Gctf

• GPUで動作するCTF推定プログラムです。
• Gctf: real-time CTF determination and correction, Kai Zhang, 2016

インストール

• https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
  • Gctfのビルド済みバイナリがダウンロードできます。
  • Gctf_v1.18はphase plate用と書いてありますが普通の画像にも使えます。

• 理由はよくわかりませんがソースコードがネット上に見当たりません。公開されていないかもしれません。
  • ソースコード非公開のプログラムが嫌いな方はCTFFINDを使いましょう。

Gctf_v1.18のリンクをクリックするとIndex of /kzhang/Gctf/Gctf_v1.18_b2というタイトルのページに飛びます。そこにbin/とlib/というディレクトリへのリンクがあり、中身はそれぞれ各computing capability(sm)とCUDAバージョン(cu)用のビルド済みバイナリです。

自分の使用しているGPUのcomputing capabilityはNVIDIAのページで確認できます(https://developer.nvidia.com/cuda-gpus)。GeForceの場合、CUDA-Enabled Geforce and TITAN productsをクリックすると各GPUとcomputing capabilityの対応表が展開されます。私の場合、GTX1080なので、Computing capabilityは6.1です。

CUDAバージョンの問題

• 2019年5月17日現在、Kai Zhangにより公開されているGctf v1.18バイナリのCUDAバージョンは 8.0, 9.0, 9.1, 9.2に限られています。
• CUDA10.1など最新のCUDAをインストールしている環境では動作しないかもしれません。