「File Formats and Other Documentation」の版間の差分

2022年12月30日 (金) 06:14時点における版

Image Metadata Files

SerialEMは、画像のメタデータをIMOD "autodoc" フォーマットでテキストファイルに保存する。この形式は、キーワードと値のペアをセクションと呼ばれるブロックに整理したものである。このセクションには、さまざまな種類のデータが含まれているが、 SerialEMのファイルでは、基本的に1種類のセクションしか使用しない。セクションは、大括弧付きのキーと値のペアで始まります。

 [セクションタイプ = 名前]

ここで、セクションの「名前」または値は通常，ユニークに設定するが、 IMOD autodocリーダーではそうである必要はない。

セクションヘッダ以下の行は、次のような形式で表現される。

キー = 値

そのセクションに関連するデータを提供する。さらに、キーと値のペアは、セクション・ヘッダの前のファイルの最初に記載することもでき、これらはグローバル値として参照される。

すべての値はオートドキュメントファイルにテキスト文字列として保存されるが、特定の種類の情報を期待するソフトウェアは、これらの文字列を1つまたは複数の浮動小数点または整数値に変換することがよくある。

IMOD ライブラリ libcfshr の autodoc モジュールには、1 つ、2 つ、3 つ、または多数の浮動小数点または整数値をファイルの指定セクションに格納または取得するための関数が含まれている。 autodoc形式がSerialEMに選ばれた理由は、このライブラリがすぐに利用できること、このような関数を利用すると便利なこと、IMODのautodoc読込み機能との互換性があること、などである。

SerialEMが生成する画像関連autodocファイルには2種類ある。

1) ".mdoc "ファイルは、MRCファイルに関するデータを提供し、画像ファイルと同じ名前ですが、拡張子が".mdoc "になっています。セクションタイプは "ZValue "で、各セクションの名前はファイル内の画像のZ値で、0から順に番号が付けられている。

2) 一連の単一画像TIFFファイルをMRCファイルと同様に扱うための情報を提供する".idoc "ファイル。ここでのセクションタイプは "Image "で、各セクションの名称はTIFFファイルの名称である。

グローバルデータは、MRCファイルのヘッダーにある情報の一部を複製したものである。また、MRCファイルのタイトルは "T "型のセクションヘッダに格納されます。

SerialEMが使用するIMODライブラリは、HDFファイルのメタデータにアクセスするために同じ内部オートドック構造を使用する。したがって、これらのメタデータ情報をすべてautodoc形式のテキストファイルに抽出することは、次のようなコマンドで簡単にできる。

extracttilts -attr filename.hdf filename.hdf.mdoc

のようなコマンドで、これらのメタデータ情報をオートドック形式のテキストファイルに抽出することができる。

Global Data

Global Data
DataMode	MRC file mode
ImageSize	X and Y size of images
Montage	1 if the file is a montage
ImageSeries	1 for an .idoc file describing a series of single-image files
ImageFile	In a .mdoc file, contains the name of the image file
PixelSpacing	Pixel spacing in Angstroms that would be in MRC header (or in 1/Angstroms for diffraction images)

