mrcImageCTFDetermination

mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル設定: mrcImage(Original Image)	NULL
-r	必須	参照ファイル設定: mrcImage(CTF)	NULL
-o	選択	出力: Optimum [text] defocus and amplitude-contrast at minimum point	stdout
-oP	選択	出力: Distribution: mrcImage	NULL
-oC	選択	出力: CTF Information file Type (-mC) 0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) 1: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 1)	NULL
-oF	選択	出力: Result FFT: mrcImage	NULL
-kV	選択	加速電圧: [kV]	200
-Cs	選択	球面収差: [mm]	2.1
-Ain	選択	IlluminationAperture[mrad]	0.02
-W	選択	白色ノイズ比(Noise/Signal)	1.0
-df	選択	デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf)	(0.0, 200000, 1000)
-AoveP	選択	AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP)	(0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin	選択	最小空間周波数[/A]	0.0
-Rmax	選択	最大空間周波数[/A]	0.1
-mF	選択	フィルタタイプ	1
-mW	選択	Wight Type	0
-mS	選択	Sum Type	0
-mC	選択	CTF Information Type	0
-M	選択	ref Type	0
-PiselSize	選択	ピクセルサイズ [A]	5
-Width	選択	Pad Width [pixel]	120
-truePitch	選択	True Pitch [A]	700
-dfRef	選択	dfRef for ref(firstDf, withinDf)	(70000, 1000)
-AoverPRef	選択	A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP)	(0.05, 0.01)
-MaxIter	選択	MaxIteration for ref	10
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-mF の詳細

モード	説明
0	CTF補正しない
1	位相のみ: W = CTF/|CTF|
2	積算 : W = CTF
3	積算  : W = 1/CTF
4	ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5	積算  : W = CTF^2

-mW の詳細

モード	説明
0	Weight = 1
1	Weight = (|in| + |ref|)/2

-mS の詳細

モード	説明
0	Sigma[Phase(i)]
1	Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]

-M の詳細

モード	説明
0	単一イメージでCTF補正
1	Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation. デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。 ミオシンフィラメント用のモード (オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter
2	Result FFT (オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef