「ＰＤＢファイルの取り扱い」の版間の差分

2013年3月18日 (月) 05:28時点における版

PDBファイルの取り扱い

原子モデルのおおざっぱな形

　PDBファイルの中の原子モデルのおおざっぱな形を知りたいときがあります。そのためには、PCA(principal component analysis)を利用(pdbPCA)することができます。このプログラムは、要素をｘ、ｙ、ｚの３つの要素だと考え、PCAを用いて、最も分散の大きい方向の軸（第一主成分、楕円体とみなしたときの最長軸）、それに直交する２つの軸を求めるものです。このそれぞれの軸の情報を回転行列として利用すれば、最長軸をX軸に変換することができます。