Section Data

Section Data
TiltAngle	Tilt angle in degrees
PieceCoordinates	Pixel coordinates in X and Y and section Z value for montage piece
StagePosition	X and Y stage position in microns
StageZ	Z stage position in microns
Magnification	"Film" magnification value
CameraLength	Camera length in mm for image in diffraction mode
MagIndex	Magnification index
Intensity	Raw intensity value between 0 and 1
SuperMontCoords	X and Y pixel coordinates of frame in a supermontage
PixelSpacing	Pixel spacing in Angstroms for individual image (or in 1/Angstroms for diffraction image)
ExposureDose	Dose on specimen during camera exposure in electrons/sq. A
DoseRate	Dose rate to the camera, in electrons per physical pixel per second
SpotSize	Microscope spot size
Defocus	Relative defocus readout from microscope (microns)
TargetDefocus	Current target for autofocus (microns)
ImageShift	X and Y image shift in basic units (close to microns)
RotationAngle	Rotation of image from having tilt axis along X axis (CCW +)
ExposureTime	Image exposure time
Binning	Image binning on the camera
UsingCDS	1 if image was taken with CDS mode on
CameraIndex	Index of the CameraProperties section for the camera used
DividedBy2	1 if image was divided by 2
RotationAndFlip	RotationAndFlip property of K2 or K3 camera
LowDoseConSet	Control set index plus 1 if image taken in Low Dose, or negative of index if not in Low Dose (index 0-6 for View, Focus, Trial, Record, Preview, Search, Mont-map; 7 for tracking, 8 for montage)
MinMaxMean	Minimum, maximum, and mean value for this image
PriorRecordDose	For an image in a tilt series taken in Low Dose mode, the cumulative dose in the Record area prior to this image, including Record and Preview images and View i	mages taken in tasks
XedgeDxy	Edge displacement in X and Y for montage piece to the right of this piece
YedgeDxy	Edge displacement in X and Y for piece above this piece
XedgeDxyVS	Edge displacement for piece to right, computed with very sloppy option
YedgeDxyVS	Edge displacement for piece above, computed with very sloppy option
StageOffsets	minus the nominal stage position of the piece.
AlignedPieceCoords	Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option off.
AlignedPieceCoordsVS	Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option on.
SubFramePath	Directory or file in which subframes of exposure were stored
NumSubFrames	Number of subframes stored
FrameDosesAndNumbers	Dose per frame in electrons per square Angstrom followed by number of frames at that dose; variable-sized frame sums will have multiple pairs of such values
DateTime	Time and date of image acquisition; the format of the date is dd-Mon-yy regardless of locale.
NavigatorLabel	Label of Navigator item, added if Acquire at Items is being run and a tilt series is not
FilterSlitAndLoss	Energy filter slit width and energy loss if slit is in, 0 0 otherwise
ChannelName	Detector name for a STEM image
MultishotHoleAndPosition	Hole identifier and position within hole when taking multiple record images; peripheral positions are numbered from 1 and the center is numbered 0. For a regular pattern, hole identifiers are a pair of numbers relative to the center of the pattern; for a custom pattern, they are simply numbers starting at 1.
CameraPixelSize	For diffraction image, the size of the image pixel on the camera in microns, namely the physical chip pixel size times the binning.
Voltage	High voltage in kV for diffraction image.

Direct Electron Specific Section Data

DE12-CameraPosition ||Whether camera was retracted or inserted DE12-ProtectionCoverMode ||Whether protection cover is kept open or open and closed for this shot DE12-ProtectionCoverOpenDelay(ms) ||Delay after opening prtection cover DE12-TemperatureDetector(C) ||Detector temperature DE12-FaradayPlatePeakReading(pA/cm2) ||Current reading from Faraday plate during exposure

Direct Electron Specific Section Data
DE12-ServerSoftwareVersion	Server software version
DE12-PreexposureTime(s)	Pre-exposure time
DE12-TotalNumberOfFrames	Total number of frames in acquisition
DE12-FramesPerSecond	Frame rate in frames per second
DE12-SensorModuleSerialNumber	Serial number of sensor
DE12-SensorReadoutDelay(ms)	Delay before starting to read out sensor during exposure
DE12-IgnoredFramesInSummedImage	Number of frames ignored in a summed image

Additional Data in MontSection


Additional Data in MontSection
FullMontSize	Full size of montage in X and Y if all pieces are present
BufISXY	Image shift associated with overview buffer
ProbeMode	1 for microporbe, 0 for nanoprobe
MoveStage	1 if for a stage montage
ConSetUsed	Control set used for the montage (0 = View, 3 = Record, 5 = Search, 6 = MontMap
MontBacklash	The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center
ValidBacklash	The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center or doing a zigzag pattern
DriftSettling	Drift settling in control set used
CameraModes	Shutter mode and read mode
FocusOffset	Focus offset for low dose View or Search, assigned to map item DefocusOffset if a map is made
NetViewShifts	Image shift offsets for low dose View or Search
ViewBeamShifts	Beam shift offsets for low dose View or Search
ViewBeamTilts	Incremental beam tilts for low dose View or Search
ViewDefocus	Focus offset for low dose View or Search, assigned to image buffer when reading in
Alpha	Alpha value on JEOL
FilterState	0/1 if slit is out/in, and slit width

Navigator File for serialEM

SerialEM Navigator　Fileに関する説明になります。

下記の翻訳に　なります。 [https://bio3d.colorado.edu/SerialEM/stableHlp/html/about_formats.htm#navigator ]

