Motion correctionジョブのstarファイル
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目次
corrected_micrographs.star
MotionCorr/job002/ に生成されるSTARファイルです。
# RELION; version 3.0.5 data_ loop_ _rlnMicrographName #1 _rlnMicrographMetadata #2 _rlnAccumMotionTotal #3 _rlnAccumMotionEarly #4 _rlnAccumMotionLate #5 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.star 16.420495 2.506308 13.914187 MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.star 19.551677 2.478968 17.072709 (以下略)
無名データレコードからなるファイルで、ドリフト補正後の積算画像のファイルパス(_rlnMicrographName)、そのメタデータを記録したSTARファイルのファイルパス(_rlnMicrographMetadata)、累積ドリフト量を表す3つの値(_rlnAccumMotion*)が列挙されています。_rlnAccumMotion*の説明はこちらを参照ください → Motion correctionジョブのlogfile.pdf
画像ごとのSTARファイル
MotionCorr/job002/Movies/ に、各画像ごとにドリフト補正計算のパラメータや結果を記録したSTARファイルが生成されます。このファイルはdata_general, data_global_shift, data_local_motion_modelという3つのデータレコードから成ります。
20170629_00021_frameImage.starを例にとって中身を見てみましょう。
data_general
data_general _rlnImageSizeX 3710 _rlnImageSizeY 3838 _rlnImageSizeZ 24 _rlnMicrographMovieName Movies/20170629_00021_frameImage.tiff _rlnMicrographGainName Movies/gain.mrc _rlnMicrographBinning 1.000000 _rlnMicrographOriginalPixelSize 0.885000 _rlnMicrographDoseRate 1.277000 _rlnMicrographPreExposure 0.000000 _rlnVoltage 200.000000 _rlnMicrographStartFrame 1 _rlnMotionModelVersion 1
このデータレコードはMotion correctionジョブのパラメータを記述しています。
_loopせずに各ラベルの値を1回だけ指定したいときは、このようにラベル名と値のペアを列挙すれば良いです。
各ラベルの説明を以下にまとめておきます。
| ラベル名 | 説明 |
|---|---|
| _rlnImageSizeX | フレームのx方向画素数 [pixel] |
| _rlnImageSizeY | フレームのy方向画素数 [pixel] |
| _rlnImageSizeZ | 動画のフレーム数 [フレーム] |
| _rlnMicrographMovieName | 動画ファイルのファイルパス |
| _rlnMicrographGainName | ゲインリファレンスのファイルパス |
| _rlnMicrographBinning | 画像のビニング率 |
| _rlnMicrographOriginalPixelSize | ビニング前の画像のピクセルサイズ [Å/pixel] |
| _rlnMicrographDoseRate | フレームあたりのフラックス [e-/Å^2/s]。ドースレートととも呼ばれる。 |
| _rlnMicrographPreExposure | 動画撮影開始前の累積フルエンス [e-/Å^2] |
| _rlnVoltage | 加速電圧 [kV] |
| _rlnMicrographStartFrame | ドリフト推定に含める最初のフレーム番号 (1枚目が1) |
| _rlnMotionModelVersion | ドリフトを記述するモデルの種類。0 : フレーム全体のドリフトのみ記述, 1: 3次多項式を用いて画素レベルのドリフトを記述 |
data_global_shift
data_global_shift
loop_
_rlnMicrographFrameNumber #1
_rlnMicrographShiftX #2
_rlnMicrographShiftY #3
1 0.000000 0.000000
2 0.963543 -0.81565
3 1.955653 -1.56597
4 2.549899 -2.11292
5 3.129105 -2.74397
6 3.711564 -3.41080
7 4.206835 -3.95391
8 4.753799 -4.73437
9 5.126523 -5.25641
10 5.571851 -5.48261
11 6.171605 -6.31226
12 6.662231 -6.61890
13 7.331488 -7.13846
14 7.749554 -7.60259
15 8.067659 -7.91893
16 8.633970 -8.56269
17 8.703091 -9.15196
18 9.044841 -9.36376
19 9.623080 -9.78375
20 9.843616 -10.07476
21 10.188828 -10.61027
22 10.593377 -10.84859
23 11.124236 -11.29859
24 11.274890 -11.53175
このデータレコードはフレーム全体としてのドリフト量を記述しています。
| ラベル名 | 説明 |
|---|---|
| _rlnMicrographFrameNumber | 動画のフレーム番号 |
| _rlnMicrographShiftX | 最初のフレームからのx方向シフト量 [Å] |
| _rlnMicrographShiftY | 最初のフレームからのy方向シフト量 [Å] |
data_local_motion_model
data_local_motion_model
loop_
_rlnMotionModelCoeffsIdx #1
_rlnMotionModelCoeff #2
0 0.015512
1 0.003675
2 -1.29777e-04
3 -1.03858
4 0.079614
5 -0.00193
6 0.279732
7 -0.04815
8 0.001287
9 0.278661
10 -0.01615
11 2.638489e-04
12 -0.09083
13 -0.02030
14 8.779950e-04
15 0.260506
16 -0.01175
17 3.838197e-04
18 -0.04526
19 0.003774
20 -1.41138e-04
21 0.098804
22 0.005142
23 -2.85568e-04
24 0.383391
25 -0.03984
26 0.001313
27 -0.82109
28 0.060277
29 -0.00146
30 0.312092
31 -0.03883
32 0.001370
33 0.194870
34 -0.03776
35 9.457779e-04
