機能別コマンド一覧
ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。
目次
統合環境
画像表示とその処理
- Display2: 2D画像もしくは3D画像のセクションの表示、処理など
- Display3: 3D画像の表示
- smolet: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア(傾斜シリーズの表示)
- ctfDisplay: For CTF Correlation
Eosのプラットフォーム環境
- Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
- Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
- PIONE
簡易画像表示プログラム
molvieシリーズ
開発環境
CTF関係のコマンド群
CTF決定のためのプログラム群
- ctfDisplay: CTFの決定のためのプログラム(GUI)
- ctfDeterminationFromMultiImage
- ctfDeterminationFromPhaseComparison
- ctfDeterminationFromThonRing
- ctfDetermine
CTFの関数に関するプログラム
CTF補正に関するプログラム群
- ctfInfoSet
- ctfMultiFunction
- ctfWeightMapCreation
- mrcImageCTFCompensation
- mrcImageCTFCompensationForTiltImage
- mrcImageCTFDetermination
- mrcImageCTFObservation
- mrcImageCTFSN
3次元再構成
汎用3次元再構成
ラドン空間(シノグラム)を用いた解析
ラドン空間の変換
コモンラインの探索
- mrcImageSinogramCorrelation
- commonLinesSearchByVoting
- WeightCalculationOfCommonLineSearch
- WeightCalculationOfCommonLineSearchByAllSinogram
- WeigthCaluculationOfCommonLineCalculation
- CommonLineCalculation
- CommonLineRankCalc_k
特徴量を用いたシノグラム解析
- mrcSinogramFET
- mrcSinogramFETcalcSDforNormalize
- mrcSinogramFETcalcWeight
- mrcSinogramFETcorrelationMap
- mrcSinogramFETnormalizedMap
- mrcSinogramFETreferredCorrelation
- mrcSinogramFETsmoothParameterMatching
特徴量を用いた3次元再構成
らせん対称性を用いた3次元再構成
空間の変換
llExtractのサポートプログラム群
- llExtractCtfinfFileCreate
- llExtractCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparation
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreate
- llExtractWithLayerSeparationCtrlFileCreateMyosin
- llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
- llExtractWithLayerSeparationServer
- llExtractWithLayerSeparationSingle
G(R, THETA, Z)空間の取り扱い
- llDataAverage
- llDataAxisSearch
- llDataCTFCompensate
- llDataCompare
- llDataContributionCalcDifferentN
- llDataDump
- llDataEquatorAdd
- llDataExtract
- llDataFit
- llDataFitServer
- llDataInfo
- llDataLowPassFiltering
- llDataMultiCTFCompensation
- llDataNEstimation
- llDataNormalization
- llDataPrint: G(R, THETA, Z)空間の表示
- llDataRescaling
- llDataResolutionCheck
- llDataRotation
- llDataSelectionEstimation
- llDataSeparate
- llDataWeightSet
- llDatarMaxLimit
g(r, theta, Z) の取り扱い
mrcImageフォーマットに対するコマンド群
画像の演算
モデル作成
- mrc3DExtractZ
- mrcImage1DProjectionfrom2D
- mrcImage1dAverageByCorrelation
- mrcImage1dCutAverage
- mrcImage1dShiftAverageByAnnealing
- mrcImage1dShiftByCorrelation
- mrcImage2DBackProjection
- mrcImage2DProjection
- mrcImage2pdb
- mrcImageActinSingleParticleAnalysis
- mrcImageAdaptiveBinalization
- mrcImageAssignedToTFofPDB
- mrcImageAutoCorrelationWithWindowing
- mrcImageAutoFilamentExtract
- mrcImageAutoFilamentExtractResultAnalysis
- mrcImageCenterDensityChange
- mrcImageCenterOfMassCalculate
- mrcImageCircumferentialProjection
- mrcImageColoring
- mrcImageCommonLineSearch
- mrcImageContourSurfaceCreate
- mrcImageCoordinateChange
- mrcImageCoreImageCalc
- mrcImageCrystalCreate
- mrcImageCutAndSetInArray
- mrcImageCylinderSection
- mrcImageDeadPixelCorrection
- mrcImageDensityChangeEstimation
- mrcImageDensityInfo
- mrcImageDensityNormalization
- mrcImageDensityNormalizationByImage
- mrcImageEdgeImageGet
- mrcImageEstimateTiltImage
- mrcImageExpression
- mrcImageFFT
