クライオ電顕備忘録

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目次

更新履歴

(2019/08/23) 更新履歴つけを開始

(2019/08/23) EMAN2の環境構築について書いた → MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する

(2019/08/26) リモートでtmux使ったときにリモート⇔ローカル間でのコピペを可能にする方法について書いた → ssh先のUbuntuのtmuxでコピーしたテキストをローカルのMacOSのクリップボードに転送する

(2019/08/26) EMAN2の環境構築をUbuntuでもやってみた。 → UbuntuでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する

開発環境

TurboVNC, VirtualGL

VNCでリモートデスクトップ

VNCでリモートデスクトップ(CentOS-MacOS編)

VNCでリモートデスクトップ(Ubuntu-MacOS編)

  • こちらのUbuntuの方はまだ成功していません。

VirtualGLでリモートのOpenGLアプリをぬるぬる動かす

  • TurboVNCとVirtualGLを使ったリモートデスクトップの試みに失敗したので、代わりにVirtualGL単体でリモートのOpenGLアプリを使ってみる。
  • UCSF Chimeraで、中型程度の電顕マップ+fitted pdbくらいならぬるぬる動いた。

Jupyter

JupyterLab

ipyvolumeでインタラクティブ3Dプロット

  • 3Dプロットをマウスでぐりぐり動かしたり

Docker

Dockerコマンド備忘録

DockerとNVIDIA Dockerのインストール

リモートサーバーの中のDockerコンテナの中のJupyterサーバーを使う

DockerでRELION

(検証)リモートのDockerコンテナからVirtualGLでOpenGL飛ばせるのか

  • これができればクライオ電顕関係の作業は全部Dockerコンテナ内でやっちゃいたい

Dockerトラブルシューティング

エディタ、IDE

Visual Studio Code

  • Microsoftが開発しているオープンソース、クロスプラットフォームな高機能エディタ

Visual Studio Codeでリモート開発

  • ローカルのVSCodeをリモートのサーバーやDockerコンテナの中で実行しているかのように使える
    • 人類はリモートからX forwardingでVSCodeを飛ばす闇の所業から解放された

Git

Gitコマンド備忘録

ターミナルマルチプレクサ

tmux

GNU parallel

色々なコマンドの並列実行を可能にしてくれる超便利ツール

Linux

Linuxコマンド備忘録

言語

Python

管理

単粒子解析

RELION

DockerでRELION

  • DockerでRELIONを使う方法(の1つ)を説明します。

RELIONトラブルシューティング

  • RELION使っていて問題的な何かが発生した時はここに書きます。

RELION備忘録

RELIONのSTARファイル

  • STARフォーマットについて説明しています。

RELIONの定義済みラベル

  • RELIONであらかじめ定義されているメタデータのラベル名の一覧です。

EMAN2

環境構築

MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
UbuntuでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
  • MacOSでやったやつをUbuntuでもやってみる試み。

よく使うプログラム

e2display.py
e2boxer.py
e2helixboxer.py

CTF推定

Gctf

EMPIAR

EMPIARからのデータダウンロード方法

EMPIAR構造決定チャレンジ

  • EMPIARで公開されているデータの構造決定にひたすら挑戦していきます。

勉強

クライオ電子顕微鏡法

  • EM-learning.com
    • カリフォルニア工科大学のGrant Jensen教授とThermo Fischer(FEI)のMatthijn Vos博士によるビデオレクチャー(70時間以上!)。
    • 電子顕微鏡の理論、使い方、クライオ電顕のサンプル作成方法など。必見。
    • 無料。(要ユーザー登録)

機械学習

ベイズ推定

  • FOUNDATIONS OF MACHINE LEARNING
    • BloombergのDavid S. Rosenberg氏による機械学習関連のビデオレクチャー。
    • Lecture3, 16, 17, 18, 19, 26, 27は確率分布によるモデリング、最尤推定、MAP推定などについて学べる。
    • 無料。

深層学習

文献調査

PubMed

  • PubMed Essentials
    • US National Library of Medicine(NLM)が運用している生命科学、医学系の文献検索エンジンPubMedの使い方のビデオレクチャーコース。
    • 無料。(National Network of Libraries of Medicine (NNLM)のアカウント作成と、コースへの登録が必要)
    • 視聴するのが面倒くさい割りにあまり役立つ情報が得られない感があり、微妙。
  • PubMed Tutorial
    • PubMedのホームページにあるPubMed Tutorial。HTML、時々ビデオ説明。
    • 少しとっつきにくい部分もあるが、PubMedをツールとして使うための色々が説明されていて、勉強になった。

MediaWiki

csv2wikitable