DockerでRELION

下準備

• DockerとNVIDIA Dockerをインストールする。→ DockerとNVIDIA_Dockerのインストール

Dockerfile書く

• 取り急ぎ書いたDockerfileのテンプレートを公開しておきます。
  • https://github.com/kttn8769/cryoem-docker.git
  • yum installで入れているパッケージは https://web.chaperone.jp/w/index.php?Relion 様から拝借いたしました。
  • Dockerfileのデバッグしんどい

• 以下の説明は上記Dockerfileのテンプレートを使用した場合について書きます。
  • Dockerの使い方としてまともかどうかわからないので、もしかすると参考にしないほうがいいかもしれません。

$ git clone https://github.com/kttn8769/cryoem-docker.git
$ cd cryoem-docker

cryoem-docker内のDockerfileの以下の部分について、適切に設定してください。

### Base image: DockerHub nvidia/cuda, CUDA v9.2, cuDNN v7, development package, CentOS7 
FROM nvidia/cuda:9.2-cudnn7-devel-centos7

### User account in Docker image
# username
ARG USER_NAME=""
# UID
ARG USER_ID=""
# GID
ARG GROUP_ID=""
# SSH public key
ARG USER_SSH_PUBKEY=""

### Software configs
ARG RELION_VERSION="3.0.5"
ARG RELION_BUILD_NUM_THREADS="12"
ARG GCTF_BIN_URL="https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gctf/Gctf_v1.18_b2/bin/Gctf_v1.18_b2_sm61_cu9.2"
ARG GCTF_LIB_URL="https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/Gctf/Gctf_v1.18_b2/lib/libEMcore_sm61_cu9.2.so"

特にユーザーを作らずにDockerコンテナを立ち上げると、rootユーザーしか存在しません。Dockerコンテナ内でのrootユーザーはホストマシンにおいてもrootユーザーと認識されるため、ホストマシンのディレクトリをコンテナにマウントした時にファイル所有権の関係で鬱陶しいことになります。コンテナにsshする時にも問題になります。

ということで、上記の様にDockerfileの冒頭で、ホストマシンのユーザーと同じユーザー名、UID、GIDを持つユーザーを作成しています。こうするとファイル共有もsshも楽になります。

UIDとGIDは以下コマンドで調べてください。Ubuntuだと4桁の数字になると思います。

$ id
uid=1003(kttn) gid=1006(kttn) groups=1006(kttn),27(sudo),999(docker),2002(vglusers)

また、GCTFのsmも、ホストマシンのGPUのcompute capabilityを調べて適切なものに変更してください。

USER_SSH_PUBKEYには、ユーザーのssh公開鍵の中身をそのままコピペします。そうすることで、ホストマシンから鍵交換でコンテナ内にsshログインできます。

Dockerイメージのビルド

Dockerfileがあるディレクトリで、Dockerイメージをビルドします。最後のピリオドを忘れない様に。

$ docker build -t <Dockerイメージにつけたい名前> .