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MaiML NAMESPACE Definition

2025-10-30T00:33:33Z

Yumikiba: /* 1. About the Laboratory */

== '''概要''' ==
'''MaiMLサンプルデータで使用している一部の用語の定義（名前空間定義）'''を記載しています。
<pre style="color: red">
ここに存在する定義は、テストデータで使用したダミーの定義です。
The definitions provided here are dummy definitions used for MaiML sample data.
</pre>

=='''Namespace1: ''KYL'''''==

==='''1. About the Laboratory'''===

;1-1 YasunagaLab
:Yasunaga Laboratory.

==='''2. Members of Yasunaga Laboratory'''===

;2-1 T. Yasunaga
:Prof. Yasunaga, Head of the laboratory.

;2-2 K. Sato
:Sato san

;2-3 A. Tanaka
:Tanaka san

;2-4 T. Yamada
:Yamada san

==='''3. Sample-related Terms'''===

;3-1 SampleName

:Name of the sample.
:xsi:type="stringType"

;3-2 SampleBaseName

:When the sample is placed on a supporting material, this indicates the name of that material.
:xsi:type="stringType"

;3-3 SampleNo
:A numeric or alphanumeric identifier assigned to a sample.
:When combined with the creator and SampleName, it provides a unique identifier for each sample.
:The numbering scheme should be sequential or otherwise structured to ensure uniqueness within the dataset.
:xsi:type="stringType"

==='''4. AFM-related Terms'''===

;4-1 OperationMode
:A term indicating the operational mode used in AFM measurements.
:The value shall be selected from the microscopy method definitions provided in Clause 3 of ISO 18115-2(E), such as “KPFM”.
:xsi:type="stringType"

==='''5. Raman-related Terms'''===

;5-1 AcqTime
:Acquisition Time
:The time during which the detector collects signal in a single measurement.
:xsi:type="doubleType", units="s"

;5-2 Accumulations
:The number of times the measurement is repeated under the same conditions.
:xsi:type="intType"

;5-3 Range
:Measurement Range
:The range of Raman shift to be measured.
:xsi:type="stringType"

MaiML Hands on

2025-08-08T07:48:11Z

Yumikiba: ページの作成:「= ハンズオン資料 = == 概要 == JASIS展で使用したハンズオンパッケージを掲載します（掲載期間：2025/9/1〜2025/9/8） == 資料リン...」

= ハンズオン資料 =

== 概要 ==
JASIS展で使用したハンズオンパッケージを掲載します（掲載期間：2025/9/1〜2025/9/8）

== 資料リンク ==
* [[Media:maimlhandson20250903.zip|ハンズオンパッケージ]]

MaiML

2025-07-08T23:43:05Z

Yumikiba:

== MaiML 概要 ==

MaiML(Measurement analysis intrument Markup Language)は、計測分析及びその関連の工程を包括的に記述するためのデータフォーマットである。JIS K0200として、JIS規格としてまとめられている。
　また、ガイドラインなどは、[[https://www.maiml.org/ www.maiml.org]]上から取り寄せることができる。

以下のような特徴をもつ
#独立可用性
##データファイルだけで，サーバー空間などに機器から独立しても，計測分析に関わる全てのデータを利用できること
##ＡＩ・データサイエンスの様なビッグデータ解析に利用できること
#可視化
##スキーマによる構造の定義と半構造化データ：XML準拠
#再現性
##ペトリネットによる計測分析の工程の表現：PNML準拠
#汎用的データ表現
##データ型，値，データ意味の記載：半構造化データの活用
##外部データ，多様なデータの挿入表現
#トレーサビリティ
##ログの記載：XES準拠
#一意性の保証
##UUIDの利用
#データのオープン／クローズ戦略
##秘匿化

== MaiML サンプルデータの用語定義（名前空間定義） ==
[[ MaiML NAMESPACE Definition ]]

mrcImageGLCM

2024-07-09T07:40:24Z

Tacyas: ページの作成:「'''mrcImageGLCM'''とは、画像のテクスチャ（2Ｄ／３Ｄ）の状態を数値化するEosのコマンドである。　　画像のテクスチャを...」

'''mrcImageGLCM'''とは、画像のテクスチャ（2Ｄ／３Ｄ）の状態を数値化する[[Eos]]の[[コマンド]]である。

　　画像のテクスチャを数値化するためのGLCM(Gray Level Co-occurrence Matrix)を用いて、2Ｄ及び3Ｄの画像のテクスチャ情報を取り出すプログラムとして、利用できます。

== オプション一覧 ==

Usage: mrcImageGLCM
Options:
[-i[nput] In (NULL ).as(inFile::mrcImage ) ] :Essential :Input
[-o[utput] Out (NULL ).as(outFile::mrcImage ) ] :Optional :Output:GLImage
[-O[utput] OutInfo (stdout ).as(outFile::ASCII ) ] :Optional :Output:Information
[-e[psilon] epsilon (2.2e-16 ).as(Real ) ] :Optional :SmallValueForLog
[-thres[hold]High thresHigh (1.0 ).as(Real ) ] :Optional :HighCut
[-thres[hold]Low thresLow (0.0 ).as(Real ) ] :Optional :LowCut
[-exceptValue exceptValue (0.0 ).as(Real ) ] :Optional :Except Value
[-range range (2.0 ).as(Real ) ] :Optional :mean+-range*sd (LowCut-HighCut)
[-nHist nHist (8 ).as(Integer ) ] :Optional :GrayLevel
[-offset offset (1 ).as(Integer ) ] :Optional :Distance
[-angle angleMode (15 ).as(Integer ) ] :Optional :Angle:1-0, 2-45, 4-90, 8-135 for 2D, 2^13-1=8191 for 3D
[-areaX minAreaX (0 ).as(Real )
maxAreaX (1.0 ).as(Real ) ] :Optional :
[-areaY minAreaY (0 ).as(Real )
maxAreaY (1.0 ).as(Real ) ] :Optional :
[-areaZ minAreaZ (0 ).as(Real )
maxAreaZ (1.0 ).as(Real ) ] :Optional :
[-c[onfig] configFile (NULL ).as(inFile ) ] :Optional :ConfigurationFile
[-m[ode] mode (0 ).as(Integer ) ] :Optional :Mode
----- Additional Usage -----
angleMode: 2^0-2^12, 2^13-1 for all
1: (1, 0, 0)
2: (1, 1, 0)
4: (0, 1, 0)
8: (-1,1, 0)
16: (1, 0, 1)
32: (1, 1, 1)
64: (0, 1, 1)
128: (-1,1, 1)
256: (1, 0,-1)
512: (1, 1,-1)
1024: (0, 1,-1)
2048: (-1,1,-1)
4096: ( 0, 0, 1)

