「NAMD」の版間の差分
提供: Eospedia
(→PDBファイルの取得) |
(→PSFファイルの作成) |
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==PSFファイルの作成== | ==PSFファイルの作成== | ||
| − | VMD を利用 | + | === VMD を利用 === |
| − | + | PDBファイルの読み込み | |
| + | |||
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder | Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder | ||
| − | + | ==== Step-1: Input and Output Files ==== | |
分子の選択：Molecule | 分子の選択：Molecule | ||
output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの) | output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの) | ||
Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） | Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） | ||
Load input filesを押す | Load input filesを押す | ||
| − | + | ==== Step-2: Selections to include in PSF/PDB | |
| − | Everything(default) | + | Everything(default) (ここで、たんぱく質(protein)と核酸(Nucleic acid)の選択も可能) |
Guess and split chains using current selections を押す | Guess and split chains using current selections を押す | ||
| − | + | 内部にはいっているチェーンがStep-3のウィンドウで確認できる | |
| + | ２本鎖ＤＮＡの場合は，2つのチェーンが確認できます. | ||
| + | 編集したい場合は、こちらで編集 | ||
| + | |||
| + | ==== Step-3: ==== | ||
チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う | チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う | ||
Create chainsを押す | Create chainsを押す | ||
| − | + | ==== Step-4: ==== | |
patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。 | patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。 | ||
Apply patches and finish PSF/PDB. を押す | Apply patches and finish PSF/PDB. を押す | ||
| 行39: | 行44: | ||
I'm feeling lucky を押すと終了する | I'm feeling lucky を押すと終了する | ||
うまくいかない場合もあるので、洒落です。 | うまくいかない場合もあるので、洒落です。 | ||
| − | |||
== 水の付加 == | == 水の付加 == | ||
2017年12月18日 (月) 05:51時点における版
'NAMD'の利用の仕方をまとめておきます。
目次
PDBファイルの取得
データベースからダウンロード
データベース先：https://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
psfファイルを作成する際に、水を除いておく必要がある。
PDBファイルを詠み込んで、分子を選択した後，File -> Save Coordinatresで保存 このとき、
selected atoms: を設定する selected atoms: protein （タンパク質のみ選択） selected atoms: nucleic (DNAのみを選択） selected atoms: not water (水以外を選択) selected atoms: not water and not protein (水とタンパク質以外を選択)
File type: PDB Save ボタンで保存
PSFファイルの作成
VMD を利用
PDBファイルの読み込み
Extensions -> Modeling -> Automatic PSF Builder
Step-1: Input and Output Files
分子の選択：Molecule output basename: 出力ファイルのベースネーム(.pdb/.psfを除いたもの)
Topologyファイルの選択（通常はデフォールトでよい） Load input filesを押す ==== Step-2: Selections to include in PSF/PDB
Everything(default) (ここで、たんぱく質(protein)と核酸(Nucleic acid)の選択も可能) Guess and split chains using current selections を押す
内部にはいっているチェーンがStep-3のウィンドウで確認できる ２本鎖ＤＮＡの場合は，2つのチェーンが確認できます. 編集したい場合は、こちらで編集
Step-3:
チェーン（共有結合でつながっているもの）の編集が必要なら行う
Create chainsを押す
Step-4:
patch(つなぎ合わせ)が必要なら行う。
Apply patches and finish PSF/PDB. を押す
I'm feeling lucky を押すと終了する うまくいかない場合もあるので、洒落です。
水の付加
VMD -> Extensions -> Modeling -> Add Solvate Box
もとになるPSF/PDBの読み込み
Rotate to minimize volume をチェック 10/all
Output: 出力ファイルのベースネームを入力
Segment ID Prefix: WT (そのままでよい) Boundary: 2.4 （そのままでよい） Box Size:
Min Max VMDの上で、分子の大きさは確認できる
Solvateを押す
namd.confの編集
############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.psf coordinates dna-HOH+H_autopsf+HOH.pdb.pdb set temperature 310 set outputname dnaW_eq+HOH firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on #parameters par_all27_prot_lipid.inp #parameters par_all22_prot_na.inp parameters charmm/test/data/par_all36_na_mod.prm temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 200.0,0.0,0.0 cellBasisVector2 0.0,200.0,0.0 cellBasisVector3 0.0,0.0,240.0 cellOrigin 14.0,0.0,-20.0 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 100 xstFreq 100 outputEnergies 100 outputPressure 100
############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 2500 ;# 5ps