SerialEM 3.6では、Navigatorの出力が1項目につき1行のタブ区切り形式からオートドック形式に変更され、代わりにXMLとして出力するオプションが追加されている。 XMLやautodocファイルは、以前のバージョンのタブ区切りファイルと同様に、読み挙げることができる。

グローバル・データは2行あります。

 AdocVersion = x.xx
 LastSavedAs = xy.nav

という2行のグローバルデータがあり、2行目は最後に保存したときのファイルの完全な絶対パスとファイル名である。

次に、各項目は'Item'タイプのセクションにあり、そのラベル文字列を値として持つ。

次の表は、セクションに出現するすべてのキー、期待される値の種類、それが必須かどうか、必須でない場合はどのようなデフォルト値が設定されるかを示したものである。

Navigation File Section Data

TSstartEndAngles ||Two Floats ||-1.e8,-1.e8 mTSstartAngle, mTSendAngle Starting and ending angles of range for tilt series item TSbidirAngle ||Float ||-1.e8 ||mTSbidirAngle ||Bidirectional starting angle for tilt series item LocalErrXY ||Two Floats ||0,0 ||mLocalRealiErrX/Y ||Error in second round of realign operation NetViewShiftXY ||Two Floats ||0,0 ||mNetViewShiftX/Y ||Net IS offset for a View image map MapAlpha ||Integer ||-999 ||mMapAlpha ||JEOL alpha value ViewBeamShiftXY ||Two ||Floats ||0,0 ||mViewBeamShiftX/Y ||Incremental beam shift to apply for a View map ViewBeamTiltXY ||Two ||Floats ||0,0 ||mViewBeamTiltX/Y ||Incremental beam tilt to apply for a View map M|apProbeMode ||Integer ||-1 ||mMapProbeMode ||Probe mode (0 for nano, 1 for micro)

