「機能別コマンド一覧」の版間の差分
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=== 画像の統計処理 === | === 画像の統計処理 === | ||
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*[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める | *[[mrcImageProjection]]：画像の投影像（各軸方向）を求める | ||
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*[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出 | *[[mrcImageFeatureExtraction]]：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出 | ||
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*[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D） | *[[mrcImage3DWindowing]]：窓関数を積算する（3D） | ||
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=== ３Ｄモデリングのためのツール === | === ３Ｄモデリングのためのツール === | ||
*[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す | *[[mrcImageToNAMDConstantForces]]：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す | ||
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参考文献： | 参考文献： | ||
* Noda et al., J. Plasma, Physics (2006) | * Noda et al., J. Plasma, Physics (2006) | ||
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*[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする | *[[hostCondition]]：ホストの環境をチェックする | ||
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2012年10月14日 (日) 12:28時点における版
ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。
目次
- 1 統合環境
- 2 開発環境
- 3 ＣＴＦ関係のコマンド群
- 4 クラスター解析に関するツール
- 5 3次元再構成
- 6 mrcImageフォーマットに対するコマンド群
- 6.1 ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド
- 6.2 モデル作成
- 6.3 画像の情報
- 6.4 画像の統計処理
- 6.5 画像フォーマット変換
- 6.6 複数画像の処理
- 6.7 前処理関連
- 6.8 画像の演算
- 6.9 画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)
- 6.10 縦軸（密度）方向の変換
- 6.11 横軸変換
- 6.12 画像のマスク
- 6.13 画像の移動・回転
- 6.14 二値画像の処理
- 6.15 座標変換
- 6.16 フーリエ変換
- 6.17 空間周波数フィルタ
- 6.18 平滑化
- 6.19 画像のエッジ抽出
- 6.20 画像の類似度
- 6.21 画像の対称性を使った解析
- 6.22 mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群
- 6.23 画像の出力
- 6.24 mrcRef関連
- 6.25 画像情報とＰＤＢとの関係
- 6.26 エネルギーロスイメージ
- 6.27 未分類
- 7 PDB関係のコマンド群
- 8 画像フォーマット等のフィルター
- 9 コマンドリスト
- 10 各種解析ツール
- 11 その他
- 12 整理が必要なコマンド
統合環境
画像表示とその処理
- Display2: ２Ｄ画像もしくは３Ｄ画像のセクションの表示、処理など
- Display3: ３Ｄ画像の表示
- smolet: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア（傾斜シリーズの表示）
- ctfDisplay: For CTF Correlation
- imagesClustering：クラスタリングのためのツール
Eosのプラットフォーム環境
- Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
- Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
- PIONE
簡易画像表示プログラム
molvieシリーズ
開発環境
ＣＴＦ関係のコマンド群
CTF決定のためのプログラム群
- ctfDisplay: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
- ctfDeterminationFromMultiImage
- ctfDeterminationFromPhaseComparison
- ctfDeterminationFromThonRing
- defocusDeterminationFromThonRing
- ctfDetermine
CTFの関数に関するプログラム
CTF補正に関するプログラム群
- ctfDisplay：CTFに関連した統合プログラム
- mrcImageCTFDetermination：CTFの推定の為のプログラム
- mrcImageMultiCTFDetermination：同一視野の複数枚の画像からCTFを推定するためのプログラム
- mrcImageCTFObservation：画像にCTFを施す
- ctfInfoSet
- ctfMultiFunction
- ctfWeightMapCreation
- mrcImageCTFCompensation：CTFの補正を行う
- mrcImageCTFCompensationForTiltImage：傾斜画像に関するCTFの補正を行う
- mrcImageMultiCTFCompensation：複数枚の画像からCTFの補正を行う
