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| | $ make install | | $ make install |
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| − | (普通は上記だけでlibtiffをリンクしたRELIONをビルドできます。ただ、minicondaやanacondaを使ってEMAN2をビルドした環境とかでは、[[minicondaにCMakeの検索パスを持ってかれる]]というつらい現象が起きるかもしれません。) | + | (普通は上記だけでlibtiffをリンクしたRELIONをビルドできるはずです。ただ、minicondaやanacondaを使ってEMAN2をビルドした環境とかでは、[[minicondaにCMakeの検索パスを持ってかれる]]というつらい現象が起きるかもしれません。) |
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| − | cmakeでこけた怒
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| − | (出力の一部抜粋）
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| − | CMake Warning at src/apps/CMakeLists.txt:165 (add_executable):
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| − | Cannot generate a safe runtime search path for target tiltpair_plot because
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| − | files in some directories may conflict with libraries in implicit
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| − | directories:
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| − | runtime library [libtiff.so.5] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
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| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − | runtime library [libfftw3f.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
| + | |
| − | /home/kttn/miniconda2/lib
| + | |
| − | runtime library [libfftw3.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
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| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − | Some of these libraries may not be found correctly.
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| − | $ which cmake
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| − | /home/kttn/miniconda2/bin/cmake
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| − | EMAN2インストールするときに入れたminiconda2のbin/に、condaで入れたcmakeが入ってて、それ使ってるのが問題か
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| − | cmakeを/usr/bin/cmakeに置き換えて再ビルド
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| − | $ /usr/bin/cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../install ..
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| − | (出力の一部抜粋)
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| − | CMake Warning at src/apps/CMakeLists.txt:165 (add_executable):
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| − | Cannot generate a safe runtime search path for target maingui because files
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| − | in some directories may conflict with libraries in implicit directories:
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| − |
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| − | runtime library [libtiff.so.5] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
| + | |
| − | /home/kttn/miniconda2/lib
| + | |
| − | runtime library [libfftw3f.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
| + | |
| − | /home/kttn/miniconda2/lib
| + | |
| − | runtime library [libfftw3.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
| + | |
| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − |
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| − | Some of these libraries may not be found correctly.
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| − | んぁー cmakeわからん
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| − | relion.gitのreadmeに" If you installed libtiff in a non-standard location, specify the location by -DTIFF_INCLUDE_DIR=/path/to/include -DTIFF_LIBRARY=/path/to/libtiff.so.5."なる記述があったので、これを使ってみる
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| − | * includeとlibはどこですか
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| − | ** https://packages.ubuntu.com/xenial/amd64/libtiff5-dev/filelist
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| − | ** /usr/include/x86_64-linux-gnu と /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ でした
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| − | $ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../install -DTIFF_INCLUDE_DIR=/usr/include/x86_64-linux-gnu -DTIFF_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libtiff.so.5 ..
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| − | (出力の一部抜粋）
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| − | CMake Error at /home/kttn/softwares/relion/build/CMakeFiles/CMakeTmp/cmTC_3d3bbTargets.cmake:16 (add_library):
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| − | Target "MPI::MPI_C" links to item " -Wl,-rpath,/home/kttn/miniconda2/lib
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| − | -Wl,-rpath -Wl,/home/kttn/miniconda2/lib -Wl,--enable-new-dtags" which has
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| − | leading or trailing whitespace. This is now an error according to policy
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| − | CMP0004.
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| − | Call Stack (most recent call first):
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| − | /home/kttn/softwares/relion/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CMakeLists.txt:12 (include)
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| − | libtiffは解消されたけど他のライブラリが相変わらずminicondaに持ってかれている
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| − | $ conda remove cmake
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| − | $ cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../install ..
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| − | (一部抜粋)
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| − | CMake Warning at src/apps/CMakeLists.txt:165 (add_executable):
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| − | Cannot generate a safe runtime search path for target tiltpair_plot because
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| − | files in some directories may conflict with libraries in implicit
| + | |
| − | directories:
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| − | runtime library [libtiff.so.5] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
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| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − | runtime library [libfftw3f.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
| + | |
| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − | runtime library [libfftw3.so.3] in /usr/lib/x86_64-linux-gnu may be hidden by files in:
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| − | /home/kttn/miniconda2/lib
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| − | Some of these libraries may not be found correctly.
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| − | minicondaの呪縛からどうやって逃れたらいいの？
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| − | * 色々試す
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| − | ** miniconda2をPATHから削除してcmakeする
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| − | *** (結果)相変わらずminiconda2に持ってかれたまま
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| − | CMakeはインクルードとライブラリを検索するとき、どの設定ファイルまたは環境変数を呼んでどこを探しに行っているのか？
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(普通は上記だけでlibtiffをリンクしたRELIONをビルドできるはずです。ただ、minicondaやanacondaを使ってEMAN2をビルドした環境とかでは、minicondaにCMakeの検索パスを持ってかれるというつらい現象が起きるかもしれません。)
