「File Formats and Other Documentation」の版間の差分
(→Navigation File Section Data) |
(→その他) |
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| 行572: | 行572: | ||
=== 画像の回転 === | === 画像の回転 === | ||
| − | + | 「試料」の座標系は、X軸を正のチルト軸とする右手系である。 (正のチルト軸を原点とし、正のチルトでステージを反時計回りに回転させる）。 画像の回転は、カメラ画像が試料面における画像からCCW回転した量、すなわち画像の正のX軸から画像内の正のチルト軸までの角度（CCW正）と定義される。 | |
カメラが1台しかなく、較正された絶対回転を持つ RotationAndPixel 行がない場合、ある倍率での回転は、MagnificationTable のそのマグの回転値、GlobalExtraRotation、そのカメラの ExtraRotation の合計である予備値から推定される。 テーブル内に相対回転がある場合、フォールバックは絶対回転として1つのマグに割り当てられ、これにより他のマグに対して回転を導き出すことができます。 これは、フォールバック角度がどのマグに適用されるべきかを知る方法がないため、あいまいな状況です。 | カメラが1台しかなく、較正された絶対回転を持つ RotationAndPixel 行がない場合、ある倍率での回転は、MagnificationTable のそのマグの回転値、GlobalExtraRotation、そのカメラの ExtraRotation の合計である予備値から推定される。 テーブル内に相対回転がある場合、フォールバックは絶対回転として1つのマグに割り当てられ、これにより他のマグに対して回転を導き出すことができます。 これは、フォールバック角度がどのマグに適用されるべきかを知る方法がないため、あいまいな状況です。 | ||
| 行582: | 行582: | ||
画像の回転値は、ステージのキャリブレーションと密接に関係しています。 Thermo/FEI scope や JEOL scope のオメガフィルターなしの場合、画像回転を 0 にすると次のような画像移動パターンになる。 | 画像の回転値は、ステージのキャリブレーションと密接に関係しています。 Thermo/FEI scope や JEOL scope のオメガフィルターなしの場合、画像回転を 0 にすると次のような画像移動パターンになる。 | ||
| − | + | ↑正のYステージの移動に対する画像の移動 | |
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| 行588: | 行588: | ||
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---------> Xステージの正の移動に対する画像の移動 | ---------> Xステージの正の移動に対する画像の移動 | ||
| + | |||
イメージ回転角は、イメージ移動の軸がこのパターンに対して反時計回りに回転される量です。 画像回転（と傾斜軸角度）は、atan2(-ypx, -xpx) (X軸回転から) または atan2(-ypy, -xpy) - 90 ( Y軸回転から) に等しいはずで、プログラムは、ステージキャリブレーションで回転角度を報告するときにこれらの二つの推定値を平均化する。 オメガフィルター付きの日本電子の場合、このようなパターンになります。 | イメージ回転角は、イメージ移動の軸がこのパターンに対して反時計回りに回転される量です。 画像回転（と傾斜軸角度）は、atan2(-ypx, -xpx) (X軸回転から) または atan2(-ypy, -xpy) - 90 ( Y軸回転から) に等しいはずで、プログラムは、ステージキャリブレーションで回転角度を報告するときにこれらの二つの推定値を平均化する。 オメガフィルター付きの日本電子の場合、このようなパターンになります。 | ||
| − | + | ||
| − | + | ↑正のYステージ移動のための画像移動 | |
| − | + | | | |
| − | + | | | |
| − | + | | | |
| + | | | ||
<--------- 正のXステージ移動のための画像移動 | <--------- 正のXステージ移動のための画像移動 | ||
X軸を反転させるので、プロパティInvertStageXAxisを設定する必要があります。 この場合、画像の回転は atan2(ypx, xpx) と atan2(-ypy, -xpy) - 90 から推定されます。 これらの推定値は単に報告されるだけで、プログラムによって直接使用されることはありません。何らかの効果を得るには、RotationAndPixel 行に配置する必要があります。 | X軸を反転させるので、プロパティInvertStageXAxisを設定する必要があります。 この場合、画像の回転は atan2(ypx, xpx) と atan2(-ypy, -xpy) - 90 から推定されます。 これらの推定値は単に報告されるだけで、プログラムによって直接使用されることはありません。何らかの効果を得るには、RotationAndPixel 行に配置する必要があります。 | ||
2022年12月30日 (金) 06:19時点における版
目次
Image Metadata Files
SerialEMは、画像のメタデータをIMOD "autodoc" フォーマットでテキストファイルに保存する。 この形式は、キーワードと値のペアをセクションと呼ばれるブロックに整理したものである。 このセクションには、さまざまな種類のデータが含まれているが、 SerialEMのファイルでは、基本的に1種類のセクションしか使用しない。 セクションは、大括弧付きのキーと値のペアで始まります。
[セクションタイプ = 名前]
ここで、セクションの「名前」または値は通常，ユニークに設定するが、 IMOD autodocリーダーではそうである必要はない。
セクションヘッダ以下の行は、次のような形式で表現される。
キー = 値
そのセクションに関連するデータを提供する。 さらに、キーと値のペアは、セクション・ヘッダの前のファイルの最初に記載することもでき、これらはグローバル値として参照される。
すべての値はオートドキュメントファイルにテキスト文字列として保存されるが、特定の種類の情報を期待するソフトウェアは、これらの文字列を1つまたは複数の浮動小数点または整数値に変換することがよくある。
