「機能別ライブラリ(API)一覧」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(→‎３次元変換)
(→‎３次元変換のためのAPI)
行80: 行80:
 
  extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
 
  extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
  
 +
*３次元行列のオイラー角による指定
 
  extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
 
  extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
 
  extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
 
  extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);

2013年9月28日 (土) 00:16時点における版

機能別ライブラリ(API)一覧では、機能毎にＡＰＩを分類して示します。

GeneralクラスのAPI

一般的なツール

  • genUtil.h

Eosのため

  • Eos.h

特殊な値

  • SpecialNumber.h

ファイル

  • File.h

ソケット

  • Socket.h

PVM

  • PVM.h

記憶

  • Memory.h

文字列

  • String.h

ベクトル

  • Vector.h

配列(Array)

配列を取り扱うためのオブジェクトです。

乱数

  • Random.h

クラスター

  • Cluster.h


結晶

  • Crystal.h

２次元地図

  • Map2D.h

３次元変換

３次元画像変換の為の4x4次元の配列です。

  • Matrix3D.h

３次元変換のためのAPI

  • 配列の初期化 
extern void matrix3DInit(Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFromRotationMatrix(Matrix3D dst, Array a);
  • 逆変換 
extern void matrix3DInverse(Matrix3D mat);
  • 積演算 
extern void matrix3DMultiply(Matrix3D A, Matrix3D B);     /* A = A*B */
extern void matrix3DMultiplyInv(Matrix3D A, Matrix3D B);  /* B = A*B */

extern void matrix3DMultiplyVector(floatVector* v, Matrix3D A); 
extern void matrix3DMultiplyVectors(floatVector* vs, int n, Matrix3D A);
  • ファイルとやり取り 
extern void matrix3DFileFormat(FILE* fpt);
extern void matrix3DFileRead(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
extern void matrix3DFileWrite(FILE* fpt, Matrix3D Matrix);
  • ３次元行列の設定 
extern void matrix3DRotationSet(Matrix3D Matrix, char mode, matrix3DParaTypeReal rot, long Mode);
extern void matrix3DTranslationSet(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetXYZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZYX(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetZXY(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
extern void matrix3DRotationSetYXZ(Matrix3D Matrix, matrix3DParaTypeReal rotx, matrix3DParaTypeReal roty, matrix3DParaTypeReal rotz, long mode);
  • ３次元行列のオイラー角による指定 
extern void matrix3DRotationSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DRotationAntiSetFollowingEulerAngle(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal rot1, matrix3DParaTypeReal rot2, matrix3DParaTypeReal rot3, long mode);
extern void matrix3DEulerAngleGetFromMatrix3D(Matrix3D Matrix, const char Mode[4], matrix3DParaTypeReal* rot1, matrix3DParaTypeReal* rot2, matrix3DParaTypeReal* rot3, long mode);

AI（人工知能）

  • NeuralNet.h

DataManipクラスのAPI

mrcImageに関連したライブラリ

　mrcImageは、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体（クラス）により画像を取り扱っています。

入出力等の低水準ライブラリ

  • mrcImage型の画像を取り扱うための低水準ＡＰＩ：mrcImage.h

初期化

  • extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
  • extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
    • extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
  • extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
  • extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
  • extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);

ファイルの読み込み

  • extern mrcStatusType mrcFileRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

ファイルの書き出し

  • extern mrcStatusType mrcFileWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
    • extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);


    1. define mrcFileWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,0)
    2. define mrcImageWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,1)
    3. define mrcHeaderWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,2)
    4. define mrcTailerWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,3)
    5. define mrcFileWriteMode_InfoPrint 1
    6. define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2
  • extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);

画素のデータの取得

  • ピクセル単位での画素データの取得

　extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc, 　 mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */, 　 mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */, 　 mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */, 　 double* data, 　 mrcPixelDataType mode, 　 mrcPixelDataHowToGet how);

  • オングストローム単位での画素データの取得

　extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc, 　 mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */, 　 mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */, 　 mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */, 　 double* data, 

　                             mrcPixelDataType mode,

　 mrcPixelDataHowToGet how);

  • インライン型関数の画素データの取得
    • extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,

　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

    • extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,

　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

    • extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,

　 mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

画素のデータの設定

  • ピクセル単位の画素データの設定

　extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);


画像処理一般のライブラリ

  • mrcImageOperation 画像の演算
    • 単項演算
      • 加算 
void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d);                       img := img+d
      • 減算 
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value)            out  :=  in - value
      • 除算 
void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d);                     img := img/d
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d);      img := img/d, if img>=0, else img:=img;
      • 絶対値 
void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in);                               out := fabs(in);
      • それ以外 
void lmrcImageSquare(mrcImage* in);                                       in := in*in
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps);                             in := sqrt(in), if in>eps else in:=0
    • ２項演算
      • 連続加算 
void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number);                img2 := img2 + img1, number++
      • 減算 
void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2)      out  :=  in1 - in2
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2)                  out  : = in1 - in2（上記と同じ機能）
      • void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number); img2 := img2 + img1*img1, number++
      • void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2); img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0
        • void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se); t  := avg/se, at present, avg, se must be given.
        • void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig); sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
        • void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
        • void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.



