「ダウンロード」の版間の差分

2013年3月30日 (土) 00:58時点における版

Eosのダウンロード方法について

gitが利用できる方

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([projects/eos])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。

初めてのディレクトリにインストールする場合

Eosの複製をgitを使って作製します。

$ cd Eosをインストールしたいディレクトリ($EOS_HOME)
$ git init
$ git clone --depth 1 ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
   or 
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

sshを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

最新版に更新する場合

Eosの最新にアップデートすることができます。

最新版の取得

$ git fetch            ;# 変更があったファイルをダウンロード
   or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
   or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

変更になっている部分の確認

$ git log   FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

変更を追加

変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

makeを用いた更新

$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

Eosの機能追加、修正を登録する場合

自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。

git add         ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit      ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push        ; # git serverに格納
 or
git push origin master
 or
git push origin master

直接ダウンロードしたい方

下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[EosHomePage]

  or

[Sourceforge]

上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成（Eosの構造）は別ページにて説明しています。

※　2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

動作環境

　現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X  32bits/64bits
Windows with Cygwin