IMOD ライブラリ libcfshr の autodoc モジュールには、1 つ、2 つ、3 つ、または多数の浮動小数点または整数値をファイルの指定セクションに格納または取得するための関数が含まれている。 autodoc形式がSerialEMに選ばれた理由は、このライブラリがすぐに利用できること、このような関数を利用すると便利なこと、IMODのautodoc読込み機能との互換性があること、などである。
SerialEMが生成する画像関連autodocファイルには2種類ある。
1) ".mdoc "ファイルは、MRCファイルに関するデータを提供し、画像ファイルと同じ名前ですが、拡張子が".mdoc "になっています。 セクションタイプは "ZValue "で、各セクションの名前はファイル内の画像のZ値で、0から順に番号が付けられている。
2) 一連の単一画像TIFFファイルをMRCファイルと同様に扱うための情報を提供する".idoc "ファイル。 ここでのセクションタイプは "Image "で、各セクションの名称はTIFFファイルの名称である。
グローバルデータは、MRCファイルのヘッダーにある情報の一部を複製したものである。 また、MRCファイルのタイトルは "T "型のセクションヘッダに格納されます。
SerialEMが使用するIMODライブラリは、HDFファイルのメタデータにアクセスするために同じ内部オートドック構造を使用する。 したがって、これらのメタデータ情報をすべてautodoc形式のテキストファイルに抽出することは、次のようなコマンドで簡単にできる。
extracttilts -attr filename.hdf filename.hdf.mdoc
のようなコマンドで、これらのメタデータ情報をオートドック形式のテキストファイルに抽出することができる。
Global Data
| DataMode | MRC file mode |
| ImageSize | X and Y size of images |
| Montage | 1 if the file is a montage |
| ImageSeries | 1 for an .idoc file describing a series of single-image files |
| ImageFile | In a .mdoc file, contains the name of the image file |
| PixelSpacing | Pixel spacing in Angstroms that would be in MRC header (or in 1/Angstroms for diffraction images) |
Section Data
| TiltAngle | Tilt angle in degrees | |
| PieceCoordinates | Pixel coordinates in X and Y and section Z value for montage piece | |
| StagePosition | X and Y stage position in microns | |
| StageZ | Z stage position in microns | |
| Magnification | "Film" magnification value | |
| CameraLength | Camera length in mm for image in diffraction mode | |
| MagIndex | Magnification index | |
| Intensity | Raw intensity value between 0 and 1 | |
| SuperMontCoords | X and Y pixel coordinates of frame in a supermontage | |
| PixelSpacing | Pixel spacing in Angstroms for individual image (or in 1/Angstroms for diffraction image) | |
| ExposureDose | Dose on specimen during camera exposure in electrons/sq. A | |
| DoseRate | Dose rate to the camera, in electrons per physical pixel per second | |
| SpotSize | Microscope spot size | |
| Defocus | Relative defocus readout from microscope (microns) | |
| TargetDefocus | Current target for autofocus (microns) | |
| ImageShift | X and Y image shift in basic units (close to microns) | |
| RotationAngle | Rotation of image from having tilt axis along X axis (CCW +) | |
| ExposureTime | Image exposure time | |
| Binning | Image binning on the camera | |
| UsingCDS | 1 if image was taken with CDS mode on | |
| CameraIndex | Index of the CameraProperties section for the camera used | |
| DividedBy2 | 1 if image was divided by 2 | |
| RotationAndFlip | RotationAndFlip property of K2 or K3 camera | |
| LowDoseConSet | Control set index plus 1 if image taken in Low Dose, or negative of index if not in Low Dose (index 0-6 for View, Focus, Trial, Record, Preview, Search, Mont-map; 7 for tracking, 8 for montage) | |
| MinMaxMean | Minimum, maximum, and mean value for this image | |