- mrcImageCTFSN
- mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO
その他
- electronWaveLength：電子線の波長を取得する
クラスター解析に関するツール
3次元再構成
汎用3次元再構成
- mrc2Dto3D：２次元画像のセットから３次元再構成を求める
- mrc3Dto2D：３次元画像から２次元投影像のセットを求める
- mrc2Dto3DforVariation：３次元再構成における分散を求める
- mrcRadon2Dto3D：２次元ラドン空間の画像セットから３次元ラドン空間の画像を求める
２D逆投影
トモグラフィー支援
- mrcImageTiltAxisSearch
- mrcImageTiltAxisSearchHelp
- mrcImageDivideInfoForTomography：傾斜角やCTF補正のために複数のファイルに分ける
単粒子解析サポート
- mrcImageOrientationSearch
- mrcImageOrientationSearchByHigherSelection
- mrcImageOrientationSearchByHybridization
- mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization
ラドン空間（シノグラム）を用いた解析
ラドン空間の変換
- mrcImageRadonTransform
- mrcImageInverseRadonTransform
- mrcImageSinogramCreate
- mrcImageSinogramFFT
- mrcRadon2Dto3D
コモンラインの探索
- mrcImageSinogramCorrelation
- mrcImagesSinogramCorrelation
- commonLinesSearchByVoting
- mrcImageCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram
- WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation
- CommonLineCalculation
- CommonLineRankCalc_k
特徴量を用いたシノグラム解析
- mrcSinogramFET
- mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
- mrcSinogramFETcalcWeight
- mrcSinogramFETcorrelationMap
- mrcSinogramFETnormalizedMap
- mrcSinogramFETreferredCorrelation
- mrcSinogramFETsmoothParameterMatching
- EvaluateCorrelationMapwithCommonLine
- FETOrientationSearchByAnnealing
- FETOrientationSearchByFeatureAlignment
- FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting
- FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization
特徴量を用いた３次元再構成
らせん対称性を用いた3次元再構成
空間の変換
- ll2ltlg : G -> g
- ltlg2mrc : g -> 3D
llExtractのサポートプログラム群
- llExtractCtfinfFileCreate
- llExtractCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparation
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin
- llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
- llExtractWithLayerSeparationServer
- llExtractWithLayerSeparationSingle
G(R, THETA, Z)空間の取り扱い
- llDataAverage
- llDataAxisSearch
- llDataCTFCompensate
- llDataCompare
- llDataContributionCalcDifferentN
- llDataDump
- llDataEquatorAdd
- llDataExtract
- llDataFit
- llDataFitServer
- llDataInfo
- llDataLowPassFiltering
- llDataMultiCTFCompensation
- llDataNEstimation
- llDataNormalization
- llDataPrint: G(R, THETA, Z)空間の表示
- llDataRescaling
- llDataResolutionCheck
- llDataRotation
- llDataSelectionEstimation
- llDataSeparate
- llDataWeightSet
- llDatarMaxLimit
g(r, theta, Z) の取り扱い
らせん対称を用いた画像処理
- mrcImageHelicalAveraging：らせん対称（連続らせん）に従って平均した画像を求める
- mrcImageHelicalProjection：らせん対称に従って投影した画像を求める
- mrcImageHelicalConvolution
- mrcImageHelicalMappingFrom2DImage
- mrcImageHelicalMasking
- mrcImageHelicalMaskingBy2DImage
- mrcImageCylinderSection：円筒座標系に変換して、r毎のセクションをもとめる
- mrcImageUntwist：らせん対称性にしたがって、ねじれをもとに戻す
- mrcImageCircumferentialProjection：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
- mrcImageRadialDistribution：画像の動径方向の分布（2D）
超解像法
- mrcImageSuperResolution:超解像法のためのプログラム
分解能チェックのためのツール
mrcImageフォーマットに対するコマンド群
ヘッダー等フォーマットそのものに関するコマンド
- mrcImageHeaderChange：画像ファイルのヘッダーの変換
