PIONEチュートリアル-package

　ここでは、PIONEのパッケージ作成について示します。これにより複数のpione定義書を１つにまとめることができ、PIONE-WebClientで使用するときに１つのファイルを選ぶだけで済むので、ユーザが内部の処理の組み合わせを考えることなく複雑な処理を行うことができます。

作成例１

　まずは最も単純な例でパッケージを作成してみましょう。PIONEチュートリアル#基本１（特定のファイルを出力する）のHelloプログラムをパッケージ化してみます。まずpione定義書にパッケージ化のための情報を書き込みます。

.@ PackageName	:: "HelloWorld"

Rule Main
	output 'message.txt'

Action
	echo "Hello PIONE world !" > message.txt
End

このファイルはこちらからダウンロードできます。ここでPackageNameはパッケージ化したときの名前を指します。

次に下記のコマンドを入力するとパッケージが作成されます。

$ pione package build Package1
info: update the package info file: local:/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/Package1/pione-package.json
info: Package local:/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/HelloWorld.ppg has been built successfully.

これによりHelloWorld.ppgというパッケージファイルができます。なおPackage1はHelloプログラムを格納しているディレクトリ名です。
主にpione定義書へのパッケージ情報(アノテーション)の追記とパッケージ化のコマンドでパッケージが作成される仕組みになっています。

作成例２（アノテーションの追加）

　次はアノテーションを追加してパッケージを作成してみましょう。#作成例１に追加してみます。

.@ PackageName	:: "HelloWorld"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule Main
	output 'message.txt'

Action
	echo "Hello PIONE world !" > message.txt
End

このファイルはこちらからダウンロードできます。ここでEditorは作者名、タグはバージョンNo. などを付けます。使用する(した)パッケージの区別がつきやすくするために書くようにしましょう。では、同様にパッケージを作成してみます。

/PIONE$ pione package build Package2/
info: update the package info file: local:/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/Package2/pione-package.json
info: Package local:/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/HelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppg has been built successfully.

今回はHelloWorld(Kinoshita)+v0.0.1.ppgといったファイルができています。

作成例３（ファイルをまとめる）

　パッケージの主な目的は複数のpione定義書を一つにまとめることなので試してみましょう。今回はPIONEチュートリアル#応用１（フローの制御）にてルール毎にファイルを単純に分割してみます。なお、それぞれのルールは別々のスクリプトで実行されるのでEosのコマンドを実行するルールは環境ファイルを読み込むようにします。

Main.pione

.@ PackageName	:: "CenterGet"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule Main
	input '*.mrc'.all
	input 'Eos_env'
	output '*.roi'
	output '*.tiff'
Flow
	rule Initial
	rule First
	rule Second
	rule Final
End

Initial.pione

.@ PackageName	:: "CenterGet"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule Initial
	input '*.mrc'
	output '{$I[1][1]}.parameters'
Action
	echo "40 40 50" > {$O[1]}
End

First.pione

.@ PackageName	:: "CenterGet"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule First
	input '*.mrc'
	input 'Eos_env'
	output '{$I[1]}.info'
Action
	source {$I[2]}
	mrcImageInfo -I -i {$I[1]} \
	| head -2 | tail -1 \
	| awk '{printf("%s %s %s", $3, $4, $5)}' \
	| tr -c '[0-9]' ' ' \
	> {$O[1]}
End

Second.pione

.@ PackageName	:: "CenterGet"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule Second
	input '*.mrc'
	input '{$I[1]}.info'
	input '{$I[1][1]}.parameters'
	input 'Eos_env'
	output '{$I[1][1]}.roi'
Action
	source {$I[4]}
	Center_x=$(awk '{printf("%s\n", $1)}' {$I[2]})
	Center_y=$(awk '{printf("%s\n", $2)}' {$I[2]})
	Center_z=$(awk '{printf("%s\n", $3)}' {$I[2]})
	N_x=$(awk '{printf("%s\n", $1)}' {$I[3]})
	N_y=$(awk '{printf("%s\n", $2)}' {$I[3]})
	N_z=$(awk '{printf("%s\n", $3)}' {$I[3]})
	mrcImageCenterGet -i {$I[1]} -o {$O[1]} \
		-Cx $Center_x -Cy $Center_y -Cz $Center_z \
		-Nx $N_x -Ny $N_y -Nz $N_z
End

Final.pione

.@ PackageName	:: "CenterGet"
.@ Editor		:: "Kinoshita"
.@ Tag			:: "v0.0.1"

Rule Final
	input '*.mrc'
	input '{$I[1][1]}.roi'
	input 'Eos_env'
	output '{$I[1]}-1.tiff'
	output '{$I[2]}-1.tiff'
	output '{$I[1]}-2.tiff'
	output '{$I[2]}-2.tiff'
Action
	source {$I[3]}
	mrcImageProjection -i {$I[1]} -o {$I[1]}.2d
	mrc2tiff -i {$I[1]}.2d -o {$O[1]}
	mrcImageProjection -i {$I[1]} -o {$I[1]}.2d1 -m 1
	mrc2tiff -i {$I[1]}.2d1 -o {$O[3]}
	mrcImageProjection -i {$I[2]} -o {$I[2]}.2d
	mrc2tiff -i {$I[2]}.2d -o {$O[2]}
	mrcImageProjection -i {$I[2]} -o {$I[2]}.2d1 -m 1
	mrc2tiff -i {$I[2]}.2d1 -o {$O[4]}
End

これらからパッケージを作成します。

/PIONE$ pione package build Package3/
info: update the package info file: local:/Users/teppeikinoshita/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/Package3/pione-package.json
info: Package local:/Users/teppeikinoshita/Eos/tutorial/SampleCode/PIONE/CenterGet(Kinoshita)+v0.0.1.ppg has been built successfully.

今回はCenterGet(Kinoshita)+v0.0.1.ppgといったファイルができています。