Key	Type of value	Default value, or Required	CMapDrawItem member(s)	Description
Color	Integer	Req	mColor	Color index (0-5)
StageXYZ	Three Floats	Req (unless external)	mStageX/Y/Z	Stage position adjusted for current mag
NumPts	Integer	Req	mNumPoints	Number of points
Corner	Integer	0	mCorner	Flag for corner point
Draw	Integer	1	mDraw	Flag to draw
RegPt	Integer	0	mRegPoint	Registration point number
Regis	Integer	Req	mRegistration	Registration at which item exists
Type	Integer	Req	mType	Type: 0-2 for point, polygon, map
Note	String	blank	mNote	Note string
GroupID	Integer	0	mGroupID	ID of group thatitem belongs to
PolyID	Integer	0	mPolygonID	ID of polygon used to define supermontage
FitToPolygonID	Integer	0	mFitToPolygonID ID of polygon that this montage map was fit to
Imported	Integer	0	mImported	Indicator of an imported map or point drawn on one
RegisteredToID	Integer	0	mRegisteredToID	For an imported map, ID of map that it was registered to for transforming
SuperMontXY	Two Integers	-1,-1	SuperMontX/Y	Camera coordinate of a montage in supermontage
OrigReg	Integer	Regis	mOriginalReg	Original registration (default is Registration)
DrawnID	Integer	0	mDrawnOnMapID	ID of map point/polygon was drawn on
BklshXY	Two Floats	0,0	mBacklashX/Y	Backlash when a montage was taken or associated with item
SamePosId	Integer	0	mAtSamePosID	Items with this matching were taken at same raw stage position
RawStageXY	wo Floats	-10000,-10000	mRawStageX/Y	Raw stage position before adjustments
Acquire	Integer	0	mAcquire	Flag for acquiring
PieceOn	Integer	-1	mPieceDrawnOn	Index of montage piece item was drawn on (piece_#_in_X * #_of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y), or index of nearest piece if item is on a missing piece, in which case XYinPc will not be written to file.
XYinPc	Two Floats	-1,-1	mX/YinPiece	X,Y coordinates in the montage piece, in right-handed pixels of stored montage
MapFile	String	Req if Map	mMapFile	Full or relative path of map file (see Read & Open)
MapID	Integer	Req if Map	mMapID	Unique ID (all items get one, not just maps)
FocusAxisPos Float	-1.e8	mFocusAxisPos	Stored position of Focus area on inter-area axis
LDAxisAngle	Two integers	0,0	mRotateFocusAxis, mFocusAxisAngle	First value: 1 to rotate inter-area axis from tilt axis, 0 not to; second value: angle of rotation
FocusOffsets	Two Floats	0,0	mFocusX/Yoffset	Offset of focus subarea in X and Y in unbinned pixels (Y inverted)
HoleArray	Two integers	0,0	mNumX/Yholes	# of positions in X and Y for multiple Record
SkipHoles	List of integers	none	mSkipHolePos	Pairs of X,Y indexes for positions to skip from that array specified in HoleArray. Positions are numbered from 0 at lower-left in stage coordinates
TargetDefocus	Float	-1.e8	mTargetDefocus	Target defocus for Acquire or tilt series item
FileToOpen	String	none	mFileToOpen	Name of file to open for Acquire or tilt series item
TSParamIndex	Integer	-1	mTSParamIndex	Index of into parameter array for tilt series
MontParamIndex	Integer	-1	mMontParamIndex	Index into array of parameters for montages to open
FilePropIndex	Integer	-1	mFilePropIndex	Index into array of file options for file to open
MapMontage	Integer	Req if Map	mMapMontage	Flag that map is a montage
MapSection	Integer	Req if Map	mMapSection	Section number in file
MapBinning	Integer	Req if Map	mMapBinning	Binning at which map was taken, or of initial overview map image for montage
MapMagInd	Integer	Req if Map	mMapMagInd	Magnification index of map, or of non-map image a point or polygon was drawn on
MapCamera	Integer	Req if Map	mMapCamera Camera index
MapScaleMat	Four Floats	Req if Map	mMapScaleMat	Stage to pixel scale matrix for drawing, based on pixels of initial map image. For montage, needs to be adjusted by ratio of currently loaded map width/height to initial map width/height
MapWidthHeight	Two Integers	Req if Map mMapWidth/Height	Size of initial map image at which scale matrix was defined
MapMinMaxScale	Two Floats	0,0	mMapMin/MaxScale	Min and max scale values of image when map was defined
MapFramesXY	Two Integers	0,0	mMapFramesX/Y	Number of montage frames when acquired
MontBinning	Integer	0	mMontBinning	Actual binning of montage used to make the map
MapExposure	Float	0.	mMapExposure	Exposure time for original map images
MapSettling	Float	0.	mMapSettling	Drift settling
ShutterMode	Integer	-1 mShutterMode	Shutter mode
K2ReadMode	Integer	0 mK2ReadMode	Read mode for K2/K3 camera
MapSpotSize	Integer	0	mMapSpotSize	Spot size at which map was taken
MapIntensity	Double	0	mMapIntensity	Intensity at which map was taken
MapSlitIn	Integer	0	mMapSlitIn	Filter slit state when map was taken
MapSlitWidth	Float	-1.	mMapSlitWidth	Filter slit width when map was taken
RotOnLoad	Integer	0	mRotOnLoad	Flag to rotate when load
RealignedID	Integer	0	mRealignedID	ID of lower mag map with nearby realign error
RealignErrXY	Two Floats	0,0	mRealignErrX/Y	Final stage error of that realign operation
RealignReg	Integer 0	mRealignReg	Original registration of that realign
ImageType	Integer	0	mImageType	Map file type 0-3 for MRC, IMOD, TIFF, IDOC
MontUseStage	Integer	-1	mMontUseStage	1 if montage was taken with stage, 0 if not, -1 if unknown
DefocusOffset	Float	0.	mDefocusOffset	Defocus offset for map based on View images
K2ReadMode	Integer	0	mK2ReadMode	Read mode for K2/K3 camera
MapLDConSet	Integer	-1	mMapLowDoseConSet	Set # (0-4) used for map taken in low dose
MapTiltAngle	Float	-10000.	mMapTiltAngle	Tilt angle at which map was taken
PtsX	NumPts Floats	Req	mPtX	X stage cordinates of points
PtsY	NumPts Floats	Req	mPtY	Y stage cordinates of points
UserValueN	String	none	mUserValueMap	Arbitrary value set by script; N is # (currently1-8)
BaseMarkerShift - a section containing a stored shift from Shift to Marker (names are from BaseMarkerShift structure).
FromMag	Integer		fromMagInd	Mag index of map item was marked on
ToMag	Integer		toMagInd	Mag index of image with marker point
ShiftX	Float		shiftX	X component of shift in microns
ShiftY	Float		shiftY	Y component of shift in microns
T\|SParam - a section containing tilt series parameters. See TiltSeriesParam.h in the source code for a description of each item.
MontParam - a section containg montage parameters. See MontageParam.h in the source code for a description of each item.
FileOptions - a section containing properties for opening a file. See FileOptions.h in the source code in case this has descriptions.