- mrcImageTransformSign：画像の符号付、符号無し(Signed/Unsigned)の変換
モデル作成
基本図形のモデル作成
- mrcImageNullImageCreate：空画像の作成
- mrcImageModelCreate：モデル画像の作成
- mrcImageSphere：球/円の作成（中心）
- mrcImageMakeSphere：球/円の作成（多機能、位置の指定）
- mrcImageGaussDisc：ガウス円の作成
- mrcImageGaussSphere：ガウス球の作成
- mrcImageMakeCylinder：円筒の作成
- mrcImageSiemensStar：ジーメンススターの作成（分解能チェック用）
- mrcImageModelSubfilamentsCreate；フィラメント画像を作る
- mrcImageNoiseCreate：雑音画像を作る
ノイズの付加
- mrcImageNoiseAdd：雑音を加える
結晶化
傾斜画像
- mrcImageEstimateTiltImage：傾斜画像の予測
画像の情報
- mrcInfo：MRC画像のヘッダー情報を取得する
- mrcImageInfo：画像の情報を取得する
- mrcImageDensityInfo：画像の正の値を密度とし、その情報を取得する
- mrcImageBoundaryInfo：画像の周辺情報を取得する
- mrcImageVolumeCalc：3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値
- mrcInfoSet：MRCのヘッダー情報を変更する
- mrcImageModeChange：MRCの画像モードを変更する
- mrcImageSamplingUnitChange：画像のサンプリング間隔を変更する
- mrcImageSectionGet:３Ｄ画像のセクション２Ｄ画像を取得する
- mrcImageCenterOfMassCalculate：重心を取得する
- mrcImageCircumferentialProjection：３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。
- mrcImageRadialDistribution：画像の動径方向の分布（2D）
- mrcImagePixelDataGet：ある点の値を手に入れる。
画像の統計処理
- mrcImageAverage：複数画像の平均
- mrcImageSN：複数画像間の統計（平均、分散、標準偏差等）
- mrcImageStandardDeviation：複数画像間の標準偏差及びそれを用いた変換
- mrcImageVarianceMap：分散マップ
- mrcImageTTest：画像間のt-test
- mrcImageFTest：画像間のF-test
- mrcImageTwoImageTest:画像間のテスト(t-test/F-test)
- mrcImageVarianceAnalysis：分散解析
- mrcImagePCA：複数画像から主成分分析を行い、主成分画像を生成する
- mrcImageShapePCA：３Ｄ画像からその構造の形を楕円体として取り扱うための主成分分析
- mrcImagePeakSearch：画像の中のピークを探索する
- mrcImageProjection：画像の投影像（各軸方向）を求める
- mrcImageParticleCandidateExtract：周辺に比べて密度が有意に高いところを見出す。
- mrcImageFeatureExtraction：画像の特徴量（現時点で３０通り）の抽出
- ヒストグラムの平均、分散、歪度、尖度、コントラスト、エネルギー、エントロピー
- Co-occurenceに関する情報
- difference statisticsに関する情報
- runlengthに関する情報
画像フォーマット変換
- mrcImagestoRef
- mrcImageStack：画像をスタックする
- mrcImageColoring：１枚もしくは複数の画像を使って、カラー画像（GIF）をつくる
複数画像の処理
- mrcImageMontageCreate：複数枚の画像を一枚の画像として出力する（平均値等を用いて画像のコントラストを合わす）
前処理関連
異常値の除去
- mrcImageAbnormalValueRemove：画像の標準偏差等から異常値を推定し、異常値を除く
- mrcImageCCDNoiseRemove：ＣＣＤカメラのもつ異常値を取り除く
- mrcImageDeadPixelCorrection
窓関数
- mrcImageWindowing：窓関数を積算する（2D）
- mrcImage3DWindowing：窓関数を積算する（3D）
- mrcImageCenterDensityChange:中心画像の密度を変更する（窓関数の特別なバージョン）
パディング
密度の標準化
画像の演算
- mrcImageAdd：二つの画像の和を求める
- mrcImageAddValue：画像に実数を加算する
- mrcImageRealValueAdd：画像に実数を加算する（同じ機能をもつので整理が必要）
- mrcImageScalarAdd：画像に実数を加える（特定の点に加えることができる）
- mrcImageSubtraction：画像間の差を求める
- mrcImageNormalizedSubtraction：画像の密度を合わせた後、画像間の差を求める
- mrcImageSquare:各ピクセル値の２乗、ルートの画像に変換する。
- mrcImageMultiplying：画像に実数を積算する
- mrcImageMultiplyingbyFile：二つの画像の積算
画像の抽出・切り出し：ROI(Region of Interest)
- mrcImageROI：２次元画像からの単一のROI画像の切り出し
- mrcImageROIs：２次元画像からの複数のROI画像の切り出し
- mrcImageUnbentROI：２次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
- mrcImageCenterGet:画像の中央（中央の指定は可能）を切り出す
- mrcImageRectangleGet：指定した画像領域（長方形：回転無）を切り出す。
- mrcImageRectangleGetByCorrelation：参照画像と比較して最も相関値の高い領域を切り出す。
- mrcImagePolyROI：（未完成）
- mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
- mrcImageDivideIntoTwoImages：指定に従って二つの画像に切り分ける
画像の切り出し/合成
- mrcImageSplit：