===メインオプション===


<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</div>
</table>

===モードの詳細===


<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>8ビット</td>
</tr>

</div>
</table>

== 実行例 ==

===オプション指定なし===
<div>[[画像:out.gif]]</div>

コピー用<br>
<pre>
'''xxxx'''とは、YYYYYを実施する[[Eos]]の[[コマンド]]である。



== オプション一覧 ==

===メインオプション===


<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>オプション</th>
<th>必須項目/選択項目</th>
<th>説明</th>
<th>デフォルト</th>
</tr>
<tr>
<td>-i</td>
<td>必須</td>
<td>入力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-o</td>
<td>必須</td>
<td>出力ファイル設定</td>
<td>NULL</td>
</tr>
<tr>
<td>-m</td>
<td>選択</td>
<td>モードを設定</td>
<td>0</td>
</tr>
<tr>
<td>-h</td>
<td>選択</td>
<td>ヘルプを表示</td>
<td>　</td>
</tr>
</div>
</table>

===モードの詳細===


<table border="1">
<div align="left">
<tr>
<th>モード</th>
<th>説明</th>
</tr>
<tr>
<td>0</td>
<td>8ビット</td>
</tr>

</div>
</table>

== 実行例 ==

===オプション指定なし===
<div>[[画像:out.gif]]</div>

</pre>
<br>

File Formats and Other Documentation

2022-12-30T02:26:59Z

Tacyas: /* Section Data */

== Image Metadata Files ==
SerialEMは、画像のメタデータをIMOD "autodoc" フォーマットでテキストファイルに保存する。
この形式は、キーワードと値のペアをセクションと呼ばれるブロックに整理したものである。
このセクションには、さまざまな種類のデータが含まれているが、
SerialEMのファイルでは、基本的に1種類のセクションしか使用しない。
セクションは、大括弧付きのキーと値のペアで始まります。

[セクションタイプ = 名前]

ここで、セクションの「名前」または値は通常，ユニークに設定するが、
IMOD autodocリーダーではそうである必要はない。

セクションヘッダ以下の行は、次のような形式で表現される。
キー = 値
そのセクションに関連するデータを提供する。
さらに、キーと値のペアは、セクション・ヘッダの前のファイルの最初に記載することもでき、これらはグローバル値として参照される。

すべての値はオートドキュメントファイルにテキスト文字列として保存されるが、特定の種類の情報を期待するソフトウェアは、これらの文字列を1つまたは複数の浮動小数点または整数値に変換することがよくある。

IMOD ライブラリ libcfshr の autodoc モジュールには、1 つ、2 つ、3 つ、または多数の浮動小数点または整数値をファイルの指定セクションに格納または取得するための関数が含まれている。 autodoc形式がSerialEMに選ばれた理由は、このライブラリがすぐに利用できること、このような関数を利用すると便利なこと、IMODのautodoc読込み機能との互換性があること、などである。

SerialEMが生成する画像関連autodocファイルには2種類ある。

1) ".mdoc "ファイルは、MRCファイルに関するデータを提供し、画像ファイルと同じ名前ですが、拡張子が".mdoc "になっています。セクションタイプは "ZValue "で、各セクションの名前はファイル内の画像のZ値で、0から順に番号が付けられている。

2) 一連の単一画像TIFFファイルをMRCファイルと同様に扱うための情報を提供する".idoc "ファイル。ここでのセクションタイプは "Image "で、各セクションの名称はTIFFファイルの名称である。

グローバルデータは、MRCファイルのヘッダーにある情報の一部を複製したものである。
また、MRCファイルのタイトルは "T "型のセクションヘッダに格納されます。

SerialEMが使用するIMODライブラリは、HDFファイルのメタデータにアクセスするために同じ内部オートドック構造を使用する。
したがって、これらのメタデータ情報をすべてautodoc形式のテキストファイルに抽出することは、次のようなコマンドで簡単にできる。

extracttilts -attr filename.hdf filename.hdf.mdoc

のようなコマンドで、これらのメタデータ情報をオートドック形式のテキストファイルに抽出することができる。

=== Global Data ===
{| class="wikitable"
|+Global Data
|-
|DataMode ||MRC file mode（MRCファイルのモード）
|-
|ImageSize ||X and Y size of images（画像のサイズ）
|-
|Montage ||1 if the file is a montage（モンタージュかどうか）
|-
|ImageSeries ||1 for an .idoc file describing a series of single-image files(.idocフォーマットかどうか)
|-
|ImageFile ||In a .mdoc file, contains the name of the image file(.mdocの中で含む画像ファイルの名前)
|-
|PixelSpacing ||Pixel spacing in Angstroms that would be in MRC header (or in 1/Angstroms for diffraction images)
（pixelあたりのスペーシング（Å），回折像では，1/Å）
|}

