「CTF estimationジョブのSTARファイル」の版間の差分
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(ページの作成:「== micrographs_ctf.star == CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。 (特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になって...」) |
(→micrographs_ctf.star) |
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| − | + | | _rlnMicrographName | |
| CTF推定に使用した画像ファイルのパス。 | | CTF推定に使用した画像ファイルのパス。 | ||
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| − | + | | _rlnCtfImage | |
| パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル 。 | | パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル 。 | ||
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| − | + | | _rlnDefocusU | |
| Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 | | Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 | ||
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| − | + | | _rlnDefocusV | |
| Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 | | Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 | ||
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| − | + | | _rlnCtfAstigmatism | |
| 対物非点収差の大きさ[Å]。|_rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。 | | 対物非点収差の大きさ[Å]。|_rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。 | ||
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| − | + | | _rlnDefocusAngle | |
| 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。 | | 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。 | ||
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| − | + | | _rlnVoltage | |
| 加速電圧[kV] | | 加速電圧[kV] | ||
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| − | + | | _rlnSphericalAbberation | |
| 対物レンズの球面収差係数[mm] | | 対物レンズの球面収差係数[mm] | ||
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| − | + | | _rlnAmplitudeContrast | |
| コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。 | | コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。 | ||
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| − | + | | _rlnMagnification | |
| 撮影倍率 | | 撮影倍率 | ||
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| − | + | | _rlnDetectorPixelSize | |
| 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel] | | 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel] | ||
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| − | + | | _rlnCtfFigureOfMerit | |
| 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。 | | 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。 | ||
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| − | + | | _rlnCtfMaxResolution | |
| Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å] | | Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å] | ||
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2019年5月20日 (月) 06:13時点における版
micrographs_ctf.star
CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。
(特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になっています。以下の例では諸事情によりjob007になっています。)
# RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnMicrographName #1 _rlnCtfImage #2 _rlnDefocusU #3 _rlnDefocusV #4 _rlnCtfAstigmatism #5 _rlnDefocusAngle #6 _rlnVoltage #7 _rlnSphericalAberration #8 _rlnAmplitudeContrast #9 _rlnMagnification #10 _rlnDetectorPixelSize #11 _rlnCtfFigureOfMerit #12 _rlnCtfMaxResolution #13 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00021_frameImage.ctf:mrc 10407.339844 10826.280273 418.940430 2.460000 200.000000 1.400000 0.100000 10000.000000 0.885000 0.103875 4.632000 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00022_frameImage.ctf:mrc 9827.610352 9610.309570 217.300781 88.230003 200.000000 1.400000 0.100000 10000.000000 0.885000 0.129368 3.402000 (以下略)
無名データレコードからなるファイルで、CTF推定のパラメータと、推定結果について記述されています。
各ラベルの内容は次の通りです。
| ラベル名 | 説明 |
|---|---|
| _rlnMicrographName | CTF推定に使用した画像ファイルのパス。 |
| _rlnCtfImage | パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル 。 |
| _rlnDefocusU | Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 |
| _rlnDefocusV | Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。 |
| _rlnCtfAstigmatism | _rlnDefocusU - _rlnDefocusV| で定義される。 |
| _rlnDefocusAngle | 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。 |
| _rlnVoltage | 加速電圧[kV] |
| _rlnSphericalAbberation | 対物レンズの球面収差係数[mm] |
| _rlnAmplitudeContrast | コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。 |
| _rlnMagnification | 撮影倍率 |
| _rlnDetectorPixelSize | 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel] |
| _rlnCtfFigureOfMerit | 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。 |
| _rlnCtfMaxResolution | Thonリングがノイズに対して有意に存在するとみなせる最大の分解能[Å] |