外部で定義されたNavigatorアイテムのインポート

map上の画像座標で位置を指定したアイテムをNavigatorファイルに追加し、SerialEMにステージ座標への変換をさせることができる。 StageXYZエントリーの代わりに、アイテムは以下のいずれかのエントリーを持つことができる。

CoordsInMap - マップ画像内のピクセル座標で、1フレーム画像でも、ピースの定常空間でのモンタージュでも、公称のピース座標でもかまわない。
CoordsInAliMont - モンタージュマップ内のピクセル座標．ここで，ピースは Very Sloppy オプションを使わずに整列される．つまり， .mdoc ファイル内の AlignedPieceCoords で指定された座標に配置される。
CoordsInAliMontVS - モンタージュマップにおいて、Very Sloppyオプションでピースが整列されたときのピクセル座標、つまり、AlignedPieceCoordsVSで指定された座標に配置されたものである。
CoordsInPiece - モンタージュの1つのピース内のピクセル座標で、 PieceOn エントリで指定する必要がある。すなわち，piece index = piece_#_in_X * _of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y で，すべて0から番号が振られる．

以下の点は、外部定義項目にも適用される。

1つのアイテムには、4つのエントリまたはStageXYZのうち1つだけを入力することができる。
各項目は3つの数字を取り、3番目はステージZ座標で、これはそのまま使用される。
アイテムは、Navigatorファイルで外部アイテムの前に表示されるマップを指定するDrawnIDエントリを持っているか、外部定義アイテムだけを含むファイルでマージされたNavigatorテーブル内に既に存在する必要がある。
ピクセル座標は、マップの左下を0,0とする右手系である。
モンタージュのオーバービュー画像は、常にXのサイズを4の倍数に切り上げて表示されます。
CoordsInAliMont または CoordsInAliMontVS では、マップファイルには、それぞれ AlignedPieceCoords または AlignedPieceCoordsVS エントリを持つ mdoc ファイルが必要です。
点またはポリゴンのいずれかを外部から入力することができる。
PtsXとPtsYで与えられる点の座標もピクセル座標でなければならず、メインアイテムのステージ位置と同じように変換される。
PtsXとPtsZの点座標は、NumPtsの項目が0である点項目については任意であり、ない場合はメインステージの座標と同じにされます。
各アイテムには、前述の項目に加えて、Color、Regis、Typeの項目が必要です。
外部で定義されたアイテムがMapIDを持っていない場合、ユニークなIDが割り当てられます。 IDを割り当てる場合、マップアイテムのIDとは重複しないようにすることが重要です。最も簡単な方法は、100000以下のIDを割り当てることです。現在、プログラムは100000を超えるIDを生成するからです。
グループIDがない場合は、割り当てられません。

Navigatorファイルから正常に読み込まれた項目については、詳細なエラーレポートが用意されています。項目処理時のエラーの種類はログにまとめられ、Debug Outputが'n'に設定されている場合は、各項目についてエラーの種類がラベルで識別され報告されます。ただし、必須項目がない、またはオートドックからデータを読み取る際にエラー（1行の値が少なすぎるなど）が発生したため、項目が最初に拒否された場合は詳細が表示されない。

設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力

このセクションは、設定ファイルまたはキャリブレーションファイルへの長いエントリを解釈する必要がある場合です。この項目は、必要に応じて追加されます。すべてのアルファ値は0から始まり、1ではありません。

設定ファイルのエントリ

LowDoseParameters（低電子線量パラメータ）:

  LowDoseParameters: V F T R S の低線量セット番号0から4、または状態番号（1からの番号）の負値。
  mag インデックス、またはカメラ長インデックスの負値
  スポットサイズ
  強度
  軸オフセット(ミクロン)
  通常/EFTEM/STEMの場合は0-2、ステートの場合は0
  フィルタースリット
  フィルタースリット幅
  エネルギー損失
  ゼロロスフラグ
  ビームX&Yオフセット
  日本電子ではα、それ以外は-99
  回折フォーカス
  ビームチルトX & Y
  プローブモード
  ダークフィールドモードフラグ
  ダークフィールドチルト X & Y