=== Section Data ===
{| class="wikitable"
|+Section Data
|-
|TiltAngle ||Tilt angle in degrees（傾斜角）
|-
|PieceCoordinates ||Pixel coordinates in X and Y and section Z value for montage piece
|-
|StagePosition ||X and Y stage position in microns（ステージ位置x y：ミクロン）
|-
|StageZ ||Z stage position in microns（ステージ位置z：ミクロン）
|-
|Magnification ||"Film" magnification value
|-
|CameraLength ||Camera length in mm for image in diffraction mode
|-
|MagIndex ||Magnification index
|-
|Intensity ||Raw intensity value between 0 and 1
|-
|SuperMontCoords ||X and Y pixel coordinates of frame in a supermontage
|-
|PixelSpacing ||Pixel spacing in Angstroms for individual image (or in 1/Angstroms for diffraction image)
|-
|ExposureDose ||Dose on specimen during camera exposure in electrons/sq. A
|-
|DoseRate ||Dose rate to the camera, in electrons per physical pixel per second
|-
|SpotSize ||Microscope spot size
|-
|Defocus ||Relative defocus readout from microscope (microns)
|-
|TargetDefocus ||Current target for autofocus (microns)
|-
|ImageShift ||X and Y image shift in basic units (close to microns)
|-
|RotationAngle ||Rotation of image from having tilt axis along X axis (CCW +)
|-
|ExposureTime ||Image exposure time
|-
|Binning ||Image binning on the camera
|-
|UsingCDS ||1 if image was taken with CDS mode on
|-
|CameraIndex ||Index of the CameraProperties section for the camera used
|-
|DividedBy2 ||1 if image was divided by 2
|-
|RotationAndFlip ||RotationAndFlip property of K2 or K3 camera
|-
|LowDoseConSet ||Control set index plus 1 if image taken in Low Dose, or negative of index if not in Low Dose (index 0-6 for View, Focus, Trial, Record, Preview, Search, Mont-map; 7 for tracking, 8 for montage)
|-
|MinMaxMean ||Minimum, maximum, and mean value for this image
|-
|PriorRecordDose ||For an image in a tilt series taken in Low Dose mode, the cumulative dose in the Record area prior to this image, including Record and Preview images and View i||mages taken in tasks
|-
|XedgeDxy ||Edge displacement in X and Y for montage piece to the right of this piece
|-
|YedgeDxy ||Edge displacement in X and Y for piece above this piece
|-
|XedgeDxyVS ||Edge displacement for piece to right, computed with very sloppy option
|-
|YedgeDxyVS ||Edge displacement for piece above, computed with very sloppy option
|-
|StageOffsets ||When aligning montage pieces with image shift, this is the effective stage position (actual position plus the stage equivalent to the image shift adjustment) |minus the nominal stage position of the piece.
|-
|AlignedPieceCoords ||Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option off.
|-
|AlignedPieceCoordsVS ||Piece coordinates adjusted by the solved shifts for each piece when pieces are aligned in overview with 'Very sloppy' option on.
|-
|SubFramePath ||Directory or file in which subframes of exposure were stored
|-
|NumSubFrames ||Number of subframes stored
|-
|FrameDosesAndNumbers ||Dose per frame in electrons per square Angstrom followed by number of frames at that dose; variable-sized frame sums will have multiple pairs of such values
|-
|DateTime ||Time and date of image acquisition; the format of the date is dd-Mon-yy regardless of locale.
|-
|NavigatorLabel ||Label of Navigator item, added if Acquire at Items is being run and a tilt series is not
|-
|FilterSlitAndLoss ||Energy filter slit width and energy loss if slit is in, 0 0 otherwise
|-
|ChannelName ||Detector name for a STEM image
|-
|MultishotHoleAndPosition ||Hole identifier and position within hole when taking multiple record images; peripheral positions are numbered from 1 and the center is numbered 0. For a regular pattern, hole identifiers are a pair of numbers relative to the center of the pattern; for a custom pattern, they are simply numbers starting at 1.
|-
|CameraPixelSize ||For diffraction image, the size of the image pixel on the camera in microns, namely the physical chip pixel size times the binning.
|-
|Voltage ||High voltage in kV for diffraction image.
|}

=== Direct Electron Specific Section Data ===
{| class="wikitable"
|+
Direct Electron Specific Section Data
|-
|DE12-ServerSoftwareVersion ||Server software version
|-
|DE12-PreexposureTime(s) ||Pre-exposure time
|-
|DE12-TotalNumberOfFrames ||Total number of frames in acquisition
|-
|DE12-FramesPerSecond ||Frame rate in frames per second
|-
DE12-CameraPosition ||Whether camera was retracted or inserted
|-
DE12-ProtectionCoverMode ||Whether protection cover is kept open or open and closed for this shot
|-
DE12-ProtectionCoverOpenDelay(ms) ||Delay after opening prtection cover
|-
DE12-TemperatureDetector(C) ||Detector temperature
|-
DE12-FaradayPlatePeakReading(pA/cm2) ||Current reading from Faraday plate during exposure
|-
|DE12-SensorModuleSerialNumber ||Serial number of sensor
|-
|DE12-SensorReadoutDelay(ms) ||Delay before starting to read out sensor during exposure
|-
|DE12-IgnoredFramesInSummedImage ||Number of frames ignored in a summed image
|}

=== Additional Data in MontSection ===
{| class="wikitable"
|+
|Additional Data in MontSection
|-
|FullMontSize ||Full size of montage in X and Y if all pieces are present
|-
|BufISXY ||Image shift associated with overview buffer
|-
|ProbeMode ||1 for microporbe, 0 for nanoprobe
|-
|MoveStage ||1 if for a stage montage
|-
|ConSetUsed ||Control set used for the montage (0 = View, 3 = Record, 5 = Search, 6 = MontMap
|-
|MontBacklash ||The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center
|-
|ValidBacklash ||The nominal backlash for this montage, or 0 0 if using an anchor at the center or doing a zigzag pattern
|-
|DriftSettling ||Drift settling in control set used
|-
|CameraModes ||Shutter mode and read mode
|-
|FocusOffset ||Focus offset for low dose View or Search, assigned to map item DefocusOffset if a map is made
|-
|NetViewShifts ||Image shift offsets for low dose View or Search
|-
|ViewBeamShifts ||Beam shift offsets for low dose View or Search
|-
|ViewBeamTilts ||Incremental beam tilts for low dose View or Search
|-
|ViewDefocus ||Focus offset for low dose View or Search, assigned to image buffer when reading in
|-
|Alpha ||Alpha value on JEOL
|-
|FilterState ||0/1 if slit is out/in, and slit width
|}

== Navigator File for serialEM ==

SerialEM Navigator　Fileに関する説明になります。

下記の翻訳に　なります。
[[https://bio3d.colorado.edu/SerialEM/stableHlp/html/about_formats.htm#navigator https://bio3d.colorado.edu/SerialEM/stableHlp/html/about_formats.htm#navigator ]]

SerialEM 3.6では、Navigatorの出力が1項目につき1行のタブ区切り形式からオートドック形式に変更され、代わりにXMLとして出力するオプションが追加されている。
XMLやautodocファイルは、以前のバージョンのタブ区切りファイルと同様に、読み挙げることができる。

