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(PIONEにおけるコマンド)
 
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== '''コマンドの使用例''' ==
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== '''Eosにおけるコマンドの使用例''' ==
  
[[Eos]]のコマンドは[[CUI]]への標準入力(キーボードからの入力)で使用する。
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[[Eosのコマンド]][[CUI]]への標準入力(キーボードからの入力)で使用する。
  
  Display2 -i MicroscopeImage.roi
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  $ Display2 -i MicroscopeImage.roi
  
 
上記の[[Display2]]コマンドは、[[mrc]]や[[roi]]イメージなどを表示する機能を持つ。
 
上記の[[Display2]]コマンドは、[[mrc]]や[[roi]]イメージなどを表示する機能を持つ。
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[[Eos]]のコマンドはオプションに-hをつけるとその場でオプションヘルプを確認することが可能である。
 
[[Eos]]のコマンドはオプションに-hをつけるとその場でオプションヘルプを確認することが可能である。
  
  Display2 -h
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  $ Display2 -h
  
 
以下は[[Display2]]のヘルプの表示例である。
 
以下は[[Display2]]のヘルプの表示例である。
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  mrcInfoSet [log|pow]  
 
  mrcInfoSet [log|pow]  
 
  mrcInfoGet [Nx|Ny|Nz|Max|Min|Mean|Hist]
 
  mrcInfoGet [Nx|Ny|Nz|Max|Min|Mean|Hist]
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[[Eos]]が用意しているコマンド群([[コマンド一覧]]、[[機能別コマンド一覧]])は、2012年時点で約400種ほどあり、多くの画像処理を行う事ができます。
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== '''PIONEにおけるコマンド''' ==
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[[PIONEのコマンド]]のほとんどは[[PIONE Webclient]]の管理者や[[PIONE定義書]]やパッケージを作成する[[エキスパート]]向けに用意されています。[[ユーザ]]の方は予め作成された[[PIONE定義書]]やパッケージをウェブページなどの[[GUI]]で操作するので、コマンドを実行する必要はありません。<br>
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コマンドの一覧については[[PIONEコマンド一覧]]または[[機能別PIONEコマンド一覧]]をご覧下さい。<br>
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== '''Linuxにおけるコマンド''' ==
 
== '''Linuxにおけるコマンド''' ==
  
 
最近はWindowsチックな[[Linux]]として[[Ubuntu]]が急速に普及しているが、まだまだ[[Linux]]は[[CUI]]に免疫が無い者にとって手が出しにくい[[OS]]である。
 
最近はWindowsチックな[[Linux]]として[[Ubuntu]]が急速に普及しているが、まだまだ[[Linux]]は[[CUI]]に免疫が無い者にとって手が出しにくい[[OS]]である。
以下に最低限[[Eos]]の使用に必要であるであろうコマンドを並べるが、書籍や専門サイトを参照することを推奨する。
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以下に[[Eos]]の使用に最低限必要であるコマンドを並べるが、書籍や専門サイトを参照することを推奨する。
  
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[[画像:Command-sample.PNG|thumb|right|300px|CUIのlsコマンドはGUIではフォルダを開いた時をイメージすればよい。pwdはその位置(画像ではアドレス)で、cdはフォルダをクリックして出入りするイメージとなる。]]
 
===ls===
 
===ls===
  
 
現在の場所のディレクトリに含まれるファイルやディレクトリを表示するコマンド。
 
現在の場所のディレクトリに含まれるファイルやディレクトリを表示するコマンド。
  
  ls
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  $ ls
  a.txt    b.txt
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  aaa.txt    bbb.txt
  
 
===pwd===
 
===pwd===
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現在の場所のディレクトリの位置を知るコマンド。
 
現在の場所のディレクトリの位置を知るコマンド。
  
  pwd
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  $ pwd
 
  /net/pc100/***/***/home
 
  /net/pc100/***/***/home
  
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ホームディレクトリに戻るコマンド。別のディレクトリに移動する場合も使用する。
 
ホームディレクトリに戻るコマンド。別のディレクトリに移動する場合も使用する。
  
  pwd
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  $ pwd
 
  /net/pc100/***/***/home
 
  /net/pc100/***/***/home
  cd ./aaa
+
  $ cd ./aaa
 
  pwd
 
  pwd
 
  /net/pc100/***/***/home/aaa
 
  /net/pc100/***/***/home/aaa
  cd
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  $ cd
 
  /net/pc100/***/***/home
 
  /net/pc100/***/***/home
  
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ファイルを別の場所にコピーするコマンド。
 
ファイルを別の場所にコピーするコマンド。
  
  cp before.txt ./aaa/after.txt
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  $ cp before.txt ./aaa/after.txt
  