| PriorRecordDose | For an image in a tilt series taken in Low Dose mode, the cumulative dose in the Record area prior to this image, including Record and Preview images and View i | mages taken in tasks |
| XedgeDxy | Edge displacement in X and Y for montage piece to the right of this piece | |
| YedgeDxy | Edge displacement in X and Y for piece above this piece | |
| XedgeDxyVS | Edge displacement for piece to right, computed with very sloppy option | |
| YedgeDxyVS | Edge displacement for piece above, computed with very sloppy option | |
| StageOffsets | minus the nominal stage position of the piece. | |
| AlignedPieceCoords | Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option off. | |
| AlignedPieceCoordsVS | Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option on. | |
| SubFramePath | Directory or file in which subframes of exposure were stored | |
| NumSubFrames | Number of subframes stored | |
| FrameDosesAndNumbers | Dose per frame in electrons per square Angstrom followed by number of frames at that dose; variable-sized frame sums will have multiple pairs of such values | |
| DateTime | Time and date of image acquisition; the format of the date is dd-Mon-yy regardless of locale. | |
| NavigatorLabel | Label of Navigator item, added if Acquire at Items is being run and a tilt series is not | |
| FilterSlitAndLoss | Energy filter slit width and energy loss if slit is in, 0 0 otherwise | |
| ChannelName | Detector name for a STEM image | |
| MultishotHoleAndPosition | Hole identifier and position within hole when taking multiple record images; peripheral positions are numbered from 1 and the center is numbered 0. For a regular pattern, hole identifiers are a pair of numbers relative to the center of the pattern; for a custom pattern, they are simply numbers starting at 1. | |
| CameraPixelSize | For diffraction image, the size of the image pixel on the camera in microns, namely the physical chip pixel size times the binning. | |
| Voltage | High voltage in kV for diffraction image. |
Direct Electron Specific Section Data
| DE12-ServerSoftwareVersion | Server software version |
| DE12-PreexposureTime(s) | Pre-exposure time |
| DE12-TotalNumberOfFrames | Total number of frames in acquisition |
| DE12-FramesPerSecond | Frame rate in frames per second |
| DE12-SensorModuleSerialNumber | Serial number of sensor |
| DE12-SensorReadoutDelay(ms) | Delay before starting to read out sensor during exposure |
| DE12-IgnoredFramesInSummedImage | Number of frames ignored in a summed image |
Additional Data in MontSection
| Additional Data in MontSection | |
| FullMontSize | Full size of montage in X and Y if all pieces are present |
| BufISXY | Image shift associated with overview buffer |
| ProbeMode | 1 for microporbe, 0 for nanoprobe |
| MoveStage | 1 if for a stage montage |
| ConSetUsed | Control set used for the montage (0 = View, 3 = Record, 5 = Search, 6 = MontMap |
