「機能別ライブラリ(API)一覧」の版間の差分
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*mrc2hdf.h | *mrc2hdf.h | ||
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+ | *tgaFile.h | ||
+ | *tiff.h | ||
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+ | *mapFile.h | ||
+ | *DCDFile.h | ||
+ | *largeIP.h | ||
+ | *avsFile.h | ||
+ | *IMAGIC.h | ||
+ | *emData.h | ||
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=== 画像処理一般のライブラリ === | === 画像処理一般のライブラリ === | ||
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*lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h | *lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h | ||
*lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h | *lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h | ||
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*lAllCommonLineCalculation.h | *lAllCommonLineCalculation.h | ||
*lCommonLineCalculation.h | *lCommonLineCalculation.h | ||
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*lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h | *lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h | ||
*lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h | *lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h | ||
− | * | + | |
− | * | + | == ctfInfoに関連したAPI群 == |
− | * | + | *ctfInfo.h |
− | * | + | *ctfDeterminationFromPhaseComparison.h |
+ | *ctfInfoWrite2.h | ||
+ | *ctfZeroPoint.h | ||
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− | * | + | *lastigmatismDetection.h |
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+ | == らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群 == | ||
*llData.h | *llData.h | ||
*llDataPVM.h | *llDataPVM.h | ||
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*lllExtractdYEstimate.h | *lllExtractdYEstimate.h | ||
*lltlg2mrc.h | *lltlg2mrc.h | ||
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+ | == PDBに関連したライブラリ == | ||
+ | *pdbFile.h | ||
+ | *pdbInfoGet.h | ||
*lpdb2mrcInfo.h | *lpdb2mrcInfo.h | ||
*lpdbCoord.h | *lpdbCoord.h | ||
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*lpdbSelectedAtom.h | *lpdbSelectedAtom.h | ||
*lpdbSurface.h | *lpdbSurface.h | ||
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− | * | + | = DataExpressクラスのAPI = |
− | * | + | == Tcl/Tk/VTKに関するAPI == |
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+ | *tkctfInfo.h | ||
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+ | *DataBaseCorbaManager.hh | ||
+ | *DataBaseJournal.hh | ||
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+ | *DataBaseNote.hh | ||
+ | *DataSearcher.hh | ||
+ | *DataStore.hh | ||
+ | *FigureFactory.hh | ||
+ | *FunctionMode.hh | ||
+ | *HomologyStore.hh | ||
+ | *PickedDataStore.hh | ||
+ | *Property.hh | ||
+ | *PropertyTcl.hh | ||
+ | *ShapeMaker.hh | ||
+ | == Postsrcript File== | ||
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+ | == Molvieに関するAPI == | ||
*molvieDefault.h | *molvieDefault.h | ||
*molvieDockDefault.h | *molvieDockDefault.h | ||
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*molvieMrcViewerDefault.h | *molvieMrcViewerDefault.h | ||
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+ | = 未分類 = | ||
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+ | |||
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+ | *aa.h | ||
+ | *alsa.h | ||
+ | |||
+ | *bar.h | ||
+ | *marching_cubes.h | ||
*openGL.h | *openGL.h | ||
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− | * | + | *khorosData.h |
− | * | + | |
− | * | + | *lFRET.h |
− | * | + | *lLcalculation.h |
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− | * | + | *nr2.h |