グローバル・データは2行あります。

AdocVersion = x.xx
LastSavedAs = xy.nav

という2行のグローバルデータがあり、2行目は最後に保存したときのファイルの完全な絶対パスとファイル名である。

次に、各項目は'Item'タイプのセクションにあり、そのラベル文字列を値として持つ。

次の表は、セクションに出現するすべてのキー、期待される値の種類、それが必須かどうか、必須でない場合はどのようなデフォルト値が設定されるかを示したものである。

=== Navigation File Section Data===
{| class="wikitable"
|-
!Key !!Type of value !!Default value, or Required !!CMapDrawItem member(s) !!Description
|-
|Color ||Integer ||Req ||mColor ||Color index (0-5)
|-
|StageXYZ ||Three Floats ||Req (unless external) ||mStageX/Y/Z ||Stage position adjusted for current mag
|-
|NumPts ||Integer ||Req ||mNumPoints ||Number of points
|-
|Corner ||Integer ||0 ||mCorner ||Flag for corner point
|-
|Draw ||Integer ||1 ||mDraw ||Flag to draw
|-
|RegPt ||Integer ||0 ||mRegPoint ||Registration point number
|-
|Regis ||Integer ||Req ||mRegistration ||Registration at which item exists
|-
|Type ||Integer ||Req ||mType ||Type: 0-2 for point, polygon, map
|-
|Note ||String ||blank ||mNote ||Note string
|-
|GroupID ||Integer ||0 ||mGroupID ||ID of group thatitem belongs to
|-
|PolyID ||Integer ||0 ||mPolygonID ||ID of polygon used to define supermontage
|-
|FitToPolygonID ||Integer ||0 ||mFitToPolygonID ID of polygon that this montage map was fit to
|-
|Imported ||Integer ||0 ||mImported ||Indicator of an imported map or point drawn on one
|-
|RegisteredToID ||Integer ||0 ||mRegisteredToID ||For an imported map, ID of map that it was registered to for transforming
|-
|SuperMontXY ||Two Integers ||-1,-1 ||SuperMontX/Y ||Camera coordinate of a montage in supermontage
|-
|OrigReg ||Integer ||Regis ||mOriginalReg ||Original registration (default is Registration)
|-
|DrawnID ||Integer ||0 ||mDrawnOnMapID ||ID of map point/polygon was drawn on
|-
|BklshXY ||Two Floats ||0,0 ||mBacklashX/Y ||Backlash when a montage was taken or associated with item
|-
|SamePosId ||Integer ||0 ||mAtSamePosID ||Items with this matching were taken at same raw stage position
|-
|RawStageXY ||T|wo Floats ||-10000,-10000 ||mRawStageX/Y ||Raw stage position before adjustments
|-
|Acquire ||Integer ||0 ||mAcquire ||Flag for acquiring
|-
|PieceOn ||Integer ||-1 ||mPieceDrawnOn ||Index of montage piece item was drawn on (piece_#_in_X * #_of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y), or index of nearest piece if item is on a missing piece, in which case XYinPc will not be written to file.
|-
|XYinPc ||Two Floats ||-1,-1 ||mX/YinPiece ||X,Y coordinates in the montage piece, in right-handed pixels of stored montage
|-
|MapFile ||String ||Req if Map ||mMapFile ||Full or relative path of map file (see Read & Open)
|-
|MapID ||Integer ||Req if Map ||mMapID ||Unique ID (all items get one, not just maps)
|-
|FocusAxisPos Float ||-1.e8 ||mFocusAxisPos ||Stored position of Focus area on inter-area axis
|-
|LDAxisAngle ||Two integers ||0,0 ||mRotateFocusAxis, mFocusAxisAngle ||First value: 1 to rotate inter-area axis from tilt axis, 0 not to; second value: angle of rotation
|-
|FocusOffsets ||Two Floats ||0,0 ||mFocusX/Yoffset ||Offset of focus subarea in X and Y in unbinned pixels (Y inverted)
|-
|HoleArray ||Two integers ||0,0 ||mNumX/Yholes ||# of positions in X and Y for multiple Record
|-
|SkipHoles ||List of integers ||none ||mSkipHolePos ||Pairs of X,Y indexes for positions to skip from that array specified in HoleArray. Positions are numbered from 0 at lower-left in stage coordinates
|-
|TSstartEndAngles ||Two Floats ||-1.e8,-1.e8 mTSstartAngle, mTSendAngle Starting and ending angles of range for tilt series item
|-
|TSbidirAngle ||Float ||-1.e8 ||mTSbidirAngle ||Bidirectional starting angle for tilt series item
|-
|TargetDefocus ||Float ||-1.e8 ||mTargetDefocus ||Target defocus for Acquire or tilt series item
|-
|FileToOpen ||String ||none ||mFileToOpen ||Name of file to open for Acquire or tilt series item
|-
|TSParamIndex ||Integer ||-1 ||mTSParamIndex ||Index of into parameter array for tilt series
|-
|MontParamIndex ||Integer ||-1 ||mMontParamIndex ||Index into array of parameters for montages to open
|-
|FilePropIndex ||Integer ||-1 ||mFilePropIndex ||Index into array of file options for file to open
|-
|MapMontage ||Integer ||Req if Map ||mMapMontage ||Flag that map is a montage
|-
|MapSection ||Integer ||Req if Map ||mMapSection ||Section number in file
|-
||MapBinning ||Integer ||Req if Map ||mMapBinning ||Binning at which map was taken, or of initial overview map image for montage
|-
||MapMagInd ||Integer ||Req if Map ||mMapMagInd ||Magnification index of map, or of non-map image a point or polygon was drawn on
|-
||MapCamera ||Integer ||Req if Map ||mMapCamera Camera index
|-
|MapScaleMat ||Four Floats ||Req if Map ||mMapScaleMat ||Stage to pixel scale matrix for drawing, based on pixels of initial map image. For
montage, needs to be adjusted by ratio of currently loaded map width/height to initial map width/height
|-
|MapWidthHeight ||Two Integers ||Req if Map mMapWidth/Height ||Size of initial map image at which scale matrix was defined
|-
|MapMinMaxScale ||Two Floats ||0,0 ||mMapMin/MaxScale ||Min and max scale values of image when map was defined
|-
|MapFramesXY ||Two Integers ||0,0 ||mMapFramesX/Y|| Number of montage frames when acquired
|-
|MontBinning ||Integer ||0 ||mMontBinning ||Actual binning of montage used to make the map
|-
|MapExposure ||Float ||0. ||mMapExposure ||Exposure time for original map images
|-
|MapSettling ||Float ||0. ||mMapSettling ||Drift settling
|-
|ShutterMode ||Integer ||-1 mShutterMode ||Shutter mode
|-
|K2ReadMode ||Integer ||0 mK2ReadMode ||Read mode for K2/K3 camera
|-
|MapSpotSize ||Integer ||0 ||mMapSpotSize ||Spot size at which map was taken
|-
|MapIntensity ||Double ||0 ||mMapIntensity ||Intensity at which map was taken
|-
|MapSlitIn ||Integer ||0 ||mMapSlitIn ||Filter slit state when map was taken
|-
|MapSlitWidth ||Float ||-1. ||mMapSlitWidth ||Filter slit width when map was taken
|-
|RotOnLoad ||Integer ||0 ||mRotOnLoad ||Flag to rotate when load
|-
|RealignedID ||Integer ||0 ||mRealignedID ||ID of lower mag map with nearby realign error
|-
|RealignErrXY ||Two Floats ||0,0 ||mRealignErrX/Y ||Final stage error of that realign operation
|-
|LocalErrXY ||Two Floats ||0,0 ||mLocalRealiErrX/Y ||Error in second round of realign operation
|-
|RealignReg ||Integer 0 ||mRealignReg ||Original registration of that realign
|-
|ImageType ||Integer ||0 ||mImageType ||Map file type 0-3 for MRC, IMOD, TIFF, IDOC
|-
|MontUseStage ||Integer ||-1 ||mMontUseStage ||1 if montage was taken with stage, 0 if not, -1 if unknown
|-
|DefocusOffset ||Float ||0. ||mDefocusOffset ||Defocus offset for map based on View images
|-
|K2ReadMode ||Integer ||0 ||mK2ReadMode ||Read mode for K2/K3 camera
|-
|NetViewShiftXY ||Two Floats ||0,0 ||mNetViewShiftX/Y ||Net IS offset for a View image map
|-
|MapAlpha ||Integer ||-999 ||mMapAlpha ||JEOL alpha value
|-
|ViewBeamShiftXY ||Two ||Floats ||0,0 ||mViewBeamShiftX/Y ||Incremental beam shift to apply for a View map
|-
|ViewBeamTiltXY ||Two ||Floats ||0,0 ||mViewBeamTiltX/Y ||Incremental beam tilt to apply for a View map
|-
|MapProbeMode ||Integer ||-1 ||mMapProbeMode ||Probe mode (0 for nano, 1 for micro)
|-
||MapLDConSet ||Integer ||-1 ||mMapLowDoseConSet ||Set # (0-4) used for map taken in low dose
|-
|MapTiltAngle ||Float ||-10000. ||mMapTiltAngle ||Tilt angle at which map was taken
|-
|PtsX ||NumPts Floats ||Req ||mPtX ||X stage cordinates of points
|-
|PtsY ||NumPts Floats ||Req ||mPtY ||Y stage cordinates of points
|-
|UserValueN ||String ||none ||mUserValueMap ||Arbitrary value set by script; N is # (currently1-8)
|-
|colspan="5"|BaseMarkerShift - a section containing a stored shift from Shift to Marker (names are from BaseMarkerShift structure).
|-
|FromMag ||Integer || ||fromMagInd ||Mag index of map item was marked on
|-
|ToMag ||Integer || ||toMagInd ||Mag index of image with marker point
|-
|ShiftX ||Float || ||shiftX ||X component of shift in microns
|-
|ShiftY ||Float || ||shiftY ||Y component of shift in microns
|-
|colspan="5"|T|SParam - a section containing tilt series parameters. See TiltSeriesParam.h in the source code for a description of each item.
|-
|colspan="5"|MontParam - a section containg montage parameters. See MontageParam.h in the source code for a description of each item.
|-
|colspan="5"|FileOptions - a section containing properties for opening a file. See FileOptions.h in the source code in case this has descriptions.
|}