| MontBacklash | The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center |
| ValidBacklash | The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center or doing a zigzag pattern |
| DriftSettling | Drift settling in control set used |
| CameraModes | Shutter mode and read mode |
| FocusOffset | Focus offset for low dose View or Search, assigned to map item DefocusOffset if a map is made |
| NetViewShifts | Image shift offsets for low dose View or Search |
| ViewBeamShifts | Beam shift offsets for low dose View or Search |
| ViewBeamTilts | Incremental beam tilts for low dose View or Search |
| ViewDefocus | Focus offset for low dose View or Search, assigned to image buffer when reading in |
| Alpha | Alpha value on JEOL |
| FilterState | 0/1 if slit is out/in, and slit width |
SerialEM Navigator Fileに関する説明になります。
下記の翻訳に なります。 [https://bio3d.colorado.edu/SerialEM/stableHlp/html/about_formats.htm#navigator ]
SerialEM 3.6では、Navigatorの出力が1項目につき1行のタブ区切り形式からオートドック形式に変更され、代わりにXMLとして出力するオプションが追加されている。 XMLやautodocファイルは、以前のバージョンのタブ区切りファイルと同様に、読み挙げることができる。
グローバル・データは2行あります。
AdocVersion = x.xx LastSavedAs = xy.nav
という2行のグローバルデータがあり、2行目は最後に保存したときのファイルの完全な絶対パスとファイル名である。
次に、各項目は'Item'タイプのセクションにあり、そのラベル文字列を値として持つ。
次の表は、セクションに出現するすべてのキー、期待される値の種類、それが必須かどうか、必須でない場合はどのようなデフォルト値が設定されるかを示したものである。
| Key | Type of value | Default value, or Required | CMapDrawItem member(s) | Description |
|---|---|---|---|---|
| Color | Integer | Req | mColor | Color index (0-5) |
| StageXYZ | Three Floats | Req (unless external) | mStageX/Y/Z | Stage position adjusted for current mag |
| NumPts | Integer | Req | mNumPoints | Number of points |
| Corner | Integer | 0 | mCorner | Flag for corner point |
| Draw | Integer | 1 | mDraw | Flag to draw |
| RegPt | Integer | 0 | mRegPoint | Registration point number |
| Regis | Integer | Req | mRegistration | Registration at which item exists |
| Type | Integer | Req | mType | Type: 0-2 for point, polygon, map |
| Note | String | blank | mNote | Note string |
| GroupID | Integer | 0 | mGroupID | ID of group thatitem belongs to |
| PolyID | Integer | 0 | mPolygonID | ID of polygon used to define supermontage |
| FitToPolygonID | Integer | 0 | mFitToPolygonID ID of polygon that this montage map was fit to | |
| Imported | Integer | 0 | mImported | Indicator of an imported map or point drawn on one |
| RegisteredToID | Integer | 0 | mRegisteredToID | For an imported map, ID of map that it was registered to for transforming |
| SuperMontXY | Two Integers | -1,-1 | SuperMontX/Y | Camera coordinate of a montage in supermontage |
| OrigReg | Integer | Regis | mOriginalReg | Original registration (default is Registration) |
| DrawnID | Integer | 0 | mDrawnOnMapID | ID of map point/polygon was drawn on |
| BklshXY | Two Floats | 0,0 | mBacklashX/Y | Backlash when a montage was taken or associated with item |
| SamePosId | Integer | 0 | mAtSamePosID | Items with this matching were taken at same raw stage position |
| RawStageXY | wo Floats | -10000,-10000 | mRawStageX/Y | Raw stage position before adjustments |
| Acquire | Integer | 0 | mAcquire | Flag for acquiring |
| PieceOn | Integer | -1 | mPieceDrawnOn | Index of montage piece item was drawn on (piece_#_in_X * #_of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y), or index of nearest piece if item is on a missing piece, in which case XYinPc will not be written to file. |
| XYinPc | Two Floats | -1,-1 | mX/YinPiece | X,Y coordinates in the montage piece, in right-handed pixels of stored montage |
| MapFile | String | Req if Map | mMapFile | Full or relative path of map file (see Read & Open) |
| MapID | Integer | Req if Map | mMapID | Unique ID (all items get one, not just maps) |
| FocusAxisPos Float | -1.e8 | mFocusAxisPos | Stored position of Focus area on inter-area axis | |
| LDAxisAngle | Two integers | 0,0 | mRotateFocusAxis, mFocusAxisAngle | First value: 1 to rotate inter-area axis from tilt axis, 0 not to; second value: angle of rotation |
| FocusOffsets | Two Floats | 0,0 | mFocusX/Yoffset | Offset of focus subarea in X and Y in unbinned pixels (Y inverted) |
| HoleArray | Two integers | 0,0 | mNumX/Yholes | # of positions in X and Y for multiple Record |
| SkipHoles | List of integers | none | mSkipHolePos | Pairs of X,Y indexes for positions to skip from that array specified in HoleArray. Positions are numbered from 0 at lower-left in stage coordinates |
| TargetDefocus | Float | -1.e8 | mTargetDefocus | Target defocus for Acquire or tilt series item |
| FileToOpen | String | none | mFileToOpen | Name of file to open for Acquire or tilt series item |
| TSParamIndex | Integer | -1 | mTSParamIndex | Index of into parameter array for tilt series |
| MontParamIndex | Integer | -1 | mMontParamIndex | Index into array of parameters for montages to open |
| FilePropIndex | Integer | -1 | mFilePropIndex | Index into array of file options for file to open |
| MapMontage | Integer | Req if Map | mMapMontage | Flag that map is a montage |
| MapSection | Integer | Req if Map | mMapSection | Section number in file |
| MapBinning | Integer | Req if Map | mMapBinning | Binning at which map was taken, or of initial overview map image for montage |
| MapMagInd | Integer | Req if Map | mMapMagInd | Magnification index of map, or of non-map image a point or polygon was drawn on |
| MapCamera | Integer | Req if Map | mMapCamera Camera index | |
| MapScaleMat | Four Floats | Req if Map | mMapScaleMat | Stage to pixel scale matrix for drawing, based on pixels of initial map image. For
montage, needs to be adjusted by ratio of currently loaded map width/height to initial map width/height |
| MapWidthHeight | Two Integers | Req if Map mMapWidth/Height | Size of initial map image at which scale matrix was defined | |
| MapMinMaxScale | Two Floats | 0,0 | mMapMin/MaxScale | Min and max scale values of image when map was defined |