  • mrcFFTCTFCompensation.h
  • mrcFFTInfo.h
  • mrcImageAssignedToTFofPDB.h
  • mrcImageAutoRotationCorrelation.h
  • mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
  • mrcImageCTFCompensation.h
  • mrcImageCTFObservation.h
  • mrcImageColoring.h
  • mrcImageCorrelation.h
  • mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
  • mrcImageCrystalCreate.h
  • mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
  • mrcImageFFT.h
  • mrcImageMasking.h
  • mrcImageModelCreate.h
  • mrcImageMultiCTFCompensation.h
  • mrcImageNoiseAdd.h
  • mrcImageNormalizing.h
  • mrcImagePVM.h
  • mrcImagePad.h
  • mrcImagePrint.h
  • mrcImagePrint3D.h
  • mrcImageProjection.h
  • mrcImagePut3D.h
  • mrcImageROI.h
  • mrcImageRotation.h
  • mrcImageSN.h
  • mrcImageShift.h
  • mrcImageShrink.h
  • mrcImageSmoothing.h
  • mrcImageTwoImageTest.h
  • mrcImageUnbentROI.h
  • mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
  • mrcImageWindowing.h
  • mrcImagefuncmin.h
  • mrcRefUtil.h
  • lmrcFETnormalizeBySD.h
  • lmrcFFTExpression.h
  • lmrcFFTInfo.h
  • lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
  • lmrcImage3DWindowing.h
  • lmrcImageAddValue.h
  • lmrcImageAsProbability.h
  • lmrcImageAverage.h
  • lmrcImageBinarization.h
  • lmrcImageBoundaryInfo.h
  • lmrcImageCTFCompensation.h
  • lmrcImageCTFDetemination.h
  • lmrcImageCTFDetermination.h
  • lmrcImageCalcArea.h
  • lmrcImageCentre.h
  • lmrcImageClusterAnalysis.h
  • lmrcImageCommonLine.h
  • lmrcImageConectivityNumberCalc.h
  • lmrcImageConnection.h
  • lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
  • lmrcImageContourSurface.h
  • lmrcImageContraction.h
  • lmrcImageCorrelation.h
  • lmrcImageCrystalCreate.h
  • lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
  • lmrcImageDataStraightCopy.h
  • lmrcImageDensity.h
  • lmrcImageDensityInverse.h
  • lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
  • lmrcImageDistanceConversion.h
  • lmrcImageEdge.h
  • lmrcImageEdgeAverage.h
  • lmrcImageFOMCalc.h
  • lmrcImageFeatureExtraction.h
  • lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
  • lmrcImageFilterCreate.h
  • lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
  • lmrcImageFourierShellCorrelation.h
  • lmrcImageLabeling.h
  • lmrcImageMasking.h
  • lmrcImageMirroring.h
  • lmrcImageModeChange.h
  • lmrcImageModelCreate.h
  • lmrcImageMontage.h
  • lmrcImageMove.h
  • lmrcImageMultiplying.h
  • lmrcImageNormalizing.h
  • lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
  • lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
  • lmrcImagePad.h
  • lmrcImagePartImageSegmentation.h
  • lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
  • lmrcImagePosterization.h
  • lmrcImagePrint.h
  • lmrcImageProjection.h
  • lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
  • lmrcImageROI2D.h
  • lmrcImageROI3D.h
  • lmrcImageRadialDistribution.h
  • lmrcImageRhoFiltering.h
  • lmrcImageSSDA.h
  • lmrcImageSamplingUnitChange.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
  • lmrcImageSigmaCalculate.h
  • lmrcImageSinogram.h
  • lmrcImageSinogramFFT.h
  • lmrcImageSolventFlattening.h
  • lmrcImageSphere.h
  • lmrcImageSplit.h
  • lmrcImageStudentCalculate.h
  • lmrcImageSubtractionCalc.h
  • lmrcImageSummationCalculate.h
  • lmrcImageSymmetryFind.h
  • lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
  • lmrcImageTriming.h
  • lmrcImageVolumeCalc.h
  • lmrcImageWindowing.h
  • lmrcImagesStatDataGet.h
  • lmrcNeuralNet.h
  • lmrcSinogramFET.h
  • lmrcSinogramFETcalcWeight.h
  • lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
  • lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
  • lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
  • lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
  • lmrc2Dto3D.h
  • lmrc3Dto2D.h
  • lAllCommonLineCalculation.h
  • lCommonLineCalculation.h
  • lDescartesIntoPolar.h
  • lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
  • lFETOrientationSearchByAnnealing.h
  • lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
  • lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
  • lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h

ctfInfoに関連したAPI群

  • ctfInfo.h
  • ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
  • ctfInfoWrite2.h
  • ctfZeroPoint.h
  • lctfDetermination.h
  • lastigmatismDetection.h