- mrcImageBlockMerge：画像の合成（画像が重なった場合には平均画像）
ニューラルネットを使った粒子の切り出し
縦軸（密度）方向の変換
- mrcImageNormalizing：画像の値の正規化
- mrcImageCVE：CVE(constant variance enhancement)を施す
- mrcImageHighlighting：
- mrcImageEnhancementWithFuzzySets
- mrcImageSolventFlattening：溶液と考えられる部分の平滑化
- mrcImagePosterization：画像のビットを落とす
- mrcImageExpression：密度を、絶対値、ルート、ログなどに変換する
横軸変換
- mrcImageShrink：画像のピクセルを縮退させ、サイズを小さくする。
画像のマスク
- mrcImageMasking：定型の円や長方形で画像をマスクする（３Ｄに対応）
- mrcImageMaskingByImage:画像（２値化もしくはグレー）を用いて画像をマスクする。
- mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。
画像の移動・回転
- mrcImageTrans：4x4行列を使った画像の移動・回転
- mrcImageTranspose：画像の転置
- mrcImageRotation：画像の回転
- mrcImageRotation3D：画像の回転（３D)
- mrcImageMirroring：画像の鏡像
- mrcImageShift：画像の移動
- mrcImageMove：画像の移動
- mrcImageShiftFollowingGC：重心が中心になるように画像を移動
- mrcMirrorImageCreate：３Dの特定の面に対して反転。
- mrcImageReverse：ｙ軸をそのままにして、ｘ、ｚ軸に関して反転（２Dでは鏡像、３Dでは１８０度回転に対応）
- mrcImageMagnificationChange：画像の拡大率の変換
二値画像の処理
画像の二値化
- mrcImageBinalization：画像の２値化（閾値指定、大津の方法などの自動閾値指定を含む）
- mrcImageAdaptiveBinalization：画像の２値化（適応型）
二値画像の連結
- mrcImageConnection：２値画像の連結
- mrcImageConnectivityNumberCalc：２値画像の連結値の計算
- mrcImageDistanceConversion：２値画像の距離変換
画像のラベリング・面積
- mrcImageLabeling
- mrcImageAreaCalc：２値画像を使った面積・体積の計算
座標変換
- Descartes2Polar：直交座標系から極座標系に変換する（軸の設定は変更可能）
- mrcImageTransformDescartesIntoPolar：直交座標系から極座標系に画像を変換
- mrcImageCoordinateChange:座標軸の交換
フーリエ変換
- mrcImageFFT：現在、通常使われているフーリエ変換及び逆変換
- fft2d：過去のフーリエ変換及び逆変換
- cufft：CUDAでのテスト用フーリエ変換
空間周波数フィルタ
- mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ
- mrcImageBandPassFilter:バンドパスフィルタ
- mrcImageHighPassFilter：ハイパスフィルタ
- mrcImage3DHighResoEmphasis：高周波強調フィルタ（３D対応）
- mrcMask：P1対称性に関するマスク(2D、フーリエ空間）
- mrcImageFilteringbyFile：ファイルからフィルタする場所を指定するプログラム
- mrcImageFilteringbyFileForVariance
平滑化
- mrcImageSmoothing：非線形の平滑化
- mrcImageLowPassFilter:ローパスフィルタ
- mrcImageNLMeansFilter:NLミーンズ法によるローパスフィルタ
- mrcImageNoiseReductionByRelaxation
画像のエッジ抽出
画像の類似度
- mrcImageCorrelation：画像間の相関
- mrcImageCorrelationWithCTFCompensation：CTF補正を含めた画像間の相関
- mrcImageAutoCorrelationWithWindowing：ウィンドウイングを含めた画像間の相関
- mrcImageCorrelationInFourierSpace：フーリエ空間での相関
- mrcImageAutoRotationCorrelation：画像の回転を考慮した画像間の相関
- mrcImageAutoRotationCorrelation3D：画像の回転（３D）を考慮した画像間の相関
- mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint：mrcImageAutoRotationCorrelationの結果の評価
- mrcImageCorrelationServer：PVMを利用した相関をとるためのサーバー
- mrcImageSimilarImageSearch
- mrcImageSimilarityEstimate
画像の対称性を使った解析
- mrcImageSymmetryAverage
- mrcImageSymmetryCentreFind
- mrcImageSymmetryFind
- mrcImage3DSymmetryFind
- mrcImageNfoldAxisSearch：回転対称軸の探索
mrcFFT（フーリエ空間）を処理するためのコマンド群
- mrcFTMeridianEquatorRedece
- mrcFFTBandPassFilter
- mrcFFTCTFCompensation
- mrcFFTDigitize
- mrcFFTExpression
- mrcFFTFibreDiagram
- mrcFFTFiltering
- mrcFFTIQEstimation
- mrcFFTInfo
- mrcFFTLayerLineCheck
- mrcFFTMedianFilter
- mrcFFTProjection
- mrcFFTResampling
- mrcFFTShellInfo
- mrcFFTSizeChange
- mrcFFTSpectrum
- mrcFFTXFiltering
- mrcFFTplainreduce
画像の出力
mrcRef関連
- mrcRefCorEstimate
- mrcRefCorModify
- mrcRefCoreGet
- mrcRefCorrelation
- mrcRefCorrelationConv
