「NAMD」の版間の差分

2017年12月18日 (月) 05:29時点における版

'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。

PDBファイルの取得

　水を除く

PSFファイルの作成

VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder

　Step-1: Input and Output Files

　分子の選択：Molecule
  output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)

　 Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） 　 Load input filesを押す 　Step-2:

  Everything(default)
  Guess and split chains using current selections を押す
 Step-3:
  チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う

　　Create chainsを押す 　Step-4:

  patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。

　 Apply patches and finish PSF/PDB. を押す

　I'm feeling lucky を押すと終了する 　　うまくいかない場合もあるので、洒落です。

水の付加

 VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box

 もとになるPSF/PDBの読み込み

　　Rotate to minimize volume をチェック 　　 　10/all　

 Output: 出力ファイルのベースネームを入力

　Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) 　Boundary: 2.4 （そのままでよい） 　Box Size:

  Min
  Max
  VMDの上で、分子の大きさは確認できる

　Solvateを押す

namd.confの編集

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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf 
coordinates        dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb

set temperature    310
set outputname     dnaW_eq+HOH

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
#parameters          par_all27_prot_lipid.inp 
#parameters          par_all22_prot_na.inp 
parameters          charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    200.0,0.0,0.0
cellBasisVector2     0.0,200.0,0.0
cellBasisVector3     0.0,0.0,240.0
cellOrigin           14.0,0.0,-20.0

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX        45
#PMEGridSizeY        45
#PMEGridSizeZ        48


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       yes 
 
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature 


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             100
xstFreq             100 
outputEnergies      100
outputPressure      100

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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize            100
reinitvels          $temperature

run 2500 ;# 5ps