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 Eosのインストール方法について述べます。
 
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 Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。
 
 Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。
 
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 PIONEのインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。
 
  
 
=== [[ロードマップ|Eosの今後の発展(ロードマップ)について]] ===
 
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2013年3月30日 (土) 10:42時点における版

目次

Eospediaにようこそ

2010年11月05日に、研究室内にEospediaクローズドβ版の運営を開始しました。 2012年8月に、こちらが電子顕微鏡画像処理システムEosのホームページの本家となるように、オープンにしました。

Eosのコマンド説明やその中のアルゴリズムについてなど、幅広い知識を集約できればと思います。それに加えて、電子顕微鏡画像処理を含む、各種画像処理の基本を学ぶことができるサイトとして運営したいと考えています。

wikiは「間違いをいかに防ぐか」ではなく、「いかに修正するか」が哲学ですので、 間違いを恐れず(もちろんデタラメは論外)皆さんの知識とノウハウを自由に書いて頂ければ幸いです。

只今ホームページに公開していたEosマニュアル(日本語版も含む)の転載作業を進めています。

ちなみに、英語版もあります。現在は、日本語版のほうが充実しています。

Eosビギナーズガイド

Eosとは?

 Eosとはなにかについて述べます。

Eosのコマンドとは?

 Eosにおけるコマンドについて述べます。

Eosはどうやって使うの?

 Eosにおけるmakeを用いたコマンドの統合方法について述べます。

Eosのコマンド一覧表

 Eosが提供するコマンドの一覧を示します。

Eosの機能別コマンド一覧表

 Eosが提供するコマンドの機能別一覧を示します。

Eosのインストール方法

Eosのダウンロード

 Eosのダウンロード方法について述べます。現在、EosはSourceForgeにて開発を進めています。

Eosのインストール方法

 Eosのインストール方法について述べます。

PIONEのインストール方法

 makeに替わる分散プロセス処理プラットフォーム(PIONE)のインストール方法を示します。現在、PIONEはgithubにて開発を進めています。

Eosリファレンス

Eosの提供する統合コマンド

 Eosが提供する統合コマンドについて述べます。

統合コマンド:PIONE

 Eosが分散環境、クラウド環境に対応した統合環境として提供するPIONEについて述べます。

Eosの今後の発展(ロードマップ)について

 Eosの今後の開発方針(ロードマップ)について述べます。

Eos チュートリアル 

環境の設定 

最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、Eosのインストール方法の詳細をご覧下さい。

Eosでのコマンドの取り扱い 

Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、コマンドの詳細をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

Eosでの画像の取り扱い 

Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。

Eosを使った簡単な画像処理 

Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。

CTF画像補正 

電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。

単粒子解析の基礎 

 ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

単粒子解析の概要

 単粒子解析の概要を示します。

粒子の抽出

 まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

2次元画像の分類

 2次元画像を分類して、SN比を上げます。

参照像があるときの投影角の決定方法

 参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

3次元再構成・逆投影法

 3次元再構成自身を解説します。

可視化ツール

 できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。


電子線トモグラフィー

 電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の3次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

電子線トモグラフィーの概要

 電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから3次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

画像の補正

 傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

ラフ・アラインメント

 傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

アラインメント

 傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

3次元再構成

 2次元画像のセットから3次元画像を再構成します。

画像のもつ問題点

 全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

画像の解釈

 また、多様な構造を含むため、3次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

備考

 上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。 今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。

Eosにおける開発(開発者向け)

Eosの構造

 Eosの構造(Architecture)について述べます。

ツールの開発

ツールの作り方

 Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の作り方について述べます。

簡単なプログラム例

 Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の簡単なプログラム例について述べます。

ライブラリ(API)の作り方

 Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリAPI)の作り方について述べます。

ライブラリ(API)一覧

 Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリAPI)の一覧です。

機能別ライブラリ(API)一覧

 Eosの上での機能別に分類されたオブジェクト指向型ライブラリAPI)の一覧です。

統合コマンドの作り方

 統合コマンドの作り方を示します。

Makefileによる統合

 Makefileを用いた統合方法について示します。Visualmakeは自動的に簡易型のGUIを提供します。

PIONEによる統合

 分散環境(クラウド環境)に対応したプロセス定義書PIONEを用いた統合方法について示します。

bashによる統合

 bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

統合コマンドによる統合

 Display2, smolet, EosなどのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, ctfDisplay等のRuby型の統合コマンドによる統合,molvieなどのC言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

画像処理

画像処理一般

 ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

電子顕微鏡画像処理

 電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

電子顕微鏡

 ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

電子銃

 電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

電子レンズ

 透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

透過型電子顕微鏡のコントラスト

 透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

走査型透過電子顕微鏡のコントラスト

 走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

走査型電子顕微鏡のコントラスト

 走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

クライオ電子顕微鏡法

 クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

電子顕微鏡のFAQ

 電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

電子顕微鏡のTIPS

 電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

FAQ

 よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

EosのTIPS

 よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

開発にかける思い

 開発当時と比べても非常に多くのソフトウェアが開発され、利用されている。その中で、継続的に開発していく意味はどこにあるのだろうか。開発にかける思いByYasunagaを少しずつ書き綴っていこう。

Eos User Group

 Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

イメージイラストについて

現在、Eospediaのイメージイラストを募集中です。 我こそはという方はEospedia管理者まで御連絡下さい。


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外部リンク

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