クライオ電顕備忘録
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目次
更新履歴
(2019/08/23) 更新履歴つけを開始
(2019/08/23) EMAN2の環境構築について書いた → MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
(2019/08/26) リモートでtmux使ったときにリモート⇔ローカル間でのコピペを可能にする方法について書いた → ssh先のUbuntuのtmuxでコピーしたテキストをローカルのMacOSのクリップボードに転送する
(2019/08/26) EMAN2の環境構築をUbuntuでもやってみた。 → UbuntuでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
(2019/09/04) MacOSの項目追加。 → MacOSでsshセッションが途切れる問題
(2019/09/04) GNU parallelでテキストファイルに記述したコマンドを並列処理する方法を書いた。 → GNU parallel
開発環境
TurboVNC, VirtualGL
VNCでリモートデスクトップ
- こちらのUbuntuの方はまだ成功していません。
VirtualGLでリモートのOpenGLアプリをぬるぬる動かす
- TurboVNCとVirtualGLを使ったリモートデスクトップの試みに失敗したので、代わりにVirtualGL単体でリモートのOpenGLアプリを使ってみる。
- UCSF Chimeraで、中型程度の電顕マップ+fitted pdbくらいならぬるぬる動いた。
Jupyter
JupyterLab
ipyvolumeでインタラクティブ3Dプロット
- 3Dプロットをマウスでぐりぐり動かしたり
Docker
Dockerコマンド備忘録
DockerとNVIDIA Dockerのインストール
リモートサーバーの中のDockerコンテナの中のJupyterサーバーを使う
DockerでRELION
(検証)リモートのDockerコンテナからVirtualGLでOpenGL飛ばせるのか
- これができればクライオ電顕関係の作業は全部Dockerコンテナ内でやっちゃいたい
Dockerトラブルシューティング
エディタ、IDE
Visual Studio Code
- Microsoftが開発しているオープンソース、クロスプラットフォームな高機能エディタ
Visual Studio Codeでリモート開発
- ローカルのVSCodeをリモートのサーバーやDockerコンテナの中で実行しているかのように使える
- 人類はリモートからX forwardingでVSCodeを飛ばす闇の所業から解放された
Git
Gitコマンド備忘録
ターミナルマルチプレクサ
tmux
GNU parallel
色々なコマンドの並列実行を可能にしてくれる超便利ツール
Linux
Linuxコマンド備忘録
MacOS
MacOSでsshセッションが途切れる問題
言語
Python
管理
単粒子解析
RELION
DockerでRELION
- DockerでRELIONを使う方法(の1つ)を説明します。
RELIONトラブルシューティング
- RELION使っていて問題的な何かが発生した時はここに書きます。
RELION備忘録
RELIONのSTARファイル
- STARフォーマットについて説明しています。
RELIONの定義済みラベル
- RELIONであらかじめ定義されているメタデータのラベル名の一覧です。
EMAN2
環境構築
MacOSでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
UbuntuでAnaconda3を用いてEMAN2仮想環境を構築する
- MacOSでやったやつをUbuntuでもやってみる試み。
よく使うプログラム
e2display.py
e2boxer.py
e2helixboxer.py
CTF推定
Gctf
EMPIAR
EMPIARからのデータダウンロード方法
EMPIAR構造決定チャレンジ
- EMPIARで公開されているデータの構造決定にひたすら挑戦していきます。
勉強
クライオ電子顕微鏡法
- EM-learning.com
- カリフォルニア工科大学のGrant Jensen教授とThermo Fischer(FEI)のMatthijn Vos博士によるビデオレクチャー(70時間以上!)。
- 電子顕微鏡の理論、使い方、クライオ電顕のサンプル作成方法など。必見。
- 無料。(要ユーザー登録)
機械学習
ベイズ推定
- FOUNDATIONS OF MACHINE LEARNING
- BloombergのDavid S. Rosenberg氏による機械学習関連のビデオレクチャー。
- Lecture3, 16, 17, 18, 19, 26, 27は確率分布によるモデリング、最尤推定、MAP推定などについて学べる。
- 無料。
深層学習
- CS231n: Convolutional Neural Networks for Visual Recognition
- スタンフォード大学の深層学習に関する講義。
- 深層学習、特に畳み込みニューラルネットワークに関して知りたければおすすめ。
- 講義はYoutubeで無料公開。
文献調査
PubMed
- PubMed Essentials
- US National Library of Medicine(NLM)が運用している生命科学、医学系の文献検索エンジンPubMedの使い方のビデオレクチャーコース。
- 無料。(National Network of Libraries of Medicine (NNLM)のアカウント作成と、コースへの登録が必要)
- 視聴するのが面倒くさい割りにあまり役立つ情報が得られない感があり、微妙。
- PubMed Tutorial
- PubMedのホームページにあるPubMed Tutorial。HTML、時々ビデオ説明。
- 少しとっつきにくい部分もあるが、PubMedをツールとして使うための色々が説明されていて、勉強になった。
MediaWiki
csv2wikitable
- wikitableを手打ちするのがあまりに面倒臭いのでcsvファイルからwikitableを自動生成するスクリプト書く。
- https://github.com/kttn8769/csv2wikitable