+ | *fft2d.h | ||
+ | *fftn.h | ||
*transform.h | *transform.h | ||
+ | |||
+ | *powerspectraTangentLine.h |
2012年10月22日 (月) 11:01時点における版
機能別ライブラリ(API)一覧では、機能毎にAPIを分類して示します。
目次
GeneralクラスのAPI
DataManipクラスのAPI
mrcImageに関連したライブラリ
mrcImageは、Eosにおける標準画像形式です。画像フォーマットとしてファイルの形式に対応しているだけではなく、全てのコマンド内でこの形式の構造体(クラス)により画像を取り扱っています。
入出力等の低水準ライブラリ
- mrcImage型の画像を取り扱うための低水準API:mrcImage.h
初期化
- extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);
- extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
- extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);
- extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);
- extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);
- extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);
ファイルの読み込み
- extern mrcStatusType mrcFileRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
ファイルの書き出し
- extern mrcStatusType mrcFileWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
- define mrcFileWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,0)
- define mrcImageWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,1)
- define mrcHeaderWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,2)
- define mrcTailerWriteModeGet(x) BYTE4GETBYTE(x,3)
- define mrcFileWriteMode_InfoPrint 1
- define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2
- extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);
画素のデータの取得
- ピクセル単位での画素データの取得
extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */, mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */, mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */, double* data, mrcPixelDataType mode, mrcPixelDataHowToGet how);
- オングストローム単位での画素データの取得
extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */, mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */, mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */, double* data,
mrcPixelDataType mode,
mrcPixelDataHowToGet how);
- インライン型関数の画素データの取得
- extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
- extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
- extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)
画素のデータの設定
- ピクセル単位の画素データの設定
extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);
画像フォーマット変換用
- mrc2hdf.h
- mrc2map.h
- dsn6File.h
- gifFile.h
- gif_lib.h
- tgaFile.h
- tiff.h
- tiffio.h
- mapFile.h
- DCDFile.h
- largeIP.h
- avsFile.h
- IMAGIC.h
- emData.h
- RefUtil.h
画像処理一般のライブラリ
- mrcFFTCTFCompensation.h
- mrcFFTInfo.h
- mrcImageAssignedToTFofPDB.h
- mrcImageAutoRotationCorrelation.h
- mrcImageAutoRotationCorrelationResultPrint.h
- mrcImageCTFCompensation.h
- mrcImageCTFObservation.h
- mrcImageColoring.h
- mrcImageCorrelation.h
- mrcImageCorrelationWithCTFCompensation.h
- mrcImageCrystalCreate.h
- mrcImageEnhancementWithFuzzySets.h
- mrcImageFFT.h
- mrcImageMasking.h
- mrcImageModelCreate.h
- mrcImageMultiCTFCompensation.h
- mrcImageNoiseAdd.h
- mrcImageNormalizing.h
- mrcImagePVM.h
- mrcImagePad.h
- mrcImagePrint.h
- mrcImagePrint3D.h
- mrcImageProjection.h
- mrcImagePut3D.h
- mrcImageROI.h
- mrcImageRotation.h
- mrcImageSN.h
- mrcImageShift.h
- mrcImageShrink.h
- mrcImageSmoothing.h
- mrcImageTwoImageTest.h
- mrcImageUnbentROI.h
- mrcImageUnexpectedMassFromPDB.h
- mrcImageWindowing.h
- mrcImagefuncmin.h
- mrcRefUtil.h
- lmrcFETnormalizeBySD.h
- lmrcFFTExpression.h
- lmrcFFTInfo.h
- lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection.h
- lmrcImage3DWindowing.h
- lmrcImageAddValue.h
- lmrcImageAsProbability.h
- lmrcImageAverage.h
- lmrcImageBinarization.h
- lmrcImageBoundaryInfo.h
- lmrcImageCTFCompensation.h
- lmrcImageCTFDetemination.h
- lmrcImageCTFDetermination.h