- mrcImageFFTLayerLineExtraction
- mrcImageFOMCalc
- mrcImageFTest
- mrcImageFeatureExtraction
- mrcImageFilamentSearch
- mrcImageFilterCreate
- mrcImageFilteringbyFile
- mrcImageFilteringbyFileForVariance
- mrcImageFourierPowerSpectrum
- mrcImageFourierShellCorrelation
- mrcImageFractalFourierShellCorrelation
- mrcImageFractalFrourierShellCorrelation
- mrcImageGaussDisc
- mrcImageGaussSphere
- mrcImageHeaderChange
- mrcImageHelicalAveraging
- mrcImageHelicalConvolution
- mrcImageHelicalMappingFrom2DImage
- mrcImageHelicalMasking
- mrcImageHelicalMaskingBy2DImage
- mrcImageHelicalProjection
- mrcImageHighPassFilter
mrcImageInverseRadonTransform mrcImageLabeling mrcImageLowPassFilter mrcImageMagnificationChange mrcImageMake2DArrayImage mrcImageMakeCylinder mrcImageMakeDump mrcImageMakeFromTextFile mrcImageMakeSphere mrcImageMappingtoPdb mrcImageMasking mrcImageMaskingByImage mrcImageMergebyside
mrcImageModelSubfilamentsCreate
mrcImageMontageCreate
mrcImageMove
mrcImageMultiCTFCompensation
mrcImageMultiCTFDetermination
mrcImageMultiplying
mrcImageMultiplyingbyFile
mrcImageNLMeansFilter
mrcImageNeuralNetParticleExtraction
mrcImageNeuralNetParticleLearning
mrcImageNfoldAxisSearch
mrcImageNoiseAdd
mrcImageNoiseCreate
mrcImageNoiseReductionByRelaxation
mrcImageNormalDistributionTest
mrcImageNormalizedSubtraction
mrcImageNormalizing
mrcImageNullImageCreate
mrcImageOddBoxel
mrcImageOneLineSimilarityCalc
mrcImageOrientationSearch
mrcImageOrientationSearchByHigherSelection
mrcImageOrientationSearchByHybridization
mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization
mrcImagePCA
mrcImageParticleCandidateExtract
mrcImagePeakSearch
mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO
mrcImagePixelDataGet
mrcImagePolyROI
mrcImagePosterization
mrcImageProjection mrcImagePut3D mrcImageROItoPCAoutputImage mrcImageRadialDistribution
mrcImageRealValueAdd mrcImageRectangleGet mrcImageRectangleGetByCorrelation mrcImageRefConv2D mrcImageRefCreate mrcImageRefFFTConv2D mrcImageRefScaleChangeWithPad mrcImageResolutionEstimateForFilaments mrcImageReverse
mrcImageSamplingUnitChange
mrcImageSectionGet
mrcImageSetFunction
mrcImageShapePCA
mrcImageShrink
mrcImageSiemensStar
mrcImageSimilarImageSearch
mrcImageSimilarityEstimate
mrcImageSmoothing
mrcImageSolventFlattening
mrcImageSplit
mrcImageSquare
mrcImageStack
mrcImageStandardDeviation
mrcImageSubtraction
mrcImageSuperResolution
mrcImageTfunction mrcImageTiltAxisSearch mrcImageTiltAxisSearchHelp mrcImageToNAMDConstantForces
mrcImageTransformDescartesIntoPolar
mrcImageTransformSign
mrcImageUnexpectedMassFromPDB mrcImageUntwist mrcImageVarianceAnalysis mrcImageVarianceMap
mrcImageZPad mrcImagepdbFileReduce mrcImagesSinogramCorrelation mrcImagestoRef mrcManipulate_kaya mrcMask mrcMeanYlinePos mrcMirrorImageCreate
defocusDeterminationFromThonRing
electronWaveLength energyTransferModelCheck energyTransferModelResultCheck fft2d gmolvie homology2PG hostCondition
imageView imagesClustering imagesView
khorosFilterGenerate
largeIPInfo
画像の情報
- mrcInfo
- mrcInfoSet
- mrcImageInfo
- mrcImageVolumeCalc:3次元画像から分子量に対応する体積をもつ等高面値
- mrcImageBoundaryInfo
- mrcImageModeChange
前処理関連
画像の統計処理
画像の抽出・切り出し:ROI(Region of Interest)
- mrcImageROI:2次元画像からの単一のROI画像の切り出し
- mrcImageROIs:2次元画像からの複数のROI画像の切り出し
- mrcImageUnbentROI:2次元画像からのスプライン曲線に則った切り出し
