ダウンロード
Eosのダウンロード方法について
目次
gitが利用できる方
gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([projects/eos])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。
初めてのディレクトリにインストールする場合
Eosの複製をgitを使って作製します。
編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。
$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME or $ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME or $ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
【注意1】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。
【注意2】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。
【注意3】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。
付加的なレポジトリを利用したい場合
チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git
テスト用のデータファイルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git
Eosのマニュアルなどが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git
Eosで利用される他の開発コードが置かれています。
git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git
最新版に更新する場合
Eosの最新にアップデートすることができます。
最新版の取得
$ git fetch ;# 変更があったファイルをダウンロード or $ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git or $ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git
最新版の取得(別法)
git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。
$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git
変更になっている部分の確認
$ git log FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示
変更を追加
変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。
$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする
makeを用いた更新
$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。
環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。
$ cd $EOS_HOME $ make git-fetch $ make git-merge
Eosの機能追加、修正を登録する場合
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。
git add ; # 自分自身の複製で変更したものを加える git commit ; # 変更したモノをgitに格納する # git push ; # git serverに格納 or git push origin master or git push origin master
直接ダウンロードしたい方
下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。
[EosHomePage] or [Sourceforge]
上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。
作成されたディレクトリの構成(Eosの構造)は別ページにて説明しています。
※ 2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。
動作環境
現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。
LINUX 32bits/64bits OS-X 32bits/64bits Windows with Cygwin
うまく動作しない場合
Q1) 使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY といわれる
A1) 設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install とうってみましょう。