AutocenterParams:

  カメラ
 マグ指数
 スポットサイズ
 強度
 ビニング
 露出
 セントロイドを使用する場合は1
 プローブモード
 1：センタリング用にビームをシフトする
 ビームシフト量（単位：ミクロン
 Xビームシフトを追加
 Yビームシフトを追加

MultishotParams:

  表示用ビーム径
  メインリングのオフセンターショットまでの距離
  メインリングのショット数
  センターショットを行う。-1（前）、0（なし）、1（後
  アーリーリターン 最後尾のみ1、全て2、最初で全部で3
  アーリーリターンのフレーム数
  記録ショットを保存するかどうか
  画像シフト後の追加遅延
  照明された領域を直径の描画に使用するかどうか
  ビームチルトを調整するかどうか（可能な場合
  1はホール内パターン、2はマルチホール、3はその両方
  カスタムホールのリストを使用する
  穴と穴の間のIS遅延を増加させるファクター
  イメージシフトベクトルのX成分(X方向)
  X方向の画像シフトベクトルのY成分
  画像シフトベクトルのX成分（Y方向
  画像シフトベクトルのY成分（Y方向
  X方向の穴の数
  Y方向の穴の数
  レギュラーパターンの穴位置が測定されたときの倍率
  カスタムホールを定義するマグ
  クロスパターンが3x3のときに撮影
  2番目のリングのショットを行う
  2つ目のリングのショット数
  セカンドリングのオフセンターショットまでの距離
  レギュラーパターンを定義したときのチルト角
  カスタムホールを定義する際のチルト角
  レギュラーアレイに関連するホールファインダーで検出された角度

キャリブレーションファイルのエントリ

StandardLMFocus: このエントリは、LMで記録された標準フォーカスを含む、または真心フォーカスが非LMである。

   倍率インデックス
  マイクロプローブでのフォーカス値、ない場合は-999
  ナノプローブでのフォーカス値、ない場合は-999
  倍率

フォーカス値は、0～1の絶対値か、日本電子の場合、粗焦点と微焦点の成分をエンコードした大きな値

FocusCalibration:

  magインデックス
  カメラ番号
  X方向の傾き
  Y方向の傾き
  ビームチルト
  ポイント数
  方向インデックス
  プローブモード
  アルファ
  倍率

SpotIntensities:

ナノプローブ、マイクロプローブのどちらかが、クロスオーバーより下とクロスオーバーより上の2つのキャリブレーションを行っている場合、2つのテーブルが存在する場合があります。ただし、1つのテーブルで、1つの条件がクロスオーバーより下で行われ、もう1つの条件がクロスオーバーより上で行われることがあります。内部的にはすべて別々のテーブルに分類されます。各行の内容は以下の通りです。

  スポットサイズ
  マイクロプローブの強度比、取得強度、クロスオーバー強度
  ナノプローブの強度比、取得した強度、クロスオーバー強度

ここで、比率が0の場合は、そのスポットサイズでの測定がないことを示す。

BeamShiftCalibration（ビームシフトキャリブレーション）

このキャリブレーションは、指定された倍率での画像シフトからビームシフトへの2x2変換行列である。

  magインデックス
  画像シフトのX変化量に対するビームシフトのX変化量
  画像シフトのY変化に対するビームシフトのX変化
  画像シフトのX変化量に対するビームシフトのY変化量
  画像シフトのY変化量に対するビームシフトのY変化量
  α
  プローブモード
  同じマグレンジとビーム条件で新たにキャリブレーションを行う場合、キャリブレーションを保持する場合は1、保持しない場合は0。
  倍率

= HighFocusMagCal:

  スポットサイズ
  プローブモード
  強度
  デフォーカス
  マグチェンジ
  ローテーション
  クロスオーバー
  アパーチャサイズ

ステージキャリブレーションと2x2変換行列

ステージキャリブレーションは4つの行列項からなり、他の2x2変換行列と同様に、X入力値の変化に対する出力X値の変化（xpx）、Yの変化に対するX値の変化（xpy）、Xの変化に対するY値の変化（ypyx）、Yの変化に対するY値の変化（ypy）として表現される。この順序でファイルに書き込まれる。この場合、入力値はステージ位置の変化量（ミクロン）であり、出力値は画像の移動量（アンビンジングピクセル）の負値、つまり元の中心に対する新しい中心座標の画像上の位置である。この負の値は、Xをチルト軸に沿わせた基礎となる「標本」座標系に対して、典型的なステージ座標系を反転させるという点で不運なものである。

