mrcImageShapeOrientation

mrcImageShapeOrientationは、３Ｄ画像（２Ｄ画像も可能）の粒子像などの向きを表現するために配向パラメータなどを求めるためのプログラムである。mrcImageShapePCAと同様の目的を別の手法を用いて求めるものである。

アルゴリズム

　配向パラメタを用いて、３次元物体の外形を決定することが出来ます。

配向パラメータ

　配向パラメータとは、液晶などで分子の並びの秩序を示す際などに利用されている。ここでは密度の偏りを示すために用いている。

pi = <3cos(anglei)^2 -1 >/2

であり、iは、x, y, zのそれぞの軸を示し、angleiは、その軸とのなす角を示している。 画像の軸は、ピクセル値が閾値を超えた２点について、ピクセル値が小さい点から大きい点に画像のベクトル軸をとるとしている(場合によっては向きは影響しない)。平均をとる際には、二つの点の密度（ピクセル値ー閾値）及びベクトルの長さの積をウェイトとして利用している。結果として、密度が大きい二つの点が離れているベクトルの向きが優先される。
　結果として、粒子の位置には依存しない解析が可能となっている。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: mrcImage	NULL
-o	選択	出力ファイル: ASCII	stdout(設定しなければ標準出力）
-thres	選択	密度を定義する閾値を指定する（閾値以上のピクセルを密度として取り扱う）	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

モードの詳細

モード	説明
0	ｘ、ｙ、ｚ軸のそれぞれの方向に密度の配向パラメータを求める