2D classificationジョブのSTARファイル
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2D classificationジョブでは、各イテレーションごとに4種類のSTARファイルが生成されます。run_it<イテレーション番号> をルート名として、_data.star、_model.star、_optimiser.star、_sampling.star と名前が付いています。
目次
_data.star
data_ loop_ _rlnCoordinateX #1 _rlnCoordinateY #2 _rlnAutopickFigureOfMerit #3 _rlnClassNumber #4 _rlnAnglePsi #5 _rlnImageName #6 _rlnMicrographName #7 _rlnMagnification #8 _rlnDetectorPixelSize #9 _rlnCtfMaxResolution #10 _rlnCtfFigureOfMerit #11 _rlnVoltage #12 _rlnDefocusU #13 _rlnDefocusV #14 _rlnDefocusAngle #15 _rlnSphericalAberration #16 _rlnCtfBfactor #17 _rlnCtfScalefactor #18 _rlnPhaseShift #19 _rlnAmplitudeContrast #20 _rlnOriginX #21 _rlnOriginY #22 _rlnGroupNumber #23 _rlnAngleRot #24 _rlnAngleTilt #25 _rlnNormCorrection #26 _rlnLogLikeliContribution #27 _rlnMaxValueProbDistribution #28 _rlnNrOfSignificantSamples #29 3555.794139 406.376473 0.662536 35 125.449124 000001@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 -0.69793 1 0.000000 0.000000 2.004590 5253.829275 0.516257 3 3600.947080 485.394120 0.193001 35 -93.92588 000002@Extract/job012/Movies/20170629_00021_frameImage.mrcs MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 10000.000000 3.540000 4.632000 0.103875 200.000000 10407.339844 10826.280273 2.460000 1.400000 0.000000 1.000000 0.000000 0.100000 1.302067 3.302067 1 0.000000 0.000000 1.507015 5225.000115 0.919596 3 (以下略)
新しく現れたパラメータや特記事項があるパラメータについて以下にまとめます。
| ラベル名 | 説明 |
|---|---|
| _rlnCoordinateX, _rlnCoordinateY | 単粒子切り出し元画像内での座標[pixel]。2D classificationではアラインメントを行うが、この値は変化しない。この座標からの単粒子の中心位置ずれは_rlnOriginX, _rlnOriginYで表現される。 |
| _rlnClassNumber | 所属確率がもっとも高いクラスの番号。2D classificationの結果割り当てられる。 |
| _rlnAnglePsi | 3番目のオイラー角Ψ(面内回転) [度]の値。2D classificationにより推定される。 |
| _rlnOriginX, _rlnOriginY | 単粒子画像の回転中心の座標[pixel]。単粒子切り出し時には(0, 0) (+ 何らかの誤差)だが、2D classificationのアラインメントにより(0, 0)以外の値になっている。 |
| _rlnGroupNumber | 切り出し元の画像でグループ分けされている。n枚目の画像から切り出されたならばnが割り当てられている。 |
| _rlnAngleRot, _rlnAngleTilt | それぞれ1番目(rot)と2番目(tilt)のオイラー角[度]。3Dでの推定をまだ実行していない場合は、0, 0になっている。 |
| _rlnNormCorrection | 正規化補正値 |
| _rlnLogLikeliContribution | その単粒子の対数尤度関数に対する貢献量 |
| _rlnMaxValueProbDistribution | その単粒子の確率質量関数の最大値 |
| _rlnNrOfSignificantSamples | Number of orientational/class assignments (for a particle) with sign.probabilities in the 1st pass of adaptive oversampling (所属クラスの割り当てが変更された回数に関係する量？） |
_model.star
データブロックが大きく分けて5種類ある。
data_model_general
data_model_general _rlnReferenceDimensionality 2 _rlnDataDimensionality 2 _rlnOriginalImageSize 64 _rlnCurrentResolution 18.880000 _rlnCurrentImageSize 44 _rlnPaddingFactor 2.000000 _rlnIsHelix 0 _rlnFourierSpaceInterpolator 1 _rlnMinRadiusNnInterpolation 10 _rlnPixelSize 3.540000 _rlnNrClasses 50 _rlnNrBodies 1 _rlnNrGroups 5 _rlnTau2FudgeFactor 2.000000 _rlnNormCorrectionAverage 0.767096 _rlnSigmaOffsets 7.610923e+07 _rlnOrientationalPriorMode 0 _rlnSigmaPriorRotAngle 0.000000 _rlnSigmaPriorTiltAngle 0.000000 _rlnSigmaPriorPsiAngle 0.000000 _rlnLogLikelihood 7.989805e+06 _rlnAveragePmax 0.801794
data_model_classes
data_model_classes loop_ _rlnReferenceImage #1 _rlnClassDistribution #2 _rlnAccuracyRotations #3 _rlnAccuracyTranslations #4 _rlnEstimatedResolution #5 _rlnOverallFourierCompleteness #6 _rlnClassPriorOffsetX #7 _rlnClassPriorOffsetY #8 000001@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001263 999.000000 999.000000 45.312000 0.837927 -0.00277 0.001014 000002@Class2D/job016/run_it025_classes.mrcs 0.001893 999.000000 999.000000 25.173333 0.903520 -0.00132 -0.00132 (以下略)
data_model_class_n
data_model_class_1
loop_
_rlnSpectralIndex #1
_rlnResolution #2
_rlnAngstromResolution #3
_rlnSsnrMap #4
_rlnGoldStandardFsc #5
_rlnFourierCompleteness #6
_rlnReferenceSigma2 #7
_rlnReferenceTau2 #8
_rlnSpectralOrientabilityContribution #9
0 0.000000 999.000000 3.665691 0.000000 1.000000 0.007461 0.013675 0.000000
