mrcImageCTFDetermination

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mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(M=0, 1: FFT, M=2: 2D) NULL
-r 必須 参照ファイル: mrcImage(M=0: FFT, M=1: llData, M=2: 2D) NULL
-o 選択 出力: Optimum: ASCII(M=0で使用)
defocus and amplitude-contrast at minimum point		 stdout
-oP 選択 出力: (-df) x (-AoverP)による分布: mrcImage(M=0で使用) NULL
-oC 選択 出力: CTF情報: ASCII(フォーマットは-mCにて指定) NULL
-oF 選択 出力: Result FFT: mrcImage(M=2で使用) NULL
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差: [mm] 2.1
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] 0.02
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-df 選択 デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf) (0.0, 200000, 1000)
-AoverP 選択 AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) (0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin 選択 最小空間周波数[/A] 0.0
-Rmax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-mF 選択 フィルタタイプ 1
-mW 選択 Wight Type 0
-mS 選択 Sum Type 0
-mC 選択 CTF Information Type 0
-M 選択 ref Type 0
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ [A] (M=1で使用) 5
-Width 選択 Pad Width [pixel] (M=1で使用) 120
-truePitch 選択 True Pitch [A] (M=1で使用) 700
-dfRef 選択 dfRef for ref(firstDf, withinDf) (M=2で使用) (70000, 1000)
-AoverPRef 選択 A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (M=1, 2で使用) (0.05, 0.01)
-MaxIter 選択 MaxIteration for ref(M=2で使用) 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　


-mF の詳細

モード 説明
0 CTF補正しない
1 位相のみ: W = CTF/|CTF|
2 積算 : W = CTF
3 積算  : W = 1/CTF
4 ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5 積算  : W = CTF^2


-mW の詳細

モード 説明
0 Weight = 1
1 Weight = (|in| + |ref|)/2


-mS の詳細

モード 説明
0 Sigma[Phase(i)]
1 Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]


-mC の詳細

モード 説明
0 llExtractCtfinfFileCreate(m=0)のフォーマット
1 llExtractCtfinfFileCreate(m=1)のフォーマット


-M の詳細

モード 説明
0 単一イメージでCTF補正
1 Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.

デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。
ミオシンフィラメント用のモード
(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter

-i, -r: ファイル名が長すぎるとコマンドを実行できない。
2 Result FFT
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef


実行例

入力ファイルの画像

M=0のファイル(デフォルト)

Input-B120-CTF.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.000514398 (78, 51, 0)
1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


Input-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


参照ファイルの画像

M=0のファイル(デフォルト)

Input-B120-FFT.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.00776821 (75, 37, 0)
1684.3 (0, 0, 0)
9.41977
61.1799

0.764749


Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

-oP の画像(z=0)
Outdata-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (18, 72, 0)

2.0847 (13, 0, 0)
1.52075
0.209894

0.00147313
-o のデータ
(18000.000000 0.720000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042155   -1 0
       0.042155    0 0


オプション　-df

df=(0, 27000, 200)で実行

-oP の画像(z=0)
Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 72, 0)

2.11379 (68, 0, 0)
1.34909
0.459847

0.00392359
-o のデータ
(17800.000000 0.830000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041808   -1 0
       0.041808    0 0


以降、df=(0, 27000, 200)で実行

オプション　-kV

kV=100で実行

-oP の画像
Outdata-kV-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (61, 75, 0)

2.09439 (46, 0, 0)
1.39997
0.391015

0.00333628
-o のデータ
(12200.000000 0.750000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042014   -1 0
       0.042014    0 0


オプション　-Cs

Cs=1.7で実行

-oP の画像
Outdata-Cs-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (89, 82, 0)

2.13318 (68, 1, 0)
1.34903
0.459735

0.00392263
-o のデータ
(17800.000000 0.820000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041856   -1 0
       0.041856    0 0


オプション　-Ain

Ain=0.1で実行

-oP の画像
Outdata-Ain-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 72, 0)

2.11379 (68, 0, 0)
1.34909
0.459847

0.00392359
-o のデータ
(17800.000000 0.830000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041808   -1 0
       0.041808    0 0


オプション　-AoverP

AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行

-oP の画像
Outdata-AoverP-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0193939 (90, 26, 0)

2.05561 (66, 0, 0)
1.34786
0.460559

0.00709308
-o のデータ
(18000.000000 0.720000): 0.019394
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042155   -1 0
       0.042155    0 0


オプション　-Rmin, -Rmax

Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行

-oP の画像
Outdata-RminRmax-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

6.98324e-07 (89, 96, 0)

2.35212 (50, 0, 0)
1.26243
0.571554

0.00487671
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.000001
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


オプション　-mF

mF=0で実行

-oP の画像
Outdata-M0-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.71139 (0, 0, 0)

1.71139 (0, 0, 0)
1.71139
9.28666e-07

7.92373e-09
-o のデータ
(0.000000 0.000000): 1.711393
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
      -1.000000   -1 0
      -1.000000    0 0


mF=3で実行

-oP の画像
Outdata-mF3-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.43906e-06 (89, 96, 0)

2.16712 (66, 0, 0)
1.35241
0.46216

0.00394332
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.000001
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


オプション　-mC

mC=1で実行

-oC のデータ
   17800.000000        2.100000      200.000000        0.830000


オプション　-mW, -mS

mW=1, mS=1で実行

その他のオプション設定なし
-oP の画像
Outdata-mWmS-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00342354 (89, 96, 0)

2.48255 (0, 0, 0)
0.538199
0.224044

0.00191162
-o のデータ
(17800.000000 0.959999): 0.003424
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041186   -1 0
       0.041186    0 0


mF=2で実行
-oP の画像
Outdata-mF2-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00311023 (89, 100, 0)

2.42005 (0, 0, 0)
0.567162
0.258248

0.00220347
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.003110
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


mF=4で実行
-oP の画像
Outdata-mF4-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00311023 (89, 100, 0)

2.42005 (0, 0, 0)
0.567162
0.258248

0.00220347
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.003110
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


mF=5で実行
-oP の画像
Outdata-mF5-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00279326 (89, 100, 0)

2.42334 (0, 0, 0)
0.586665
0.276375

0.00235814
-o のデータ
(17800.000000 0.999999): 0.002793
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.041009   -1 0
       0.041009    0 0


オプション　-M

M=2で実行

その他のオプション設定なし

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