| MapFramesXY | Two Integers | 0,0 | mMapFramesX/Y | Number of montage frames when acquired |
| MontBinning | Integer | 0 | mMontBinning | Actual binning of montage used to make the map |
| MapExposure | Float | 0. | mMapExposure | Exposure time for original map images |
| MapSettling | Float | 0. | mMapSettling | Drift settling |
| ShutterMode | Integer | -1 mShutterMode | Shutter mode | |
| K2ReadMode | Integer | 0 mK2ReadMode | Read mode for K2/K3 camera | |
| MapSpotSize | Integer | 0 | mMapSpotSize | Spot size at which map was taken |
| MapIntensity | Double | 0 | mMapIntensity | Intensity at which map was taken |
| MapSlitIn | Integer | 0 | mMapSlitIn | Filter slit state when map was taken |
| MapSlitWidth | Float | -1. | mMapSlitWidth | Filter slit width when map was taken |
| RotOnLoad | Integer | 0 | mRotOnLoad | Flag to rotate when load |
| RealignedID | Integer | 0 | mRealignedID | ID of lower mag map with nearby realign error |
| RealignErrXY | Two Floats | 0,0 | mRealignErrX/Y | Final stage error of that realign operation |
| RealignReg | Integer 0 | mRealignReg | Original registration of that realign | |
| ImageType | Integer | 0 | mImageType | Map file type 0-3 for MRC, IMOD, TIFF, IDOC |
| MontUseStage | Integer | -1 | mMontUseStage | 1 if montage was taken with stage, 0 if not, -1 if unknown |
| DefocusOffset | Float | 0. | mDefocusOffset | Defocus offset for map based on View images |
| K2ReadMode | Integer | 0 | mK2ReadMode | Read mode for K2/K3 camera |
| MapLDConSet | Integer | -1 | mMapLowDoseConSet | Set # (0-4) used for map taken in low dose |
| MapTiltAngle | Float | -10000. | mMapTiltAngle | Tilt angle at which map was taken |
| PtsX | NumPts Floats | Req | mPtX | X stage cordinates of points |
| PtsY | NumPts Floats | Req | mPtY | Y stage cordinates of points |
| UserValueN | String | none | mUserValueMap | Arbitrary value set by script; N is # (currently1-8) |
| BaseMarkerShift - a section containing a stored shift from Shift to Marker (names are from BaseMarkerShift structure). | ||||
| FromMag | Integer | fromMagInd | Mag index of map item was marked on | |
| ToMag | Integer | toMagInd | Mag index of image with marker point | |
| ShiftX | Float | shiftX | X component of shift in microns | |
| ShiftY | Float | shiftY | Y component of shift in microns | |
| T|SParam - a section containing tilt series parameters. See TiltSeriesParam.h in the source code for a description of each item. | ||||
| MontParam - a section containg montage parameters. See MontageParam.h in the source code for a description of each item. | ||||
| FileOptions - a section containing properties for opening a file. See FileOptions.h in the source code in case this has descriptions. | ||||
map上の画像座標で位置を指定したアイテムをNavigatorファイルに追加し、SerialEMにステージ座標への変換をさせることができる。 StageXYZエントリーの代わりに、アイテムは以下のいずれかのエントリーを持つことができる。
- CoordsInMap - マップ画像内のピクセル座標で、1フレーム画像でも、ピースの定常空間でのモンタージュでも、公称のピース座標でもかまわない。