画像フォーマット変換用

  • mrc2hdf.h
  • mrc2map.h
  • dsn6File.h
  • tgaFile.h
  • tiff.h
  • tiffio.h
  • mapFile.h
  • DCDFile.h
  • largeIP.h
  • IMAGIC.h
  • emData.h
  • RefUtil.h


らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群

  • llData.h
  • llDataPVM.h
  • lll2ltlg.h
  • lllDataAxisSearch.h
  • lllDataCTF.h
  • lllDataCTFCompensate.h
  • lllDataCTFCompensation.h
  • lllDataCompare.h
  • lllDataContributionCalcDifferentN.h
  • lllDataDifferenceCalc.h
  • lllDataEquatorAdd.h
  • lllDataExtract.h
  • lllDataFit.h
  • lllDataFitAndAverage.h
  • lllDataFitParamInverse.h
  • lllDataLowPassFiltering.h
  • lllDataMergeDifferentN.h
  • lllDataRescaling.h
  • lllDatarMaxLimit.h
  • lllExtract.h
  • lllExtractCtfinfFileCreate.h
  • lllExtractdYEstimate.h
  • lltlg2mrc.h
  • ltlgData.h

PDBに関連したライブラリ

  • pdbFile.h
  • pdbInfoGet.h
  • lpdb2mrcInfo.h
  • lpdbCoord.h
  • lpdbCoordInfo.h
  • lpdbSelectedAtom.h
  • lpdbSurface.h


pdbFile.h

pdbFileRead.c

extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

pdbFileWrite.c

extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);

DataExpressクラスのAPI

Tcl/Tk/VTKに関するAPI

  • tkImgFmtMRC.h
  • tkctfInfo.h
  • vtkAdditionalCommandForEos.hh
  • vtkemDataImageReader.hh
  • vtkmrcImageReader.hh
  • vtkmrcImageWriter.hh
  • ActorMaker.hh
  • eosAxisSource.hh
  • eosAxisSource0905.hh
  • eosDataPicker.hh
  • eosInteractorMyStyle.hh
  • eosInteractorStyleStereo.hh
  • eosStereoModeOn.hh
  • eosStereoRenderer.hh
  • eosStereoWindow.hh
  • eosTclNewCommandCreate.hh
  • DataBase.hh
  • DataBaseCorba.h
  • DataBaseCorbaBank.hh
  • DataBaseCorbaImpl.hh
  • DataBaseCorbaManager.hh
  • DataBaseJournal.hh
  • DataBaseMaker.hh
  • DataBaseNote.hh
  • DataSearcher.hh
  • DataStore.hh
  • FigureFactory.hh
  • FunctionMode.hh
  • HomologyStore.hh
  • PickedDataStore.hh
  • Property.hh
  • PropertyTcl.hh
  • ShapeMaker.hh

ポストスクリプトファイルに対するAPI

  • psFile.h


等高線

  • Contour.h

ALSA（音源）

  • alsa.h

OpenGL

  • openGL.h

Molvieに関するAPI

  • molvieDefault.h
  • molvieDockDefault.h
  • molvieFlightDefault.h
  • molvieMrcViewerDefault.h
  • molvieProjectionDefault.h
  • molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
  • lmolvieProteinStatus.h
  • lmolvieViewer.h

AVSファイル

  • avsFile.h

gifファイル

  • gifFile.h
    • gif_lib.h


MachineManipクラスのAPI

電子顕微鏡HF2000の制御のためのAPI

  • hf2000.h
    • lhf2000LenzCurrent.h
    • lhf2000SepecimenPosition.h
    • lhf2000SpecimenPosition.h

未分類

  • DisplayListNumber.h


  • Test.h
  • aa.h


  • bar.h
  • marching_cubes.h


  • keos_proc.h
  • khorosData.h
  • lFRET.h
  • lLcalculation.h
  • nr2.h
  • fft2d.h
  • fftn.h
  • transform.h
  • powerspectraTangentLine.h

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=機能別ライブラリ(API)一覧&oldid=1114」から取得