== 外部で定義されたNavigatorアイテムのインポート ==

map上の画像座標で位置を指定したアイテムをNavigatorファイルに追加し、SerialEMにステージ座標への変換をさせることができる。
StageXYZエントリーの代わりに、アイテムは以下のいずれかのエントリーを持つことができる。

# CoordsInMap - マップ画像内のピクセル座標で、1フレーム画像でも、ピースの定常空間でのモンタージュでも、見かけ上のピース座標でもかまわない。
# CoordsInAliMont - モンタージュマップ内のピクセル座標．ここで，ピースは Very Sloppy オプションを使わずに整列される．つまり， .mdoc ファイル内の AlignedPieceCoords で指定された座標に配置される。
# CoordsInAliMontVS - モンタージュマップにおいて、Very Sloppyオプションでピースが整列されたときのピクセル座標、つまり、AlignedPieceCoordsVSで指定された座標に配置されたものである。
# CoordsInPiece - モンタージュの1つのピース内のピクセル座標で、 PieceOn エントリで指定する必要がある。すなわち，piece index = piece_#_in_X * _of_pieces_in_Y + piece_#_in_Y で，すべて0から番号が振られる．

以下の点は、外部定義項目にも適用される。

# 1つのアイテムには、上述の4つのエントリまたはStageXYZのうち1つだけを入力することができる。
# 各項目は3つの数字を取り、3番目はステージZ座標で、これはそのまま使用される。
# アイテムは、Navigatorファイルで外部アイテムの前に表示されるマップを指定するDrawnIDエントリを持っているか、外部定義アイテムだけを含むファイルでマージされたNavigatorテーブル内に既に存在する必要がある。

# ピクセル座標系は、マップの左下を0,0とする右手系である。
# モンタージュのオーバービュー画像は、常にXのサイズを4の倍数に切り上げて表示されます。
# CoordsInAliMont または CoordsInAliMontVS では、マップファイルには、それぞれ AlignedPieceCoords または AlignedPieceCoordsVS エントリを持つ mdoc ファイルが必要です。

# 点またはポリゴンのいずれかを外部から入力することができる。
# PtsXとPtsYで与えられる点の座標もピクセル座標でなければならず、メインアイテムのステージ位置と同じように変換される。
# PtsXとPtsZの点座標は、NumPtsの項目が0である点項目については任意であり、ない場合はメインステージの座標と同じにされます。
# 各アイテムには、前述の項目に加えて、Color、Regis、Typeの項目が必要です。
# 外部で定義されたアイテムがMapIDを持っていない場合、ユニークなIDが割り当てられます。 IDを割り当てる場合、マップアイテムのIDとは重複しないようにすることが重要です。最も簡単な方法は、100000以下のIDを割り当てることです。現在、プログラムは100000を超えるIDを生成するからです。
# グループIDがない場合は、割り当てられません。