- CoordsInAliMont - モンタージュマップ内のピクセル座標．ここで，ピースは Very Sloppy オプションを使わずに整列される．つまり， .mdoc ファイル内の AlignedPieceCoords で指定された座標に配置される。
- CoordsInAliMontVS - モンタージュマップにおいて、Very Sloppyオプションでピースが整列されたときのピクセル座標、つまり、AlignedPieceCoordsVSで指定された座標に配置されたものである。
- CoordsInPiece - モンタージュの1つのピース内のピクセル座標で、 PieceOn エントリで指定する必要がある。 すなわち，piece index = piece_#_in_X * _of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y で，すべて0から番号が振られる．
以下の点は、外部定義項目にも適用される。
- 1つのアイテムには、4つのエントリまたはStageXYZのうち1つだけを入力することができる。
- 各項目は3つの数字を取り、3番目はステージZ座標で、これはそのまま使用される。
- アイテムは、Navigatorファイルで外部アイテムの前に表示されるマップを指定するDrawnIDエントリを持っているか、外部定義アイテムだけを含むファイルでマージされたNavigatorテーブル内に既に存在する必要がある。
- ピクセル座標は、マップの左下を0,0とする右手系である。
- モンタージュのオーバービュー画像は、常にXのサイズを4の倍数に切り上げて表示されます。
- CoordsInAliMont または CoordsInAliMontVS では、マップファイルには、それぞれ AlignedPieceCoords または AlignedPieceCoordsVS エントリを持つ mdoc ファイルが必要です。
- 点またはポリゴンのいずれかを外部から入力することができる。
- PtsXとPtsYで与えられる点の座標もピクセル座標でなければならず、メインアイテムのステージ位置と同じように変換される。
- PtsXとPtsZの点座標は、NumPtsの項目が0である点項目については任意であり、ない場合はメインステージの座標と同じにされます。
- 各アイテムには、前述の項目に加えて、Color、Regis、Typeの項目が必要です。
- 外部で定義されたアイテムがMapIDを持っていない場合、ユニークなIDが割り当てられます。 IDを割り当てる場合、マップアイテムのIDとは重複しないようにすることが重要です。 最も簡単な方法は、100000以下のIDを割り当てることです。現在、プログラムは100000を超えるIDを生成するからです。
- グループIDがない場合は、割り当てられません。
Navigatorファイルから正常に読み込まれた項目については、詳細なエラーレポートが用意されています。 項目処理時のエラーの種類はログにまとめられ、Debug Outputが'n'に設定されている場合は、各項目についてエラーの種類がラベルで識別され報告されます。 ただし、必須項目がない、またはオートドックからデータを読み取る際にエラー（1行の値が少なすぎるなど）が発生したため、項目が最初に拒否された場合は詳細が表示されない。
設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力
このセクションは、設定ファイルまたはキャリブレーションファイルへの長いエントリを解釈する必要がある場合です。 この項目は、必要に応じて追加されます。 すべてのアルファ値は0から始まり、1ではありません。
設定ファイルのエントリ
LowDoseParameters（低電子線量パラメータ）:
LowDoseParameters: V F T R S の低線量セット番号0から4、または状態番号（1からの番号）の負値。 mag インデックス、またはカメラ長インデックスの負値 スポットサイズ 強度 軸オフセット(ミクロン) 通常/EFTEM/STEMの場合は0-2、ステートの場合は0 フィルタースリット フィルタースリット幅 エネルギー損失 ゼロロスフラグ ビームX&Yオフセット 日本電子ではα、それ以外は-99 回折フォーカス ビームチルトX & Y プローブモード ダークフィールドモードフラグ ダークフィールドチルト X & Y
AutocenterParams:
カメラ マグ指数 スポットサイズ 強度 ビニング 露出 セントロイドを使用する場合は1 プローブモード 1：センタリング用にビームをシフトする ビームシフト量（単位：ミクロン Xビームシフトを追加 Yビームシフトを追加
MultishotParams:
表示用ビーム径 メインリングのオフセンターショットまでの距離 メインリングのショット数 センターショットを行う。-1（前）、0（なし）、1（後 アーリーリターン 最後尾のみ1、全て2、最初で全部で3 アーリーリターンのフレーム数 記録ショットを保存するかどうか 画像シフト後の追加遅延 照明された領域を直径の描画に使用するかどうか ビームチルトを調整するかどうか（可能な場合 1はホール内パターン、2はマルチホール、3はその両方 カスタムホールのリストを使用する 穴と穴の間のIS遅延を増加させるファクター イメージシフトベクトルのX成分(X方向) X方向の画像シフトベクトルのY成分 画像シフトベクトルのX成分（Y方向 画像シフトベクトルのY成分（Y方向 X方向の穴の数 Y方向の穴の数 レギュラーパターンの穴位置が測定されたときの倍率 カスタムホールを定義するマグ クロスパターンが3x3のときに撮影 2番目のリングのショットを行う 2つ目のリングのショット数 セカンドリングのオフセンターショットまでの距離 レギュラーパターンを定義したときのチルト角 カスタムホールを定義する際のチルト角 レギュラーアレイに関連するホールファインダーで検出された角度
キャリブレーションファイルのエントリ
StandardLMFocus: このエントリは、LMで記録された標準フォーカスを含む、または真心フォーカスが非LMである。
倍率インデックス マイクロプローブでのフォーカス値、ない場合は-999 ナノプローブでのフォーカス値、ない場合は-999 倍率
フォーカス値は、0～1の絶対値か、日本電子の場合、粗焦点と微焦点の成分をエンコードした大きな値
FocusCalibration:
magインデックス カメラ番号 X方向の傾き Y方向の傾き ビームチルト ポイント数 方向インデックス プローブモード アルファ 倍率
SpotIntensities:
