mrcImageCTFDetermination

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mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage(FFT) NULL
-r 必須 参照ファイル設定: mrcImage(FFT) NULL
-o 選択 出力: Optimum: テキスト
defocus and amplitude-contrast at minimum point		 stdout
-oP 選択 出力: Distribution: mrcImage NULL
-oC 選択 出力: CTF情報: テキスト(フォーマットは-mCにて指定) NULL
-oF 選択 出力: Result FFT: mrcImage NULL
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差: [mm] 2.1
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] 0.02
-W 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-df 選択 デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf) (0.0, 200000, 1000)
-AoverP 選択 AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) (0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin 選択 最小空間周波数[/A] 0.0
-Rmax 選択 最大空間周波数[/A] 0.1
-mF 選択 フィルタタイプ 1
-mW 選択 Wight Type 0
-mS 選択 Sum Type 0
-mC 選択 CTF Information Type 0
-M 選択 ref Type 0
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ [A] 5
-Width 選択 Pad Width [pixel] 120
-truePitch 選択 True Pitch [A] 700
-dfRef 選択 dfRef for ref(firstDf, withinDf) (70000, 1000)
-AoverPRef 選択 A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (0.05, 0.01)
-MaxIter 選択 MaxIteration for ref 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-mF の詳細

モード 説明
0 CTF補正しない
1 位相のみ: W = CTF/|CTF|
2 積算 : W = CTF
3 積算  : W = 1/CTF
4 ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5 積算  : W = CTF^2

-mW の詳細

モード 説明
0 Weight = 1
1 Weight = (|in| + |ref|)/2

-mS の詳細

モード 説明
0 Sigma[Phase(i)]
1 Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]

-mC の詳細

モード 説明
0 llExtractCtfinfFileCreate(m=0)のフォーマット
1 llExtractCtfinfFileCreate(m=1)のフォーマット

-M の詳細

モード 説明
0 単一イメージでCTF補正
1 Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.

デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。
ミオシンフィラメント用のモード

(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter
2 Result FFT
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.00578955 (57, 38, 0)

2254.49 (0, 0, 0)
4.13125
46.4141

0.554755


参照ファイルの画像

Refer-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.73566e-07 (0, 0, 0)

15.2897 (42, 1, 0)
1.37251
2.02492

0.0242024


オプション必須項目のみの場合

-oP の画像
Outdata-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.14785 (31, 100, 0)
0.151774
0.45969

0.00102025
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000002
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0


オプション　-kV

kV=100で実行

-oP の画像
Outdata-kV-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.14785 (21, 99, 0)
0.153167
0.46256

0.00102662
-o のデータ
(18000.000000 0.100000): 0.108409
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038151   -1 0
       0.038151    0 0


オプション　-Cs

Cs=2.0で実行

-oP の画像
Outdata-Cs-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.14785 (31, 100, 0)
0.151773
0.459688

0.00102025
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000002
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0


オプション　-Ain

Ain=0.01で実行

-oP の画像
Outdata-Ain-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.14785 (31, 100, 0)
0.151774
0.45969

0.00102025
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000002
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0


オプション　-df

df=(10000, 20000, 200)で実行

-oP の画像
Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

1.75148 (0, 84, 0)
0.150432
0.452789

0.00199503
-o のデータ
(17000.000000 0.979999): 1.207176
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.042054   -1 0
       0.042054    0 0


オプション　-AoverP

AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行

-oP の画像
Outdata-AoverP-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.08574 (32, 29, 0)
0.151839
0.459873

0.00184229
-o のデータ
(26000.000000 0.420000): 0.171647
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.036612   -1 0
       0.036612    0 0


オプション　-Rmin, -Rmax

Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行

-oP の画像
Outdata-RminRmax-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.26548 (34, 86, 0)
0.155249
0.472871

0.0010495
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000002
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0


オプション　-MaxIter

MaxIter=1で実行

-oP の画像
Outdata-MaxIter-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

2.34805e-06 (27, 0, 0)

2.14785 (31, 100, 0)
1.51774
0.199936

0.00140324
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000002
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0

オプション　-mF

mF=0で実行

-oP の画像
Outdata-M0-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

1.76051 (0, 0, 0)
0.176051
0.528153

0.0011722
-o のデータ
(0.000000 0.000000): 1.760510
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
      -1.000000   -1 0
      -1.000000    0 0

mF=3で実行

-oP の画像
Outdata-mF3-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.1501 (31, 100, 0)
0.152671
0.462291

0.00102602
-o のデータ
(27000.000000 0.100000): 0.105022
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.037828   -1 0
       0.037828    0 0


オプション　-oC

oC=1で実行

-oC のデータ
   27000.000000        2.100000      200.000000        0.000000


オプション　-mW, -mS

mW=1, mS=1で実行

他のオプション設定なし
-oP の画像
Outdata-mWmS-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.44935 (0, 0, 0)
0.092834
0.283908

0.000630114
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000000
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0
mF=2で実行
-oP の画像
Outdata-mF2-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.15037 (0, 0, 0)
0.100113
0.306998

0.00068136
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000000
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0
mF=4で実行
-oP の画像
Outdata-mF4-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.15038 (0, 0, 0)
0.105271
0.322261

0.000715235
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000000
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0
mF=5で実行
-oP の画像
Outdata-mF5-mrcImageCTFDetermination.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 1)

2.15577 (0, 0, 0)
0.105303
0.323788

0.000718625
-o のデータ
(27000.000000 0.000000): 0.000000
-oC のデータ
       0.000000   -1 0
       0.038443   -1 0
       0.038443    0 0

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