「機能別ライブラリ(API)一覧」の版間の差分

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=== 入出力等の低水準ライブラリ ===
 
=== 入出力等の低水準ライブラリ ===
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*mrcImage型の画像を取り扱うための低水準ＡＰＩ：[[mrcImage.h]]
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*[[mrcImage.h]]: mrcImage型の画像を取り扱うための低水準API
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==== 初期化 ====
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*extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
+
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*extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
+
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**extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
+
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*extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
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*extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
+
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*extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);
+
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==== ファイルの読み込み ====
+
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*extern mrcStatusType mrcFileRead  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
−
**extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
−
**extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
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**extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
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+
−
==== ファイルの書き出し ====
+
−
*extern mrcStatusType mrcFileWrite  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
−
**extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
−
**extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
−
**extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
+
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+
−
*#define mrcFileWriteModeGet(x)    BYTE4GETBYTE(x,0)
+
−
*#define mrcImageWriteModeGet(x)    BYTE4GETBYTE(x,1)
+
−
*#define mrcHeaderWriteModeGet(x)  BYTE4GETBYTE(x,2)
+
−
*#define mrcTailerWriteModeGet(x)  BYTE4GETBYTE(x,3)
+
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*#define mrcFileWriteMode_InfoPrint        1
+
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*#define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2
+
−
 
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*extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);
+
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==== 画素のデータの取得 ====
+
−
*ピクセル単位での画素データの取得
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　extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
+
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　                              mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
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　                              mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
+
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　                              mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
+
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　                              double* data,
+
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　                              mrcPixelDataType mode,
+
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　                              mrcPixelDataHowToGet how);
+
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+
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*オングストローム単位での画素データの取得
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　extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
+
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　                              mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
+
−
　                              mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
+
−
　                              mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
+
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　                              double* data,
+
−
　                            mrcPixelDataType mode,
+
−
　                              mrcPixelDataHowToGet how);
+
−
 
+
−
*インライン型関数の画素データの取得
+
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**extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
+
−
　                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
+
−
 
+
−
**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
+
−
　                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
+
−
 
+
−
**extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
+
−
　                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
+
−
 
+
−
==== 画素のデータの設定 ====
+
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*ピクセル単位の画素データの設定
+
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　extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);
+
−
 
+
−
 
+
−
=== 画像処理一般のライブラリ ===
+
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* mrcImageOperation 画像の演算
+
−
** 単項演算
+
−
*** 加算
+
−
void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d);                      img := img+d
+
−
 
+
−
*** 減算
+
−
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
+
−
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
+
−
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value)            out  :=  in - value
+
−
+
−
*** 除算
+
−
void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d);                    img := img/d
+
−
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d);      img := img/d, if img>=0, else img:=img;
+
−
 
+
−
*** 絶対値
+
−
void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in);                              out := fabs(in);
+
−
 
+
−
*** それ以外
+
−
void lmrcImageSquare(mrcImage* in);                                      in := in*in
+
−
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps);                            in := sqrt(in), if in>eps else in:=0
+
−
 
+
−
** ２項演算
+
−
*** 連続加算
+
−
void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number);                img2 := img2 + img1, number++
+
−
*** 減算
+
−
void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2)      out  :=  in1 - in2
+
−
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2)                  out  : = in1 - in2（上記と同じ機能）
+
−
 
+
−
*** void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number);            img2 := img2 + img1*img1, number++
+
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*** void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2);        img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0
+
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**** void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se);          t  := avg/se,  at present, avg, se must be given.
+
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**** void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig);                  sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
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**** void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
+
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**** void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number);  se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.
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*mrcFFTCTFCompensation.h
 
*mrcFFTCTFCompensation.h

2014年5月9日 (金) 04:58時点における版

機能別ライブラリ(API)一覧では、機能毎にＡＰＩを分類して示します。

GeneralクラスのAPI

一般的なツール

  • genUtil.h

Eosのため

  • Eos.h

特殊な値

  • SpecialNumber.h

ファイル

  • File.h

ソケット

  • Socket.h

PVM

  • PVM.h

記憶

  • Memory.h

文字列

  • String.h

ベクトル

配列(Array)

配列を取り扱うためのオブジェクトです。


３次元変換

３次元画像変換の為の4x4次元の配列です。

乱数

  • Random.h

クラスター

  • Cluster.h


結晶

  • Crystal.h

２次元地図

  • Map2D.h

AI（人工知能）

  • NeuralNet.h


並列化

eosPThread

eosCuda

DataManipクラスのAPI

mrcImageに関連したライブラリ

　mrcImageは、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体（クラス）により画像を取り扱っています。