ナノプローブ、マイクロプローブのどちらかが、クロスオーバーより下とクロスオーバーより上の2つのキャリブレーションを行っている場合、2つのテーブルが存在する場合があります。 ただし、1つのテーブルで、1つの条件がクロスオーバーより下で行われ、もう1つの条件がクロスオーバーより上で行われることがあります。 内部的にはすべて別々のテーブルに分類されます。 各行の内容は以下の通りです。
スポットサイズ マイクロプローブの強度比、取得強度、クロスオーバー強度 ナノプローブの強度比、取得した強度、クロスオーバー強度
ここで、比率が0の場合は、そのスポットサイズでの測定がないことを示す。
BeamShiftCalibration（ビームシフトキャリブレーション）
このキャリブレーションは、指定された倍率での画像シフトからビームシフトへの2x2変換行列である。
magインデックス 画像シフトのX変化量に対するビームシフトのX変化量 画像シフトのY変化に対するビームシフトのX変化 画像シフトのX変化量に対するビームシフトのY変化量 画像シフトのY変化量に対するビームシフトのY変化量 α プローブモード 同じマグレンジとビーム条件で新たにキャリブレーションを行う場合、キャリブレーションを保持する場合は1、保持しない場合は0。 倍率
= HighFocusMagCal:
スポットサイズ プローブモード 強度 デフォーカス マグチェンジ ローテーション クロスオーバー アパーチャサイズ
ステージキャリブレーションと2x2変換行列
ステージキャリブレーションは4つの行列項からなり、他の2x2変換行列と同様に、X入力値の変化に対する出力X値の変化（xpx）、Yの変化に対するX値の変化（xpy）、Xの変化に対するY値の変化（ypyx）、Yの変化に対するY値の変化（ypy）として表現される。 この順序でファイルに書き込まれる。 この場合、入力値はステージ位置の変化量（ミクロン）であり、出力値は画像の移動量（アンビンジングピクセル）の負値、つまり元の中心に対する新しい中心座標の画像上の位置である。 この負の値は、Xをチルト軸に沿わせた基礎となる「標本」座標系に対して、典型的なステージ座標系を反転させるという点で不運なものである。
StageCalibrationの行には
マグ指数 カメラ番号 xpx xpy ypx ypy キャリブレーションを行った絶対焦点（日本電子の場合、粗動と微動の合成値） 倍率
その他
画像の回転
「試料」の座標系は、X軸を正のチルト軸とする右手系である。 (正のチルト軸を原点とし、正のチルトでステージを反時計回りに回転させる）。 画像の回転は、カメラ画像が試料面における画像からCCW回転した量、すなわち画像の正のX軸から画像内の正のチルト軸までの角度（CCW正）と定義される。
カメラが1台しかなく、較正された絶対回転を持つ RotationAndPixel 行がない場合、ある倍率での回転は、MagnificationTable のそのマグの回転値、GlobalExtraRotation、そのカメラの ExtraRotation の合計である予備値から推定される。 テーブル内に相対回転がある場合、フォールバックは絶対回転として1つのマグに割り当てられ、これにより他のマグに対して回転を導き出すことができます。 これは、フォールバック角度がどのマグに適用されるべきかを知る方法がないため、あいまいな状況です。
いったん較正された絶対角度があると、MagnificationTable 回転、GlobalExtraRotation、および ExtraRotation は、RotationAndPixel テーブルにリストされている、絶対回転で mag に相対回転でリンクされているすべての mag に対して無関係になります。 ある mag の相対回転は、その mag の回転角から次に低い mag の回転を引いたものに等しくなります; この関係により、回転角が較正された絶対角で mag から外側に伝搬されることが可能になります。これらのマグにイメージシフトの較正がある場合、そのマグ範囲内の試料ではイメージシフトが不変であると仮定することにより、イメージシフトの較正がある同じマグ範囲の他のマグにも回転を割り当てることができる。 Thermo/FEIのスコープではLMとnonLM、JEOLのスコープではPLAを使用し、回転が伝達されない境界があります。MagnificationTable の回転は、これらのメカニズムのいずれかによって回転が割り当てられていない他のマグに対する予備的な役割を保持します。そのようなマグの回転は、問題のマグの MagnificationTable 回転と近くのマグの回転の差を追加することによって、回転が割り当てられた一番近いマグから得られます。
同じレベルに複数のカメラがある場合、つまり、複数の非エネルギーフィルターカメラまたは複数のエネルギーフィルターカメラがあり、一方が較正された絶対角度を欠いている場合、状況はさらに複雑になります。 プログラムは、可能であれば画像シフト較正を使用して、別のカメラから絶対角度を取得します。 ここで説明するすべての割り当ては、DebugOutput を 'c' に設定してプログラムを起動したときに表示されます。 ShiftManager::PropagateRotations()も参照してください。
画像の回転値は、ステージのキャリブレーションと密接に関係しています。 Thermo/FEI scope や JEOL scope のオメガフィルターなしの場合、画像回転を 0 にすると次のような画像移動パターンになる。
↑正のYステージの移動に対する画像の移動 | | | | ---------> Xステージの正の移動に対する画像の移動
イメージ回転角は、イメージ移動の軸がこのパターンに対して反時計回りに回転される量です。 画像回転（と傾斜軸角度）は、atan2(-ypx, -xpx) (X軸回転から) または atan2(-ypy, -xpy) - 90 ( Y軸回転から) に等しいはずで、プログラムは、ステージキャリブレーションで回転角度を報告するときにこれらの二つの推定値を平均化する。 オメガフィルター付きの日本電子の場合、このようなパターンになります。
↑正のYステージ移動のための画像移動
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<--------- 正のXステージ移動のための画像移動
X軸を反転させるので、プロパティInvertStageXAxisを設定する必要があります。 この場合、画像の回転は atan2(ypx, xpx) と atan2(-ypy, -xpy) - 90 から推定されます。 これらの推定値は単に報告されるだけで、プログラムによって直接使用されることはありません。何らかの効果を得るには、RotationAndPixel 行に配置する必要があります。
