クライオ電顕備忘録
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目次
開発環境
TurboVNC, VirtualGL
VNCでリモートデスクトップ
- TurboVNCとVirtualGLを使用
- リモートのUbuntuマシンのデスクトップをローカルのMacマシンに飛ばして作業
- OpenGLで描画するアプリなどもサクサク動作
- のはずでしたが、現状まだ成功しておりません。読んでも意味はありません。
VirtualGLでリモートのOpenGLアプリをぬるぬる動かす
- TurboVNCとVirtualGLを使ったリモートデスクトップの試みに失敗したので、代わりにVirtualGL単体でリモートのOpenGLアプリを使ってみる。
- UCSF Chimeraで、中型程度の電顕マップ+fitted pdbくらいならぬるぬる動いた。
Jupyter
JupyterLab
Docker
Dockerコマンド備忘録
DockerとNVIDIA Dockerのインストール
DockerでPythonによるデータ分析環境を作る
- ワークステーション内のアカウントはクライオ電顕関係の処理がメインのため、pythonはEMAN2のものにしてある(miniconda2でビルド)
- それとは別に、自分の好きなpython環境でデータ分析などをするため、Dockerを使うことにする
DockerでRELION
(検証)リモートのDockerコンテナからVirtualGLでOpenGL飛ばせるのか
- これができればクライオ電顕関係の作業は全部Dockerコンテナ内でやっちゃいたい
Dockerトラブルシューティング
エディタ、IDE
Visual Studio Code
- Microsoftが開発しているオープンソース、クロスプラットフォームな高機能エディタ
Visual Studio Codeでリモート開発
- ローカルのVSCodeをリモートのサーバーやDockerコンテナの中で実行しているかのように使える
- 人類はリモートからX forwardingでVSCodeを飛ばす闇の所業から解放された
Git
Gitコマンド備忘録
ターミナルマルチプレクサ
tmux
言語
Python
管理
単粒子解析
RELION
DockerでRELION
- DockerでRELIONを使う方法(の1つ)を説明します。
RELIONトラブルシューティング
- RELION使っていて問題的な何かが発生した時はここに書きます。
RELION備忘録
- STARファイル
- STARフォーマットについて説明しています。
- RELIONの定義済みラベル
- RELIONであらかじめ定義されているメタデータのラベル名の一覧です。
CTF推定
Gctf
EMPIAR構造決定チャレンジ
- EMPIARで公開されているデータの構造決定にひたすら挑戦していきます。
勉強
クライオ電子顕微鏡法
- EM-learning.com
- カリフォルニア工科大学のGrant Jensen教授とThermo Fischer(FEI)のMatthijn Vos博士によるビデオレクチャー(70時間以上!)。
- 電子顕微鏡の理論、使い方、クライオ電顕のサンプル作成方法など。必見。
- 無料。(要ユーザー登録)
機械学習
ベイズ推定
- FOUNDATIONS OF MACHINE LEARNING
- BloombergのDavid S. Rosenberg氏による機械学習関連のビデオレクチャー。
- Lecture3, 16, 17, 18, 19, 26, 27は確率分布によるモデリング、最尤推定、MAP推定などについて学べる。
- 無料。
深層学習
- CS231n: Convolutional Neural Networks for Visual Recognition
- スタンフォード大学の深層学習に関する講義。
- 深層学習、特に畳み込みニューラルネットワークに関して知りたければおすすめ。
- 講義はYoutubeで無料公開。
文献調査
PubMed
- PubMed Essentials
- US National Library of Medicine(NLM)が運用している生命科学、医学系の文献検索エンジンPubMedの使い方のビデオレクチャーコース。
- 無料。(National Network of Libraries of Medicine (NNLM)のアカウント作成と、コースへの登録が必要)
- 視聴するのが面倒くさい割りにあまり役立つ情報が得られない感があり、微妙。
- PubMed Tutorial
- PubMedのホームページにあるPubMed Tutorial。HTML、時々ビデオ説明。
- 少しとっつきにくい部分もあるが、PubMedをツールとして使うための色々が説明されていて、勉強になった。
MediaWiki
csv2wikitable
- wikitableを手打ちするのがあまりに面倒臭いのでcsvファイルからwikitableを自動生成するスクリプト書く。
- https://github.com/kttn8769/csv2wikitable