Navigatorファイルから正常に読み込まれた項目については、詳細なエラーレポートが用意されています。項目処理時のエラーの種類はログにまとめられ、Debug Outputが'n'に設定されている場合は、各項目についてエラーの種類がラベルで識別され報告されます。ただし、必須項目がない、またはオートドックからデータを読み取る際にエラー（1行の値が少なすぎるなど）が発生したため、項目が最初に拒否された場合は詳細が表示されない。

== 設定ファイルおよびキャリブレーションファイルの入力 ==

このセクションは、設定ファイルまたはキャリブレーションファイルへの長いエントリを解釈する必要がある場合に利用する。
この項目は、必要に応じて追加されます。すべてのアルファ値は0から始まり、1ではありません。

=== 設定ファイルのエントリ ===

==== LowDoseParameters（低電子線量パラメータ）: ====
LowDoseParameters: V F T R S の低線量セット番号0から4、または状態番号（1からの番号）の負値。
mag インデックス、またはカメラ長インデックスの負値
スポットサイズ
強度
軸オフセット(ミクロン)
通常/EFTEM/STEMの場合は0-2、ステートの場合は0
フィルタースリット
フィルタースリット幅
エネルギー損失
ゼロロスフラグ
ビームX&Yオフセット
日本電子ではα、それ以外は-99
回折フォーカス
ビームチルトX & Y
プローブモード
ダークフィールドモードフラグ
ダークフィールドチルト X & Y

====AutocenterParams:====

カメラ
マグ指数
スポットサイズ
強度
ビニング
露出
セントロイドを使用する場合は1
プローブモード
1：センタリング用にビームをシフトする
ビームシフト量（単位：ミクロン
Xビームシフトを追加
Yビームシフトを追加

==== MultishotParams: ====

表示用ビーム径
メインリングのオフセンターショットまでの距離
メインリングのショット数
センターショットを行う。-1（前）、0（なし）、1（後
アーリーリターン最後尾のみ1、全て2、最初で全部で3
アーリーリターンのフレーム数
記録ショットを保存するかどうか
画像シフト後の追加遅延
照明された領域を直径の描画に使用するかどうか
ビームチルトを調整するかどうか（可能な場合
1はホール内パターン、2はマルチホール、3はその両方
カスタムホールのリストを使用する
穴と穴の間のIS遅延を増加させるファクター
イメージシフトベクトルのX成分(X方向)
X方向の画像シフトベクトルのY成分
画像シフトベクトルのX成分（Y方向
画像シフトベクトルのY成分（Y方向
X方向の穴の数
Y方向の穴の数
レギュラーパターンの穴位置が測定されたときの倍率
カスタムホールを定義するマグ
クロスパターンが3x3のときに撮影
2番目のリングのショットを行う
2つ目のリングのショット数
セカンドリングのオフセンターショットまでの距離
レギュラーパターンを定義したときのチルト角
カスタムホールを定義する際のチルト角
レギュラーアレイに関連するホールファインダーで検出された角度

=== キャリブレーションファイルのエントリ ===

==== StandardLMFocus: このエントリは、LMで記録された標準フォーカスを含む、または真心フォーカスが非LMである。 ====
倍率インデックス
マイクロプローブでのフォーカス値、ない場合は-999
ナノプローブでのフォーカス値、ない場合は-999
倍率
フォーカス値は、0～1の絶対値か、日本電子の場合、粗焦点と微焦点の成分をエンコードした大きな値

==== FocusCalibration: ====
magインデックス
カメラ番号
X方向の傾き
Y方向の傾き
ビームチルト
ポイント数
方向インデックス
プローブモード
アルファ
倍率

==== SpotIntensities: ====
ナノプローブ、マイクロプローブのどちらかが、クロスオーバーより下とクロスオーバーより上の2つのキャリブレーションを行っている場合、2つのテーブルが存在する場合があります。ただし、1つのテーブルで、1つの条件がクロスオーバーより下で行われ、もう1つの条件がクロスオーバーより上で行われることがあります。内部的にはすべて別々のテーブルに分類されます。各行の内容は以下の通りです。
スポットサイズ
マイクロプローブの強度比、取得強度、クロスオーバー強度
ナノプローブの強度比、取得した強度、クロスオーバー強度

ここで、比率が0の場合は、そのスポットサイズでの測定がないことを示す。

==== BeamShiftCalibration（ビームシフトキャリブレーション） ====
このキャリブレーションは、指定された倍率での画像シフトからビームシフトへの2x2変換行列である。
magインデックス
画像シフトのX変化量に対するビームシフトのX変化量
画像シフトのY変化に対するビームシフトのX変化
画像シフトのX変化量に対するビームシフトのY変化量
画像シフトのY変化量に対するビームシフトのY変化量
α
プローブモード
同じマグレンジとビーム条件で新たにキャリブレーションを行う場合、キャリブレーションを保持する場合は1、保持しない場合は0。
倍率

==== HighFocusMagCal: ====
スポットサイズ
プローブモード
強度
デフォーカス
マグチェンジ
ローテーション
クロスオーバー
アパーチャサイズ

==== ステージキャリブレーションと2x2変換行列 ====
ステージキャリブレーションは4つの行列項からなり、他の2x2変換行列と同様に、X入力値の変化に対する出力X値の変化（xpx）、Yの変化に対するX値の変化（xpy）、Xの変化に対するY値の変化（ypyx）、Yの変化に対するY値の変化（ypy）として表現される。この順序でファイルに書き込まれる。この場合、入力値はステージ位置の変化量（ミクロン）であり、出力値は画像の移動量（ビニングしていないピクセル）の負値、つまり元の中心に対する新しい中心座標の画像上の位置である。この負の値は残念なものであり、X軸を傾斜軸をもつ基準となる「試料」座標系に対して相対的に、典型的なステージ座標系を反転させる必要がることを示している。

StageCalibrationの行には
* Mag Index
* Camera number(カメラ番号)
* 入力するステージのx軸に対する変化
** xpx
** xpy
* 入力するステージのｙ軸に対する変化
** ypx
** ypy
* キャリブレーションを行った絶対焦点（日本電子の場合、粗動と微動の合成値）
* Magnification(倍率)

== その他 ==

=== 画像の回転 ===

「試料」の座標系は、X軸を正のチルト軸とする右手系である。 (正のチルト軸を原点とし、正のチルトでステージを反時計回りに回転させる）。画像の回転は、カメラ画像が試料面における画像からCCW回転した量、すなわち画像の正のX軸から画像内の正のチルト軸までの角度（CCW正）と定義される。