入出力等の低水準ライブラリ

  • mrcImage.h: mrcImage型の画像を取り扱うための低水準API
  • mrcFFTCTFCompensation.h
  • mrcFFTInfo.h
  • mrcImageAssignedToTFofPDB.h
  • mrcImageAutoRotationCorrelation.h
  • mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
  • mrcImageCTFCompensation.h
  • mrcImageCTFObservation.h
  • mrcImageColoring.h
  • mrcImageCorrelation.h
  • mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
  • mrcImageCrystalCreate.h
  • mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
  • mrcImageFFT.h
  • mrcImageMasking.h
  • mrcImageModelCreate.h
  • mrcImageMultiCTFCompensation.h
  • mrcImageNoiseAdd.h
  • mrcImageNormalizing.h
  • mrcImagePVM.h
  • mrcImagePad.h
  • mrcImagePrint.h
  • mrcImagePrint3D.h
  • mrcImageProjection.h
  • mrcImagePut3D.h
  • mrcImageROI.h
  • mrcImageRotation.h
  • mrcImageSN.h
  • mrcImageShift.h
  • mrcImageShrink.h
  • mrcImageSmoothing.h
  • mrcImageTwoImageTest.h
  • mrcImageUnbentROI.h
  • mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
  • mrcImageWindowing.h
  • mrcImagefuncmin.h
  • mrcRefUtil.h
  • lmrcFETnormalizeBySD.h
  • lmrcFFTExpression.h
  • lmrcFFTInfo.h
  • lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
  • lmrcImage3DWindowing.h
  • lmrcImageAddValue.h
  • lmrcImageAsProbability.h
  • lmrcImageAverage.h
  • lmrcImageBinarization.h
  • lmrcImageBoundaryInfo.h
  • lmrcImageCTFCompensation.h
  • lmrcImageCTFDetemination.h
  • lmrcImageCTFDetermination.h
  • lmrcImageCalcArea.h
  • lmrcImageCentre.h
  • lmrcImageClusterAnalysis.h
  • lmrcImageCommonLine.h
  • lmrcImageConectivityNumberCalc.h
  • lmrcImageConnection.h
  • lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
  • lmrcImageContourSurface.h
  • lmrcImageContraction.h
  • lmrcImageCorrelation.h
  • lmrcImageCrystalCreate.h
  • lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
  • lmrcImageDataStraightCopy.h
  • lmrcImageDensity.h
  • lmrcImageDensityInverse.h
  • lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
  • lmrcImageDistanceConversion.h
  • lmrcImageEdge.h
  • lmrcImageEdgeAverage.h
  • lmrcImageFOMCalc.h
  • lmrcImageFeatureExtraction.h
  • lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
  • lmrcImageFilterCreate.h
  • lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
  • lmrcImageFourierShellCorrelation.h
  • lmrcImageLabeling.h
  • lmrcImageMasking.h
  • lmrcImageMirroring.h
  • lmrcImageModeChange.h
  • lmrcImageModelCreate.h
  • lmrcImageMontage.h
  • lmrcImageMove.h
  • lmrcImageMultiplying.h
  • lmrcImageNormalizing.h
  • lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
  • lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
  • lmrcImagePad.h
  • lmrcImagePartImageSegmentation.h
  • lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
  • lmrcImagePosterization.h
  • lmrcImagePrint.h
  • lmrcImageProjection.h
  • lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
  • lmrcImageROI2D.h
  • lmrcImageROI3D.h
  • lmrcImageRadialDistribution.h
  • lmrcImageRhoFiltering.h
  • lmrcImageSSDA.h
  • lmrcImageSamplingUnitChange.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
  • lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
  • lmrcImageSigmaCalculate.h
  • lmrcImageSinogram.h
  • lmrcImageSinogramFFT.h
  • lmrcImageSolventFlattening.h
  • lmrcImageSphere.h
  • lmrcImageSplit.h
  • lmrcImageStudentCalculate.h
  • lmrcImageSubtractionCalc.h
  • lmrcImageSummationCalculate.h
  • lmrcImageSymmetryFind.h
  • lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
  • lmrcImageTriming.h
  • lmrcImageVolumeCalc.h
  • lmrcImageWindowing.h
  • lmrcImagesStatDataGet.h
  • lmrcNeuralNet.h
  • lmrcSinogramFET.h
  • lmrcSinogramFETcalcWeight.h
  • lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
  • lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
  • lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
  • lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
  • lmrc2Dto3D.h
  • lmrc3Dto2D.h
  • lAllCommonLineCalculation.h
  • lCommonLineCalculation.h
  • lDescartesIntoPolar.h
  • lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
  • lFETOrientationSearchByAnnealing.h
  • lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
  • lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
  • lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h

ctfInfoに関連したAPI群

  • ctfInfo.h
  • ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
  • ctfInfoWrite2.h
  • ctfZeroPoint.h
  • lctfDetermination.h
  • lastigmatismDetection.h