- mrcRefEstimate
- mrcRefFFTConvert
- mrcRefHeaderCreate
- mrcRefHighPassFilter
- mrcRefImageCorrelation
- mrcRefImageOmegaCorrelation
- mrcRefImagepwzCorEstimate
- mrcRefImagepwzCorModify
- mrcRefImagepwzCorPeakFind
- mrcRefImagepwzCorSmoothing
- mrcRefImagepwzCorrelation
- mrcRefImagepwzCorrelationByFFT
- mrcRefImagexaFit
- mrcRefLowPassFilter
- mrcRefNoiseAdd
- mrcRefNormalizing
- mrcRefPhaseImageCreate
- mrcRefSmoothing
- mrcRefz1ImageCorrelation
- mrcImageRefConv2D
- mrcImageRefCreate
- mrcImageRefFFTConv2D
- mrcImageRefScaleChangeWithPad
画像情報とＰＤＢとの関係
- mrcImageAssignedToTFofPDB：画像の値をPDBに組み込む
- mrcImageDisplayDensityAsTempFactor：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
- mrcImageMappingtoPdb：画像の値をPDBに組み込む（ほとんど同じ機能、整理が必要）
- mrcImage2pdb：画像をPDBに変更する
- mrcImageUnexpectedMassFromPDB：PDBから期待される密度を減算する
- mrcImagepdbFileReduce：ほぼ上記と同じ機能
エネルギーロスイメージ
- mrcImageCoreImageCalc： energy lossイメージを用いたイメージング
未分類
- mrc3DExtractZ
- mrcImage1DProjectionfrom2D
- mrcImage1dAverageByCorrelation
- mrcImage1dCutAverage
- mrcImage1dShiftAverageByAnnealing
- mrcImage1dShiftByCorrelation
PDB関係のコマンド群
PDBの情報を手に入れる
- pdbInfo：ＰＤＢファイルの中の原子の情報を撮り出す
- pdbAtomSection：原子モデルのセクション（断面）をとりだす
- pdbCAOnly：ＰＤＢからα炭素だけを抜き出す。
- pdbPCA：タンパク質の形状に関するＰＣＡを計算する
- pdbSecondaryStructurePrint
- pdbFileMerge
- pdbMolecularInterfaceFind
- pdbNearAtomListShow
- pdbSurface
PDBから密度マップを作成する
PDBから他のフォーマットに変換する
PDBの対称性に従って原子モデルを作成する
PDBの回転・移動
- pdbRotation：原子モデルの回転
- pdbMove：原子モデルの移動
- pdbTrans：原子モデルのアフィン変換
- pdbTwoProteinFit：二つのタンパク質の位置を合わせる
PDBと密度マップのフィッティング
PDBの表示
PDBに付加的な情報を添付する
その他
画像フォーマット等のフィルター
他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換
MRC形式から他のフォーマットへの変換
pgFormat方のファイルに対するプログラム
- pgDataBaseSelectServer
- pgJournalSelect
- pgJournalSelectCORBAClient
- pgJournalSelectCORBAServer
- pgMemoSelectCORBAServer
- pgSelect
- homology2PG
ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム
DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い
- dcdAtomChangeDistanceFromAtom
- dcdAtomDistanceDistribution
- dcdCompareCA
- dcdDistanceAtomBetweenAtom
- dcdFilePrint
- dcdInfo
- dcdSelectAtoms
- dcdSerectAtom
- dcdTest
- dcdTimeSeriesBehavior
その他
コマンドリスト
CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree
LCalculationForOrientationSearch
TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization
angleMatchTest_k
anglediffcalc
anglediffchk
各種解析ツール
３Ｄモデリングのためのツール
- mrcImageToNAMDConstantForces：３次元画像の微分画像を使って、PDB画像のモデリングを施す
- pdbNAMDRestraintCreate
参考文献：
- Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
- Murakami et al., Cell (2010)
FRET解析ツール
参考文献：
- Suzuki et al., Nature (1998)
- Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)
その他
分子の取り扱い
matrix3Dの取り扱い（3次元空間変換用4x4行列)
- matrix3DEulerAngleTransform
- matrix3DFromEulerAngle
- matrix3DInverse
- matrix3DToEulerAngle
- coordRotation：座標点のmatrix3Dによる変換
乱数の発生
- randomUniformGet:一様乱数
- randomNormalGet：正規分布に従う乱数
largeIP
点の取り扱い
電子顕微鏡制御
テストのためのプラグラム
その他
- muscleSimulation：ミオシンの動きのシミュレータ
- khorosFilterGenerate：khorosのフィルタを作り出す
- hostCondition：ホストの環境をチェックする
整理が必要なコマンド
- mrcImageBtest：（未完成）