1 0.004414 226.560000 3.026267 0.000000 0.785714 0.020578 0.031138 0.000000
2 0.008828 113.280000 6.453868 0.000000 0.833333 0.005567 0.017965 0.000000
3 0.013242 75.520000 5.166827 0.000000 0.850000 0.002592 0.006697 0.000000
4 0.017655 56.640000 4.207441 0.000000 0.851852 8.892138e-04 0.001871 0.000000
5 0.022069 45.312000 1.970419 0.000000 0.640625 4.820656e-04 4.749356e-04 0.000000
6 0.026483 37.760000 0.821692 0.000000 0.324324 3.159420e-04 1.298035e-04 0.000000
7 0.030897 32.365714 0.832150 0.000000 0.282609 1.859071e-04 7.735125e-05 0.000000
8 0.035311 28.320000 0.666574 0.000000 0.224490 1.295436e-04 4.317520e-05 0.000000
9 0.039725 25.173333 0.784156 0.000000 0.275000 9.953982e-05 3.902737e-05 0.000000
10 0.044138 22.656000 0.584009 0.000000 0.169355 8.523505e-05 2.488904e-05 0.000000
11 0.048552 20.596364 0.291531 0.000000 0.007042 8.202475e-05 1.195639e-05 0.000000
12 0.052966 18.880000 0.049583 0.000000 0.000000 1.162804e-04 2.882795e-06 0.000000
13 0.057380 17.427692 0.009578 0.000000 0.000000 3.011485e-04 1.442150e-06 0.000000
14 0.061794 16.182857 0.001354 0.000000 0.000000 0.001081 7.319991e-07 0.000000
15 0.066208 15.104000 0.006224 0.000000 0.000000 1.345070e-04 4.185799e-07 0.000000
16 0.070621 14.160000 0.007359 0.000000 0.000000 6.040973e-05 2.222673e-07 0.000000
17 0.075035 13.327059 0.004576 0.000000 0.000000 5.058901e-05 1.157448e-07 0.000000
18 0.079449 12.586667 0.002190 0.000000 0.000000 6.317357e-05 6.916016e-08 0.000000
19 0.083863 11.924211 4.442074e-04 0.000000 0.000000 1.901498e-04 4.223298e-08 0.000000
20 0.088277 11.328000 1.641651e-04 0.000000 0.000000 3.900355e-04 3.201511e-08 0.000000
21 0.092691 10.788571 8.273337e-04 0.000000 0.000000 6.366484e-05 2.633604e-08 0.000000
22 0.097105 10.298182 8.021799e-04 0.000000 0.000000 6.291855e-05 2.523600e-08 0.000000
23 0.101518 9.850435 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
24 0.105932 9.440000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
25 0.110346 9.062400 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
26 0.114760 8.713846 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
27 0.119174 8.391111 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
28 0.123588 8.091429 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
29 0.128001 7.812414 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
30 0.132415 7.552000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
31 0.136829 7.308387 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
32 0.141243 7.080000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
data_model_groups
data_model_groups
loop_
_rlnGroupNumber #1
_rlnGroupName #2
_rlnGroupNrParticles #3
_rlnGroupScaleCorrection #4
1 Movies/20170629_00021_frameImage.mrc 348 0.989576
2 Movies/20170629_00022_frameImage.mrc 322 1.006113
3 Movies/20170629_00023_frameImage.mrc 315 0.996019
4 Movies/20170629_00024_frameImage.mrc 279 0.999816
5 Movies/20170629_00025_frameImage.mrc 321 1.009236
data_model_group_n
data_model_group_1
loop_
_rlnSpectralIndex #1
_rlnResolution #2
_rlnSigma2Noise #3
0 0.000000 6.699176e-04
1 0.004414 5.044234e-04
2 0.008828 3.852414e-04
3 0.013242 2.962146e-04
4 0.017655 2.536162e-04
5 0.022069 2.571982e-04
6 0.026483 2.749977e-04
7 0.030897 2.489669e-04
8 0.035311 2.283906e-04
9 0.039725 2.044940e-04
10 0.044138 1.694933e-04
11 0.048552 1.281033e-04
12 0.052966 9.658166e-05
13 0.057380 7.243675e-05
14 0.061794 6.748875e-05
15 0.066208 7.883464e-05
16 0.070621 9.554841e-05
17 0.075035 9.866697e-05
18 0.079449 7.982541e-05
19 0.083863 6.505653e-05
20 0.088277 6.598636e-05
21 0.092691 7.684159e-05
22 0.097105 7.732326e-05
23 0.101518 6.778179e-05
24 0.105932 6.208213e-05
25 0.110346 6.746794e-05
26 0.114760 6.921340e-05
27 0.119174 6.147887e-05
28 0.123588 6.069812e-05
29 0.128001 6.416122e-05
30 0.132415 6.190670e-05
31 0.136829 5.747373e-05
32 0.141243 5.758882e-05