画像フォーマット変換用

  • mrc2hdf.h
  • mrc2map.h
  • dsn6File.h
  • tgaFile.h
  • tiff.h
  • tiffio.h
  • mapFile.h
  • DCDFile.h
  • largeIP.h
  • IMAGIC.h
  • emData.h
  • RefUtil.h


らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群

  • llData.h
  • llDataPVM.h
  • lll2ltlg.h
  • lllDataAxisSearch.h
  • lllDataCTF.h
  • lllDataCTFCompensate.h
  • lllDataCTFCompensation.h
  • lllDataCompare.h
  • lllDataContributionCalcDifferentN.h
  • lllDataDifferenceCalc.h
  • lllDataEquatorAdd.h
  • lllDataExtract.h
  • lllDataFit.h
  • lllDataFitAndAverage.h
  • lllDataFitParamInverse.h
  • lllDataLowPassFiltering.h
  • lllDataMergeDifferentN.h
  • lllDataRescaling.h
  • lllDatarMaxLimit.h
  • lllExtract.h
  • lllExtractCtfinfFileCreate.h
  • lllExtractdYEstimate.h
  • lltlg2mrc.h
  • ltlgData.h

PDBに関連したライブラリ

  • pdbFile.h
  • pdbInfoGet.h
  • lpdb2mrcInfo.h
  • lpdbCoord.h
  • lpdbCoordInfo.h
  • lpdbSelectedAtom.h
  • lpdbSurface.h


pdbFile.h

pdbFileRead.c

extern void pdbFileRead(FILE* fpt, pdbFile* pdb);

pdbFileWrite.c

extern void pdbFileWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileWriteCoord(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileTableWrite(FILE* fpt, pdbFile* pdb); extern void pdbFileWriteSecondaryStructure(FILE* fpt, pdbFileSecondaryStructure* second);

DataExpressクラスのAPI

Tcl/Tk/VTKに関するAPI

  • tkImgFmtMRC.h
  • tkctfInfo.h
  • vtkAdditionalCommandForEos.hh
  • vtkemDataImageReader.hh
  • vtkmrcImageReader.hh
  • vtkmrcImageWriter.hh
  • ActorMaker.hh
  • eosAxisSource.hh
  • eosAxisSource0905.hh
  • eosDataPicker.hh
  • eosInteractorMyStyle.hh
  • eosInteractorStyleStereo.hh
  • eosStereoModeOn.hh
  • eosStereoRenderer.hh
  • eosStereoWindow.hh
  • eosTclNewCommandCreate.hh
  • DataBase.hh
  • DataBaseCorba.h
  • DataBaseCorbaBank.hh
  • DataBaseCorbaImpl.hh
  • DataBaseCorbaManager.hh
  • DataBaseJournal.hh
  • DataBaseMaker.hh
  • DataBaseNote.hh
  • DataSearcher.hh
  • DataStore.hh
  • FigureFactory.hh
  • FunctionMode.hh
  • HomologyStore.hh
  • PickedDataStore.hh
  • Property.hh
  • PropertyTcl.hh
  • ShapeMaker.hh

ポストスクリプトファイルに対するAPI

  • psFile.h


等高線

  • Contour.h

ALSA（音源）

  • alsa.h

OpenGL

  • openGL.h

Molvieに関するAPI

  • molvieDefault.h
  • molvieDockDefault.h
  • molvieFlightDefault.h
  • molvieMrcViewerDefault.h
  • molvieProjectionDefault.h
  • molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
  • lmolvieProteinStatus.h
  • lmolvieViewer.h

AVSファイル

  • avsFile.h

gifファイル

  • gifFile.h
    • gif_lib.h


MachineManipクラスのAPI

電子顕微鏡HF2000の制御のためのAPI

  • hf2000.h
    • lhf2000LenzCurrent.h
    • lhf2000SepecimenPosition.h
    • lhf2000SpecimenPosition.h

未分類

  • DisplayListNumber.h


  • Test.h
  • aa.h


  • bar.h
  • marching_cubes.h


  • keos_proc.h
  • khorosData.h
  • lFRET.h
  • lLcalculation.h
  • nr2.h
  • fft2d.h
  • fftn.h
  • transform.h
  • powerspectraTangentLine.h

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