「3D auto-refineのSTARファイル」の版間の差分
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| − | FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで) | + | FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)はSNRが1を下回らない最大の空間周波数的なものを分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。 |
2019年6月2日 (日) 08:49時点における版
_data.star
3D classificationのSTARファイルとほぼ一緒ですが、_rlnRandomSubset なるラベル名が追加されています。その単粒子がどちらのハーフセットに分けられたかを示す番号(1 or 2)です。
_model.star
gold-standard法によりFourier Shell Correlationが算出され、data_model_class_1データブロックに rlnGoldStandardFscというラベル名で記録されています。
run_model.star(最終イテレーション)のSNR(rlnSsnrMap)とFSCを空間周波数に対してプロットしてみます。
FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)はSNRが1を下回らない最大の空間周波数的なものを分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。
