機能別コマンド一覧

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ここでは、機能別に少しずつ整理をしています。まだまだ整理が終わっていません。すこしずつ進めていますので、ご容赦下さい。

目次

統合環境

画像表示とその処理

  • Display2: 2D画像もしくは3D画像のセクションの表示、処理など
  • Display3: 3D画像の表示
  • smolet: トモグラフィーのためのGUIソフトウェア(傾斜シリーズの表示)
  • ctfDisplay: For CTF Correlation

Eosのプラットフォーム環境

  • Visualmake: Easy and automatics GUI generator for Makefile
  • Eos: Eos on Tcl/Tk, CUI
  • PIONE

簡易画像表示プログラム

molvieシリーズ

開発環境 

CTF関係のコマンド群 

CTF決定のためのプログラム群

CTFの関数に関するプログラム

CTF補正に関するプログラム群

その他

3次元再構成 

汎用3次元再構成

  • mrc2Dto3D:2次元画像のセットから3次元再構成を求める
  • mrc3Dto2D:3次元画像から2次元投影像のセットを求める
  • mrc2Dto3DforVariation:3次元再構成における分散を求める
  • mrcRadon2Dto3D:2次元ラドン空間の画像セットから3次元ラドン空間の画像を求める

トモグラフィー支援

単粒子解析サポート

ラドン空間(シノグラム)を用いた解析

ラドン空間の変換

コモンラインの探索

特徴量を用いたシノグラム解析

特徴量を用いた3次元再構成

らせん対称性を用いた3次元再構成

空間の変換

llExtractのサポートプログラム群

G(R, THETA, Z)空間の取り扱い

g(r, theta, Z) の取り扱い

らせん対称を用いた画像処理

超解像法

分解能チェックのためのツール 

mrcImageフォーマットに対するコマンド群

画像の演算

モデル作成

基本図形のモデル作成

ノイズの付加

結晶化

未分類


mrcImageInverseRadonTransform mrcImageLabeling mrcImageLowPassFilter mrcImageMagnificationChange mrcImageMake2DArrayImage

mrcImageMakeDump mrcImageMakeFromTextFile mrcImageMappingtoPdb



mrcImageMergebyside


mrcImageModelSubfilamentsCreate mrcImageMontageCreate mrcImageMultiCTFCompensation mrcImageMultiCTFDetermination mrcImageMultiplying mrcImageMultiplyingbyFile mrcImageNLMeansFilter


mrcImageNfoldAxisSearch


mrcImageNoiseReductionByRelaxation mrcImageNormalDistributionTest

mrcImageNormalizing mrcImageNullImageCreate

mrcImageOddBoxel mrcImageOneLineSimilarityCalc mrcImageParticleCandidateExtract mrcImagePeakSearch mrcImagePhaseCTFCompensationFromCTFINFO mrcImagePixelDataGet


mrcImagePosterization

mrcImageProjection mrcImagePut3D mrcImageROItoPCAoutputImage mrcImageRadialDistribution

mrcImageRealValueAdd mrcImageRectangleGet mrcImageRectangleGetByCorrelation mrcImageRefConv2D mrcImageRefCreate mrcImageRefFFTConv2D mrcImageRefScaleChangeWithPad mrcImageResolutionEstimateForFilaments mrcImageReverse

mrcImageSetFunction




mrcImageStack mrcImageStandardDeviation


mrcImageTfunction

mrcImageTransformDescartesIntoPolar mrcImageTransformSign

mrcImageUnexpectedMassFromPDB


mrcImageZPad mrcImagepdbFileReduce

mrcManipulate_kaya mrcMask mrcMeanYlinePos


cufft dataAnalysis_kayabuki


fft2d gmolvie homology2PG hostCondition

imageView imagesClustering imagesView


khorosFilterGenerate largeIPInfo

画像の情報

画像フォーマット変換

前処理関連

異常値の除去

窓関数

パディング

密度の標準化

画像の演算

画像の統計処理

画像の抽出・切り出し:ROI(Region of Interest)

画像の切り出し

ニューラルネットを使った粒子の切り出し

縦軸(密度)方向の変換

mrcImageSolventFlattening:溶液と考えられる部分の平滑化

空間周波数フィルタ

横軸変換

mrcImageShrink

画像のマスク

  • mrcImageMasking:定型の円や長方形で画像をマスクする(3Dに対応)
  • mrcImageMaskingByImage:画像(2値化もしくはグレー)を用いて画像をマスクする。
  • mrcImageFilterCreate:指定した座標値の所を指定した値とした画像を作り出す。

画像の移動・回転

二値画像の処理 

フーリエ変換

平滑化

mrcImageSmoothing:非線形の平滑化

画像の類似度

画像の対称性を使った解析

mrcFFT(フーリエ空間)を処理するためのコマンド群 

画像の出力

mrcImagePrint mrcImagePrint3D

mrcRef関連

クラスター解析に関するツール

画像情報をPDBに組み込むプログラム

PDB関係のコマンド群 

rasmonyo

tiltInfoDetermine vectorImageNearestNeighborMethod


画像フォーマット等のフィルター

他のファイルフォーマットからMRC形式へ変換

MRC形式から他のフォーマットへの変換 

pgFormat方のファイルに対するプログラム

ポストスクリプトファイルの取り扱いに関するプログラム

DCDフォーマットのファイルに関する取り扱い

その他

コマンドリスト 

CheckCommonLineData CheckOfOrientation CheckOrientationByDegree

Descartes2Polar


LCalculationForOrientationSearch

Polar2Descartes ProjectionDirectionMapCreate

TestForLcalculationOfOrientationSearchBySimultaneousMinimization


angleMatchTest_k anglediffcalc anglediffchk

calcCommonLine coordRotation

各種解析ツール

3Dモデリングのためのツール

参考文献:

  • Noda et al., J. Plasma, Physics (2006)
  • Murakami et al., Cell (2010)

FRET解析ツール

参考文献:

  • Suzuki et al., Nature (1998)
  • Yasunaga e al., J.Struct.Biol.(2000)

その他

分子の取り扱い

matrix3Dの取り扱い(3次元空間変換用4x4行列)

乱数の発生

点の取り扱い

pointAffineTransform

電子顕微鏡制御


テストのためのプラグラム

その他