クライオ電顕備忘録

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開発環境

VNCでリモートデスクトップ

  • TurboVNCとVirtualGLを使用
  • リモートのUbuntuマシンのデスクトップをローカルのMacマシンに飛ばして作業
  • OpenGLで描画するアプリなどもサクサク動作
  • のはずでしたが、現状まだ成功しておりません。読んでも意味はありません。

VirtualGLでリモートのOpenGLアプリをぬるぬる動かす

  • TurboVNCとVirtualGLを使ったリモートデスクトップの試みに失敗したので、代わりにVirtualGL単体でリモートのOpenGLアプリを使ってみる。
  • UCSF Chimeraで、EMD-6844 & PDB-5yu8 (アクチン5分子 + コフィリン3分子のPDBと、それよりもっと長い電顕マップ)くらいならぬるぬる動いた。

EMPIAR構造決定チャレンジ

  • EMPIARで公開されているデータの構造決定にひたすら挑戦していきます。

勉強

クライオ電子顕微鏡法

  • EM-learning.com
    • カリフォルニア工科大学のGrant Jensen教授とThermo Fischer(FEI)のMatthijn Vos博士によるビデオレクチャー(70時間以上!)。
    • 電子顕微鏡の理論、使い方、クライオ電顕のサンプル作成方法など。必見。
    • 無料。(要ユーザー登録)

ベイズ推定

  • FOUNDATIONS OF MACHINE LEARNING
    • BloombergのDavid S. Rosenberg氏による機械学習関連のビデオレクチャー。
    • Lecture3, 16, 17, 18, 19, 26, 27は確率分布によるモデリング、最尤推定、MAP推定などについて学べる。
    • 無料。

深層学習