カメラが1台しかなく、較正された絶対回転を持つ RotationAndPixel 行がない場合、ある倍率での回転は、MagnificationTable のそのマグの回転値、GlobalExtraRotation、そのカメラの ExtraRotation の合計である予備値から推定される。テーブル内に相対回転がある場合、フォールバックは絶対回転として1つのマグに割り当てられ、これにより他のマグに対して回転を導き出すことができます。これは、フォールバック角度がどのマグに適用されるべきかを知る方法がないため、あいまいな状況です。

いったん較正された絶対角度があると、MagnificationTable 回転、GlobalExtraRotation、および ExtraRotation は、RotationAndPixel テーブルにリストされている、絶対回転で mag に相対回転でリンクされているすべての mag に対して無関係になります。ある mag の相対回転は、その mag の回転角から次に低い mag の回転を引いたものに等しくなります; この関係により、回転角が較正された絶対角で mag から外側に伝搬されることが可能になります。これらのマグにイメージシフトの較正がある場合、そのマグ範囲内の試料ではイメージシフトが不変であると仮定することにより、イメージシフトの較正がある同じマグ範囲の他のマグにも回転を割り当てることができる。 Thermo/FEIのスコープではLMとnonLM、JEOLのスコープではPLAを使用し、回転が伝達されない境界があります。MagnificationTable の回転は、これらのメカニズムのいずれかによって回転が割り当てられていない他のマグに対する予備的な役割を保持します。そのようなマグの回転は、問題のマグの MagnificationTable 回転と近くのマグの回転の差を追加することによって、回転が割り当てられた一番近いマグから得られます。

同じレベルに複数のカメラがある場合、つまり、複数の非エネルギーフィルターカメラまたは複数のエネルギーフィルターカメラがあり、一方が較正された絶対角度を欠いている場合、状況はさらに複雑になります。プログラムは、可能であれば画像シフト較正を使用して、別のカメラから絶対角度を取得します。ここで説明するすべての割り当ては、DebugOutput を 'c' に設定してプログラムを起動したときに表示されます。 ShiftManager::PropagateRotations()も参照してください。

画像の回転値は、ステージのキャリブレーションと密接に関係しています。 Thermo/FEI scope や JEOL scope のオメガフィルターなしの場合、画像回転を 0 にすると次のような画像移動パターンになる。

↑正のYステージの移動に対する画像の移動
|
|
|
|
---------> Xステージの正の移動に対する画像の移動

イメージ回転角は、イメージ移動の軸がこのパターンに対して反時計回りに回転される量です。画像回転（と傾斜軸角度）は、atan2(-ypx, -xpx) (X軸回転から) または atan2(-ypy, -xpy) - 90 ( Y軸回転から) に等しいはずで、プログラムは、ステージキャリブレーションで回転角度を報告するときにこれらの二つの推定値を平均化する。オメガフィルター付きの日本電子の場合、このようなパターンになります。

　 ↑正のYステージ移動のための画像移動
　 |
　 |
　　 |
　　　　　 |
<--------- 正のXステージ移動のための画像移動
X軸を反転させるので、プロパティInvertStageXAxisを設定する必要があります。この場合、画像の回転は atan2(ypx, xpx) と atan2(-ypy, -xpy) - 90 から推定されます。これらの推定値は単に報告されるだけで、プログラムによって直接使用されることはありません。何らかの効果を得るには、RotationAndPixel 行に配置する必要があります。

SerialEM

2022-12-30T01:46:36Z

Tacyas:

''SerialEM''

[[File Formats and Other Documentation]]

プロセス・マイニング

2022-06-26T18:44:40Z

Tacyas:

''プロセス・マイニング''は，何らかのプロセス（例えば，業務）及びそのプロセスを実行するシステムから取り出したイベントログに基づき、現在のプロセスを見える化（デジテル化）し、非効率な手順やボトルネックなどを発見する「分析アプローチ」といえる。

プロセスのモデリング([[ペトリネット]]などによる表現)　→　分析　（データマイニング，　機械学習）　といった過程を経る。このためには，[[イベントログ]]（[[XES]]などで表現）というデータが必須である。

[TFPM https://www.tf-pm.org/](Task force for process mining)より，翻訳後，改変。

プロセスマイニング（[https://www.youtube.com/watch?v=7oat7MatU_U　ビデオ参照]）は、ビジネスプロセスマネジメントの分野で最も重要なイノベーションの1つであると考える人が、産業界と学界の両方で増えてきている。これは、ひとつに，プロセスのモデリングと分析、次にはデータマイニングと機械学習のアイデアを結合させたものである。そこで、IEEEでは、プロセスマイニングに関するタスクフォースを設立した。このタスクフォースは、米国電気電子学会（IEEE）の計算知能学会（CIS）のデータマイニング技術委員会（DMTC）の文脈で設立されたものである。

このタスクフォースの目的は、プロセスマイニングの研究、開発、教育、および理解を促進することである。より具体的には、次のことを目的としている。

* エンドユーザ、開発者、コンサルタント、研究者にプロセスマイニングの最先端を認識させる。
* プロセスマイニングの技術やツールの利用を促進し、新しいアプリケーションを活性化させる。
* イベントデータのロギングに関する標準化活動において役割を果たす。
* チュートリアル、特別セッション、ワークショップ、パネルの開催。
* IEEE CIS技術協賛によるコンファレンス/ワークショップの開催
* ジャーナル、書籍、記事（例：IEEE Computational Intelligence Magazine）の特集号という形での出版。

　なお、プロセスマイニングには、（自動）プロセス発見（イベントログからのプロセスモデル抽出）、適合性検査（モデルとログの比較による逸脱監視）、ソーシャルネットワーク/組織マイニング、シミュレーションモデルの自動構築、事例予測、履歴ベースレコメンデーションなどが含まれる。

Gaussian Checkpoint Files

2022-04-24T05:43:27Z

Tacyas: /* 　ファイルの記述の意味　 */

= Gaussian Checkpoint Files =

David Young, Cytoclonal Pharmaceutics Inc.
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/checkpoint.html より改変

　計算化学プログラムGaussianでは、計算結果をチェックポイントファイルと呼ばれる機械読み取り可能なファイルに保存することができます。チェックポイントファイルの主な用途は、ある計算の結果を次の計算の出発点として使用することです。