 
===mv===
 
===mv===
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ファイルを別の場所に移動するコマンド。
 
ファイルを別の場所に移動するコマンド。
  
  mv before.txt ./aaa/after.txt
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  $ mv before.txt ./aaa/after.txt
  
 
また、mvはファイル名やディレクトリ名を変更することもできる。
 
また、mvはファイル名やディレクトリ名を変更することもできる。
  
  ls
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  $ ls
 
  before.txt
 
  before.txt
  mv before.txt after.txt
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  $ mv before.txt after.txt
  ls
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  $ ls
 
  after.txt
 
  after.txt

2014年12月11日 (木) 04:21時点における最新版

コマンドとはEosにおいて計算機への命令を実行するもの。Eosは基本的にキャラクタユーザインタフェース(CUI)によって操作する。


Eosにおけるコマンドの使用例

EosのコマンドCUIへの標準入力(キーボードからの入力)で使用する。

$ Display2 -i MicroscopeImage.roi

上記のDisplay2コマンドは、mrcroiイメージなどを表示する機能を持つ。 他にも粒子切り出しなどを行うことができる。 Eosのコマンドはオプションに-hをつけるとその場でオプションヘルプを確認することが可能である。

$ Display2 -h

以下はDisplay2のヘルプの表示例である。

Usage: /home/people/keita1023/Eos/bin/X86LINUX64/Display2
Options:
   [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Optional  :InputDataFile
   [-t[epmlate]         Template            (85.roi    )] :Optional  :Template for InputFile 
   [-H[ighForThres]     ThresHigh           (0.0       )] :Optional  :Template for InputFile 
   [-L[owForThres]      ThresLow            (0.0       )] :Optional  :Template for InputFile 
   [-Zoom               Zoom                (1.0       )] :Optional  :Zoom for InputFile 
   [-Inverse            ] :Optional  :Inverse (HighValue(dark)<->LowValue(bright)) for InputFile 
   [-o[utput]           Out                 (.EosLog   )] :Optional  :OutputLogFile
   [-display            geometry            (:0.0      )] :Optional  :OutputLogFile
   [-geometry           display             (1024x1024+0+0)] :Optional  :OutputLogFile
   [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :ConfigurationFile
   [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
New wish commands of Display2
mrcInfoSet [z|min|max] value
mrcInfoSet [log|pow] 
mrcInfoGet [Nx|Ny|Nz|Max|Min|Mean|Hist]

Eosが用意しているコマンド群(コマンド一覧機能別コマンド一覧)は、2012年時点で約400種ほどあり、多くの画像処理を行う事ができます。

PIONEにおけるコマンド

PIONEのコマンドのほとんどはPIONE Webclientの管理者やPIONE定義書やパッケージを作成するエキスパート向けに用意されています。ユーザの方は予め作成されたPIONE定義書やパッケージをウェブページなどのGUIで操作するので、コマンドを実行する必要はありません。
コマンドの一覧についてはPIONEコマンド一覧または機能別PIONEコマンド一覧をご覧下さい。

Linuxにおけるコマンド

最近はWindowsチックなLinuxとしてUbuntuが急速に普及しているが、まだまだLinuxCUIに免疫が無い者にとって手が出しにくいOSである。 以下にEosの使用に最低限必要であるコマンドを並べるが、書籍や専門サイトを参照することを推奨する。

CUIのlsコマンドはGUIではフォルダを開いた時をイメージすればよい。pwdはその位置(画像ではアドレス)で、cdはフォルダをクリックして出入りするイメージとなる。

ls

現在の場所のディレクトリに含まれるファイルやディレクトリを表示するコマンド。

$ ls
aaa.txt    bbb.txt

pwd

現在の場所のディレクトリの位置を知るコマンド。

$ pwd
/net/pc100/***/***/home

cd

ホームディレクトリに戻るコマンド。別のディレクトリに移動する場合も使用する。

$ pwd
/net/pc100/***/***/home
$ cd ./aaa
pwd
/net/pc100/***/***/home/aaa
$ cd
/net/pc100/***/***/home

cp

ファイルを別の場所にコピーするコマンド。

$ cp before.txt ./aaa/after.txt

mv

ファイルを別の場所に移動するコマンド。

$ mv before.txt ./aaa/after.txt

また、mvはファイル名やディレクトリ名を変更することもできる。

$ ls
before.txt
$ mv before.txt after.txt
$ ls
after.txt