mrcImageFourierNeighborCorrelation

mrcImageFourierNeighborCorrelationは、フーリエ空間の冗長性を利用した分解能をチェックする為のEosのコマンドです。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage(3D)	NULL
-o	選択	出力ファイル: ASCII(FNC)	stdout
-d	選択	delta(フーリエ空間)	0.0
-C	選択	CentreMode	0
-M	選択	補間モード	0
-FSC	選択	予測したFSCの出力フラグ
-mask	選択	入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC)	NULL
-maskBack	選択	入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC Back)	NULL
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-maskの詳細

-i のファイルと同じ形状の二値化ファイルを使用します。

(作成例)
-i のファイルを元にmrcImageLowPassFilterにて高周波成分を落とし、
mrcImageBinalization(m=32)にて二値化する。

-maskBackの詳細

-i のファイルと同じサイズで全てのデータが1のファイルを使用します。
但し、-i のファイルがWindowingされている場合は同じ窓関数を掛けるようにします。

(作成例)
-iの入力ファイルをmrcInfoにてサイズを調べ、
mrcImageNullImageCreate(v=1)にて全てのファイルが1の画像を作成し、
mrcImageWindowingにて同じ窓関数を掛ける。

-Cの詳細

モード	説明
0	中心を画像の中心とする: (Nx/2.0, Ny/2.0, Nz/2.0 )
1	中心を原点(左下端)とする: (0, 0, 0 )
2	中心を画像のStartNとする: (StartNx,StartNy,StartNz)

-Mの詳細

補間モード参照。

-mの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-2390.42 (77, 14, 69) 4374.62 (17, 62, 46) 72.1487 577.82 0.722275

オプション必須項目のみの場合

  0.000000   0.863711          1 
  0.012500   0.553876         18 
  0.025000   0.170684         64 
  0.037500   0.221808        146 
  0.050000   0.230874        266 
  0.062500   0.280359        382 
  0.075000   0.269777        588 
  0.087500   0.280955        746 
  0.100000   0.322332       1002 
  0.112500   0.249747       1294 

-中略-

  0.750000  -0.005313       2256 
  0.762500   0.036957       1688 
  0.775000   0.021723       1264 
  0.787500   0.010364        864 
  0.800000  -0.026498        568 
  0.812500  -0.009259        312 
  0.825000  -0.009356        144 
  0.837500   0.030291         72 
  0.850000  -0.109028          8 
  0.862500   0.000000          0 

オプション -d

d=0.025で実行

  0.000000   0.630209          7 
  0.025000   0.327491        132 
  0.050000   0.228926        498 
  0.075000   0.279077       1136 
  0.100000   0.297614       2046 
  0.125000   0.231185       3120 
  0.150000   0.177932       4574 
  0.175000   0.182045       6136 
  0.200000   0.243301       8014 
  0.225000   0.272185      10208 
  0.250000   0.237388      12690 
  0.275000   0.210439      15060 
  0.300000   0.177609      17970 
  0.325000   0.138364      21468 
  0.350000   0.118748      24602 
  0.375000   0.092290      28200 
  0.400000   0.072673      32302 
  0.425000   0.070219      36280 
  0.450000   0.060196      40758 
  0.475000   0.053160      45280 
  0.500000   0.038769      48478 
  0.525000   0.027983      45408 
  0.550000   0.020791      42404 
  0.575000   0.022048      38512 
  0.600000   0.014752      34148 
  0.625000   0.010083      29184 
  0.650000   0.002658      23676 
  0.675000   0.000445      17908 
  0.700000  -0.001615      11852 
  0.725000   0.000667       7368 
  0.750000   0.002666       4448 
  0.775000   0.030521       2512 
  0.800000  -0.017165       1112 
  0.825000   0.003291        336 
  0.850000   0.017206         32 

オプション -FSC, -mask, -maskBack

-mask のファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 1 (26, 47, 12) 0.284269 0.451065 0.000563832

-maskBack のファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

1 (0, 0, 0) 1 (0, 0, 0) 1 0 0

出力結果

FNCF 0.413143 FNCN -0.001829
  0.000000   0.863711          1 FSC -24.315080 SNR -1.920996e+00 FNCF   0.176348 FNCN  -0.683805 
  0.012500   0.553876         18 FSC   2.026352 SNR -3.948649e+00 FNCF   0.397152 FNCN  -0.263200 
  0.025000   0.170684         64 FSC   0.262405 SNR  7.115135e-01 FNCF   0.490448 FNCN  -0.028687 
  0.037500   0.221808        146 FSC   0.368851 SNR  1.168826e+00 FNCF   0.420340 FNCN   0.031477 
  0.050000   0.230874        266 FSC   0.389630 SNR  1.276702e+00 FNCF   0.412665 FNCN   0.065572 
  0.062500   0.280359        382 FSC   0.515172 SNR  2.125170e+00 FNCF   0.374059 FNCN   0.001028 
  0.075000   0.269777        588 FSC   0.486454 SNR  1.894493e+00 FNCF   0.429971 FNCN  -0.003235 
  0.087500   0.280955        746 FSC   0.516823 SNR  2.139267e+00 FNCF   0.445845 FNCN   0.001664 
  0.100000   0.322332       1002 FSC   0.640909 SNR  3.569625e+00 FNCF   0.413880 FNCN  -0.013973 
  0.112500   0.249747       1294 FSC   0.434977 SNR  1.539681e+00 FNCF   0.427132 FNCN   0.006007 

-中略-

  0.750000  -0.005313       2256 FSC  -0.004180 SNR -8.325872e-03 FNCF   0.408344 FNCN   0.013135 
  0.762500   0.036957       1688 FSC   0.049024 SNR  1.031031e-01 FNCF   0.420598 FNCN  -0.002321 
  0.775000   0.021723       1264 FSC   0.029207 SNR  6.017135e-02 FNCF   0.439028 FNCN  -0.001407 
  0.787500   0.010364        864 FSC   0.014911 SNR  3.027284e-02 FNCF   0.415392 FNCN   0.017044 
  0.800000  -0.026498        568 FSC  -0.028866 SNR -5.611175e-02 FNCF   0.415452 FNCN   0.001526 
  0.812500  -0.009259        312 FSC  -0.008872 SNR -1.758854e-02 FNCF   0.415631 FNCN   0.025041 
  0.825000  -0.009356        144 FSC  -0.008988 SNR -1.781587e-02 FNCF   0.417478 FNCN  -0.073828 
  0.837500   0.030291         72 FSC   0.040260 SNR  8.389782e-02 FNCF   0.339215 FNCN  -0.051614 
  0.850000  -0.109028          8 FSC  -0.114388 SNR -2.052937e-01 FNCF   0.366140 FNCN   0.070232 
  0.862500   0.000000          0 FSC   0.002209 SNR  4.427682e-03 FNCF   0.000000 FNCN   0.000000 

FSC	SNR
FNCF	FNCN

グラフではR=0.000000を除いている。