StageCalibrationの行には

  マグ指数
  カメラ番号
  xpx
  xpy
  ypx
  ypy
  キャリブレーションを行った絶対焦点（日本電子の場合、粗動と微動の合成値）
  倍率

その他

画像の回転

標本座標系は、X軸を正のチルト軸とする右手系である。 (正のチルト軸を原点とし、正のチルトでステージを反時計回りに回転させる）。画像の回転は、カメラ画像が試料面における画像からCCW回転した量、すなわち画像の正のX軸から画像内の正のチルト軸までの角度（CCW正）と定義される。

カメラが1台しかなく、較正された絶対回転を持つ RotationAndPixel 行がない場合、ある倍率での回転は、MagnificationTable のそのマグの回転値、GlobalExtraRotation、そのカメラの ExtraRotation の合計である予備値から推定される。テーブル内に相対回転がある場合、フォールバックは絶対回転として1つのマグに割り当てられ、これにより他のマグに対して回転を導き出すことができます。これは、フォールバック角度がどのマグに適用されるべきかを知る方法がないため、あいまいな状況です。

いったん較正された絶対角度があると、MagnificationTable 回転、GlobalExtraRotation、および ExtraRotation は、RotationAndPixel テーブルにリストされている、絶対回転で mag に相対回転でリンクされているすべての mag に対して無関係になります。ある mag の相対回転は、その mag の回転角から次に低い mag の回転を引いたものに等しくなります; この関係により、回転角が較正された絶対角で mag から外側に伝搬されることが可能になります。これらのマグにイメージシフトの較正がある場合、そのマグ範囲内の試料ではイメージシフトが不変であると仮定することにより、イメージシフトの較正がある同じマグ範囲の他のマグにも回転を割り当てることができる。 Thermo/FEIのスコープではLMとnonLM、JEOLのスコープではPLAを使用し、回転が伝達されない境界があります。MagnificationTable の回転は、これらのメカニズムのいずれかによって回転が割り当てられていない他のマグに対する予備的な役割を保持します。そのようなマグの回転は、問題のマグの MagnificationTable 回転と近くのマグの回転の差を追加することによって、回転が割り当てられた一番近いマグから得られます。

同じレベルに複数のカメラがある場合、つまり、複数の非エネルギーフィルターカメラまたは複数のエネルギーフィルターカメラがあり、一方が較正された絶対角度を欠いている場合、状況はさらに複雑になります。プログラムは、可能であれば画像シフト較正を使用して、別のカメラから絶対角度を取得します。ここで説明するすべての割り当ては、DebugOutput を 'c' に設定してプログラムを起動したときに表示されます。 ShiftManager::PropagateRotations()も参照してください。

画像の回転値は、ステージのキャリブレーションと密接に関係しています。 Thermo/FEI scope や JEOL scope のオメガフィルターなしの場合、画像回転を 0 にすると次のような画像移動パターンになる。

 正のYステージの移動に対する画像の移動
 |
 |
 |
 |
 ---------> Xステージの正の移動に対する画像の移動

イメージ回転角は、イメージ移動の軸がこのパターンに対して反時計回りに回転される量です。画像回転（と傾斜軸角度）は、atan2(-ypx, -xpx) (X軸回転から) または atan2(-ypy, -xpy) - 90 ( Y軸回転から) に等しいはずで、プログラムは、ステージキャリブレーションで回転角度を報告するときにこれらの二つの推定値を平均化する。オメガフィルター付きの日本電子の場合、このようなパターンになります。

          正のYステージ移動のための画像移動
          |
          |
          |
          |
 <--------- 正のXステージ移動のための画像移動

X軸を反転させるので、プロパティInvertStageXAxisを設定する必要があります。この場合、画像の回転は atan2(ypx, xpx) と atan2(-ypy, -xpy) - 90 から推定されます。これらの推定値は単に報告されるだけで、プログラムによって直接使用されることはありません。何らかの効果を得るには、RotationAndPixel 行に配置する必要があります。