogOneRecord* clusterLogInitOneRecord(clusterLogOneRecord * cluster, int mode);

ログ（ノードのみ）

extern clusterLog2* clusterLog2Init(clusterLog2 * cluster, int mode); 
extern clusterLog2OneRecord* clusterLog2InitOneRecord(clusterLog2OneRecord * cluster, int mode);

@@ 行204: / 行204: @@
   extern void clusterLogClusterInformationSet(clusterLog* cluster, clusterTypeInteger lastNum, int mode);
 modeによりログの設定範囲を設定できます。
-<table>
+<table border=1>
 	<tr>
 		<th>mode</th>

「Cluster(API)」の版間の差分

2015年3月16日 (月) 09:21時点における最新版

目次

定数

構造体

ログ（全体）

管理データ

ログデータ

ログ（ノードのみ）

管理データ

ログデータ

樹形図

API

ファイル読み込み

ASCIIログ（全体）

ASCIIログ（ノードのみ）

バイナリログ

ファイル書き出し

全てのログデータを書き出す

ASCII

mrcImage

バイナリ

カレントのログデータを書き出す

ASCII

バイナリ

指定した１データを書き出す

ASCII

バイナリ

ノードのみの書き出し

PSファイルへの書き出し

ログデータ

ログ（全体）

ログ（ノードのみ）

ノード情報の設定

クラスターサイズの取得

クラスターサイズの設定

距離の取得

bottomの取得

bottomの設定

ノードのみから全体への変換

初期化

ログ（全体）

ログ（ノードのみ）

案内メニュー

検索