CTF補正
透過型電子顕微鏡画像は、通常、その撮影条件に応じて、画像が変調されて撮影されます。撮影された画像をそのまま解釈しようとすると問題が生じます。特に、コントラストが低い生物試料では、デフォーカス量を大きくとって、コントラストを増強しようとします。そのため、非常に大きな変調を受けます。 実空間で考えると、観察像は、真の像の一つ一つの点がどのように広がるかを示す、点拡がり関数（PSF: Point Spread Function)が各点毎に畳み込まれた(convolute)された画像になります。 一方で、逆空間（フーリエ空間）では、観察像のフーリエ変換は、この点拡がり関数のフーリエ変換されたものであるコントラスト伝達関数（CTF: Contrast Transfer Function)が、真の画像に積となったものとなります。 ここでは、Eosを使って、ＣＴＦの影響がどのように出るかを計算しながら、透過型電子顕微鏡の画像の意味を理解しながら、コントラストの補正を行う方法について、まとめておきます。
ＣＴＦによる変調を受けた画像を得るためには
Eosでは、真の画像がどのように変調を受けるかをシミュレートするためのツールがいくつか有ります。 画像に対して、ＣＴＦの影響をみるためのツールが、mrcImageCTFCompensationです。このプログラムを使って、画像変調をかけてみましょう。 また、ＣＴＦ関数そのものをインタラクティブに観察するには、ctfDisplayというツールがあります。このツールは、ＣＴＦ関数そのものを決定するためのインタラクティブなツールでも有ります。
ＣＴＦのパラメータを決定するためには
Eosでは、自動的にＣＴＦパラメータ（デフォーカス量）を決定するプログラムctfDetemineがあります。ＳＮが十分に高く、トーンリングと呼ばれるコントラストが０の領域が明確に現れた場合には、決定することができます。こちらは、現在は、非点に対応できていません。 cryo-EMのデータなどで、コントラストが低い場合、ＳＮ比が悪い場合、また、自動決定したデフォーカス量等を確認する意味でも、ctfDisplayというツールを使います。
データを利用してＣＴＦパラメータを決定してみましょう。
ＣＴＦによる変調を補正するためには
Eosでは、CTFによる変調を補正するためには、mrcImageCTFCompensation、あるいは、mrcImageCMultiCTFCompensationのいずれかを使います。前者は、一枚の画像のＣＴＦ補正を行う場合、後者は同一視野の二枚以上の画像（デフォーカスシリーズ）のＣＴＦ補正を行う場合に利用します。
mrcImageMultiCTFCompensationを利用する場合には、重ね合わせる画像同士の位置合わせ(アラインメント）を行っておく必要があります。