　チェックポイントファイルの情報を使って計算を開始すると、計算結果は全く同じチェックポイントファイルに保存され、元のチェックポイントファイルは上書きされます。したがって、チェックポイントファイルのバックアップを作成しておくとよいでしょう。チェックポイントファイルが破損する可能性があることに注意してください（チェックポイントファイルへの書き込み中に計算が終了した場合など）。

Gaussianは以下のコマンドを実行すると、チェックポイントファイルを使用します。
%Chk=file_name
というコマンドを入力すると、チェックポイントファイルを使用します。
　このコマンドが入力ファイルのルートカードの前にある場合，チェックポイントファイルを使用します．指定されたファイルが存在しない場合、そのファイルが作成されます。指定されたファイルが存在する場合、現在の計算で使用する情報をそのファイルから読み込むことができます。

== チェックポイントファイルからの読み込みコマンド ==

ルートカードに以下のコマンドを記述することで、チェックポイントファイルの情報を用いて計算を開始することができます。
ChkBasis チェックポイントファイルから基礎セットを読み込みます。
SCF=Restart チェックポイントファイルからSCF計算を再開します。これは通常、何らかの理由で SCF の計算が終了しなかった場合に使用します。
IRC=Restart IRC計算が完了しなかった場合、または、反応経路の追加点が必要な場合に、IRC計算を再開します。
Scan=Restart 完了しなかったポテンシャルエネルギー表面のスキャンをリスタートしました。
Freq=Restart 完了しなかった数値周波数計算をリスタートします．解析的な周波数計算を再開することはできません。
Polar=Restart 完了していない数値偏光計算をリスタートします。
CIS=Restart CIS (Configuration Interaction - Single excitation)計算が完了していない場合にリスタートします。
Opt=Restart 完了していないジオメトリ最適化をリスタートします。
Geom=Checkpoint チェックポイントファイルから分子ジオメトリを読み込みます。
Geom=AllCheckpoint チェックポイントファイルから分子形状、電荷、多重度、タイトルを読み込みます。これは、異なるレベルの理論で2回目の計算を開始するためによく使用されます。
Guess=Read チェックポイントファイルから初期推算値を読み込みます。
指定された基底セットがチェックポイントファイルを生成したジョブで使用された基底セットと異なる場合、波動関数はある基底から他の基底に射影されます。
これはある基底から別の基底に切り替えるための効率的な方法です。
Density=Checkpoint チェックポイントファイルから密度を読み込みます。
これはGuess=Onlyを導入し、積分やSCFが計算されないようにします。ジョブを再実行せずにポピュレーション解析の計算や波動関数からのキューブファイルの作成に使用されます.
Field=Checkpoint チェックポイントファイルから有限場の34多極子成分を読み込みます.
Field=EChk チェックポイントファイルから3つの電気双極子場成分を読み込みます。
Charge=Check チェックポイントファイルから点電荷を読み込みます。
ReArchive このオプションはチェックポイントファイルの情報からアーカイブエントリを生成するために使用されます。計算は行われません。

== チェックポイント・ファイル・ユーティリティ ==
　c8694 ユーティリティは、チェックポイントファイルを古いフォーマット(Gaussian 86 から Gaussian 92/DFT)から Gaussian 94 フォーマットに変換するために使用することができます。このユーティリティには、チェックポイントファイルの名前を1つの引数として与えます。このファイルは、同じ名前の新しいファイルで上書きされます。
chkchk は Gaussian ディストリビューションに付属するユーティリティです。チェックポイントファイルからタイトルとルートセクションを抽出します。コマンドの使い方は

chkchk ファイル名

　ここで、file_name.chk はカレントディレクトリにあるチェックポイントファイルの名前です。

　chkmove は Gaussian に付属するもうひとつのユーティリティです。これは異なるアーキテクチャのマシン間でチェックポイントファイルを移動するために使われます。バイナリモードの ftp を使って異なるアーキテクチャのマシン間でチェックポイントファイルを転送しても、新しいマシンでは読み込めるファイルにはなりません。異なるアーキテクチャのマシン間でファイルを転送するためには、以下の手順を踏む必要があります。

　１．チェックポイントファイルを以下のコマンドでフォーマットされていないファイルからフォーマットされたファイルに変換します。
chkmove f ファイル_名.chk ファイル_名.xfr

　２．フォーマットされたファイルを、unixのrcpコマンドかASCIIモードのftpを使って新しいマシンに転送します。

　３．新しいマシンでは、次のコマンドでファイルをフォーマットされていないチェックポイントファイルに戻します。
chkmove u ファイル名.xfr ファイル名.chk

　cubegen ユーティリティを使用すると、チェックポイント・ファイルからキューブ・ファイルを生成することができます。これはルートカードでcubeキーワードを使用するのと同じ結果になります。cubegenについては、"Gaussian User's Reference "で説明されています。
formchkユーティリティは、チェックポイントファイルのフォーマットされた（ASCII）バージョンを生成するために使用することができます。

formchk ファイル名.chk ファイル名.fchk

　ここで、最初のファイル名はバイナリー・チェックポイント・ファイルで、2番目は作成するファイルの名前です。ジョブ終了後に formchk ユーティリティを使用すると、ジョブ実行時に FormCheck キーワードを使用した場合ほど出力形式を柔軟に変更することができません。
　freqchk ユーティリティは、チェックポイントファイルから振動周波数と熱化学の情報を抽出するために使用できます。また、HyperChemで読み込むことができるファイルを作成し、振動モードのアニメーションに使用することも可能です。

== ASCIIチェックポイントファイルの作成 ==
FormCheckキーワードを使用すると、ASCII版のチェックポイントファイルを作成するよう要求できます。このファイルは Test.FChk という名前で、常にカレントディレクトリに置かれます。このファイルはGaussianプログラムでは読めません。FChkとFCheckはFormCheckの同義語です。FormCheckコマンドにはいくつかのオプションがあり、その詳細は "Gaussian User's Guide "で説明されています。

=ファイルの記述の意味=

= その他の情報 =
　Gaussian の使用法に関する入門的な説明は、次の文献にあります。

J. B. Foresman, A. Frisch "Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods: A Guide to Using Gaussian" Gaussian (1993)

コマンドの詳細については

M. J. Frisch, A. Frisch, J. B. Foresman "Gaussian 94 User's Guide" Gaussian (1996)

に記載されています。

Gaussian

2022-04-24T05:29:24Z

Tacyas:

''Gaussian''

[[Gaussian Checkpoint Files]]