- mrcImageROI3D: 3次元画像からのROIエリアの切り出し
- mrcImageCenterGet:画像の中央(中央の指定は可能)を切り出す
縦軸(密度)方向の変換
空間周波数フィルタ
画像の移動・回転
- mrcImageTrans
- mrcImageTranspose
- mrcImageRotation
- mrcImageRotation3D
- mrcImageMirroring
- mrcImageSN
- mrcImageShift
- mrcImageShiftFollowingGC
二値画像の処理
画像の類似度
- mrcImageAutoRotationCorrelation
- mrcImageAutoRotationCorrelation3D
- mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint
- mrcImageCorrelation
- mrcImageCorrelationInFourierSpace
- mrcImageCorrelationServer
- mrcImageCorrelationWithCTFCompensation
画像の対称性を使った解析
mrcFFT(フーリエ空間)を処理するためのコマンド群
- mrcFTMeridianEquatorRedece
- mrcFFTBandPassFilter
- mrcFFTCTFCompensation
- mrcFFTDigitize
- mrcFFTExpression
- mrcFFTFibreDiagram
- mrcFFTFiltering
- mrcFFTIQEstimation
- mrcFFTInfo
- mrcFFTLayerLineCheck
- mrcFFTMedianFilter
- mrcFFTProjection
- mrcFFTResampling
- mrcFFTShellInfo
- mrcFFTSizeChange
- mrcFFTSpectrum
- mrcFFTXFiltering
- mrcFFTplainreduce
画像の出力
mrcRef関連
mrcRefCorEstimate mrcRefCorModify mrcRefCoreGet mrcRefCorrelation mrcRefCorrelationConv mrcRefEstimate mrcRefFFTConvert mrcRefHeaderCreate mrcRefHighPassFilter mrcRefImageCorrelation mrcRefImageOmegaCorrelation mrcRefImagepwzCorEstimate mrcRefImagepwzCorModify mrcRefImagepwzCorPeakFind mrcRefImagepwzCorSmoothing mrcRefImagepwzCorrelation mrcRefImagepwzCorrelationByFFT mrcRefImagexaFit mrcRefLowPassFilter mrcRefNoiseAdd mrcRefNormalizing mrcRefPhaseImageCreate mrcRefSmoothing mrcRefz1ImageCorrelation
クラスター解析に関するツール
PDB関係のコマンド群
- pdb2SketchMacro
- pdb2bender
- pdb2mrc
- pdb2mrc2d
- pdb2mrc2dWithCTF
- pdb2ucd
- pdbAtomSection
- pdbCAOnly
- pdbChargeFit
- pdbCoordAdd
- pdbCrystalCreate
- pdbDisplay
- pdbFileMerge
- pdbHelix
- pdbHomologySearch
- pdbInfo
- pdbListRMSDCalc
- pdbMatrixCreate
- pdbMolecularInterfaceFind
- pdbMove
- pdbNAMDRestraintCreate
- pdbNearAtomListShow
- pdbOneProteinGet
- pdbPCA
- pdbProteinIDSet
- pdbRhoFit
- pdbRhoFitCoiledCoil
- pdbRhoFitTm
- pdbRotation
- pdbSecondaryStructurePrint
- pdbShapeFit
- pdbSurface
- pdbTempFactorSet
- pdbTrans
- pdbTwoProteinFit
- pdbView
- pdbWaterAdd
tiltInfoDetermine vectorImageNearestNeighborMethod
画像フォーマット等のフィルター
他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換
MRC形式から他のフォーマットへの変換
pgFormat方のファイルに対するプログラム
- pgDataBaseSelectServer
- pgJournalSelect
- pgJournalSelectCORBAClient
- pgJournalSelectCORBAServer
- pgMemoSelectCORBAServer
- pgSelect
ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム
DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い
- dcdAtomChangeDistanceFromAtom
- dcdAtomDistanceDistribution
- dcdCompareCA
- dcdDistanceAtomBetweenAtom
- dcdFilePrint
- dcdInfo
- dcdSelectAtoms
- dcdSerectAtom
- dcdTest
- dcdTimeSeriesBehavior
その他
コマンドリスト
CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree
EvaluateCorrelationMapwithCommonLine
FETOrientationSearchByAnnealing FETOrientationSearchByFeatureAlignment FETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting FETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization
LCalculationForOrientationSearch
Polar2Descartes ProjectionDirectionMapCreate
TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization
angleMatchTest_k
anglediffcalc
anglediffchk
その他
分子の取り扱い
matrix3Dの取り扱い(3次元空間変換用4x4行列)
乱数の発生
- randomUniformGet:一様乱数
- randomNormalGet:正規分布に従う乱数