「WITs-CLEM チュートリアル」の版間の差分

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#座標リスト(Coordinate list)の上部にあるUploadの<code>ファイルを選択</code> をクリック
 
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#フォーマットに合うテキストファイルを選択
 
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===電子顕微鏡操作===
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ブラウザのページから電子顕微鏡を操作するチュートリアルです。
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====電子顕微鏡の情報入力====
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[[File:inputEM.png|512px|right]]
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電子顕微鏡操作のために必要なパラメータの入力
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#それぞれのフォームに入力・選択をする
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#:IP Address：IPアドレスを入力
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#:port number：ポート番号を入力
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#:manufacturer：電子顕微鏡の製造メーカーを選択
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#:electron microscope name（任意項目）：電子顕微鏡の名前
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#<code>access</code>ボタンをクリック
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====操作画面====
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[[File:em.png|512px|right]]
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実際にブラウザから電子顕微鏡を操作する。
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:'''Setting'''
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::imaze size：画像の大きさ(full,half,quarter)
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::binning：
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::exptime：
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:'''Stage Control'''
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::moving distance：
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::move x：
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::move y：
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::move(keep magnificance)：
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::change current(keep stage)：
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::Current lenz：
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::spot size：
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::magnification absolute value：
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::magnification relative value：
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:'''Take photol'''
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::写真をとる
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:'''Save photo'''
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::写真を保存
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:'''Electron Microscopy Condition'''
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::電子顕微鏡の状態をファイル保存
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<table border = 1>
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<tr><td>TEM</td></tr>
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<tr><td>Position</td><td></td></tr>
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<tr><td>SpotSizeIndex</td><td></td></tr>
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<tr><td>MagIndex</td><td></td></tr>
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<tr><td>Obj</td><td></td></tr>
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<tr><td>BeamTiltY</td><td></td></tr>
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<tr><td>Speed</td><td></td></tr>
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</table>

2019年6月28日 (金) 08:56時点における版

画像比較および画像合成

このシステムは相関顕微鏡法を用いるために複数の画像を色変更や画像合成、またさらに画像から座標を取得したり、システム側から電子顕微鏡の操作をするためのシステムです。

画像表示

Display1に画像ファイルをアップロード

  1. ファイルを選択 をクリック
  2. 画像を選択

Display2（Input Display2）に画像をアップロード

  1. Add ボタンでリストに行を追加
  2. ファイルを選択 をクリック
  3. 画像を選択


(補足)
アップロードした画像はThumbnailsに表示され、画像をクリックすることでDisplay2に表示できる。また、Display1、2において画像の拡大縮小(Scaling)、回転(Rotation)、平行移動(Move x, Move y)が行える。
d1d2.png

thumbnail.png





画像合成

各画像の色を変更する

blend.png
  1. Create Table ボタンをクリックして、Color Tableに行を生成
  2. 各画像において変更前の色と変更後の色を指定

画像の合成をする

  1. Make BE ボタンをクリック（下部のBrend Elementsに画像のプレビューが表示される）
  2. Display3のApply ボタンをクリック













座標取得

画像から座標取得を取得する

coordinate.png
  1. 画像表示と同様にしてDisplayに画像を表示させる。
  2. length of pixelに1pxの大きさを入力
  3. マウスの左クリックで座標を取得する。

取得した座標をローカルに保存

  1. 座標リスト(Coordinate list)の下部にあるDownloadにファイル名を入力
  2. Download ボタンをクリックでダウンロードできる（フォーマットはcsv、starのどちらか）

ファイルから座標リストに座標を反映

  1. 座標リスト(Coordinate list)の上部にあるUploadのファイルを選択 をクリック
  2. フォーマットに合うテキストファイルを選択












電子顕微鏡操作

ブラウザのページから電子顕微鏡を操作するチュートリアルです。

電子顕微鏡の情報入力

inputEM.png

電子顕微鏡操作のために必要なパラメータの入力

  1. それぞれのフォームに入力・選択をする
    IP Address：IPアドレスを入力
    port number：ポート番号を入力
    manufacturer：電子顕微鏡の製造メーカーを選択
    electron microscope name（任意項目）：電子顕微鏡の名前
  2. accessボタンをクリック




操作画面

em.png

実際にブラウザから電子顕微鏡を操作する。

Setting
imaze size：画像の大きさ(full,half,quarter)
binning：
exptime：
Stage Control
moving distance：
move x：
move y：
move(keep magnificance)：
change current(keep stage)：
Current lenz：
spot size：
magnification absolute value：
magnification relative value：
Take photol
写真をとる
Save photo
写真を保存
Electron Microscopy Condition
電子顕微鏡の状態をファイル保存
TEM
Position
SpotSizeIndex
MagIndex
Obj
BeamTiltX
BeamTiltY
Speed

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