- lmrcImageCalcArea.h
- lmrcImageCentre.h
- lmrcImageClusterAnalysis.h
- lmrcImageCommonLine.h
- lmrcImageConectivityNumberCalc.h
- lmrcImageConnection.h
- lmrcImageConnectivityNumberCalc.h
- lmrcImageContourSurface.h
- lmrcImageContraction.h
- lmrcImageCorrelation.h
- lmrcImageCrystalCreate.h
- lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage.h
- lmrcImageDataStraightCopy.h
- lmrcImageDensity.h
- lmrcImageDensityInverse.h
- lmrcImageDensityNormalizationByImage.h
- lmrcImageDistanceConversion.h
- lmrcImageEdge.h
- lmrcImageEdgeAverage.h
- lmrcImageFOMCalc.h
- lmrcImageFeatureExtraction.h
- lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead.h
- lmrcImageFilterCreate.h
- lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation.h
- lmrcImageFourierShellCorrelation.h
- lmrcImageLabeling.h
- lmrcImageMasking.h
- lmrcImageMirroring.h
- lmrcImageModeChange.h
- lmrcImageModelCreate.h
- lmrcImageMontage.h
- lmrcImageMove.h
- lmrcImageMultiplying.h
- lmrcImageNormalizing.h
- lmrcImageOneLineSimilarityCalc.h
- lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization.h
- lmrcImagePad.h
- lmrcImagePartImageSegmentation.h
- lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage.h
- lmrcImagePosterization.h
- lmrcImagePrint.h
- lmrcImageProjection.h
- lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage.h
- lmrcImageROI2D.h
- lmrcImageROI3D.h
- lmrcImageRadialDistribution.h
- lmrcImageRhoFiltering.h
- lmrcImageSSDA.h
- lmrcImageSamplingUnitChange.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet.h
- lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet.h
- lmrcImageSigmaCalculate.h
- lmrcImageSinogram.h
- lmrcImageSinogramFFT.h
- lmrcImageSolventFlattening.h
- lmrcImageSphere.h
- lmrcImageSplit.h
- lmrcImageStudentCalculate.h
- lmrcImageSubtractionCalc.h
- lmrcImageSummationCalculate.h
- lmrcImageSymmetryFind.h
- lmrcImageTransformDescartesIntoPolar.h
- lmrcImageTriming.h
- lmrcImageVolumeCalc.h
- lmrcImageWindowing.h
- lmrcImagesStatDataGet.h
- lmrcNeuralNet.h
- lmrcSinogramFET.h
- lmrcSinogramFETcalcWeight.h
- lmrcSinogramFETcorrelationMap.h
- lmrcSinogramFETnormalizedMap.h
- lmrcSinogramFETreferredCorrelation.h
- lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching.h
- lmrc2Dto3D.h
- lmrc3Dto2D.h
- lAllCommonLineCalculation.h
- lCommonLineCalculation.h
- lDescartesIntoPolar.h
- lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine.h
- lFETOrientationSearchByAnnealing.h
- lFETOrientationSearchByFeatureAlignment.h
- lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting.h
- lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization.h
ctfInfoに関連したAPI群
- ctfInfo.h
- ctfDeterminationFromPhaseComparison.h
- ctfInfoWrite2.h
- ctfZeroPoint.h
- lctfDetermination.h
- lastigmatismDetection.h
らせん対称性をもちいた三次元再構成のためのAPI群
- llData.h
- llDataPVM.h
- lll2ltlg.h
- lllDataAxisSearch.h
- lllDataCTF.h
- lllDataCTFCompensate.h
- lllDataCTFCompensation.h
- lllDataCompare.h
- lllDataContributionCalcDifferentN.h
- lllDataDifferenceCalc.h
- lllDataEquatorAdd.h
- lllDataExtract.h
- lllDataFit.h
- lllDataFitAndAverage.h
- lllDataFitParamInverse.h
- lllDataLowPassFiltering.h
- lllDataMergeDifferentN.h
- lllDataRescaling.h
- lllDatarMaxLimit.h
- lllExtract.h
- lllExtractCtfinfFileCreate.h
- lllExtractdYEstimate.h
- lltlg2mrc.h
- ltlgData.h
PDBに関連したライブラリ
- pdbFile.h
- pdbInfoGet.h
- lpdb2mrcInfo.h
- lpdbCoord.h
- lpdbCoordInfo.h
- lpdbSelectedAtom.h
- lpdbSurface.h
DataExpressクラスのAPI
Tcl/Tk/VTKに関するAPI
- tkImgFmtMRC.h
- tkctfInfo.h
- vtkAdditionalCommandForEos.hh
- vtkemDataImageReader.hh
- vtkmrcImageReader.hh
- vtkmrcImageWriter.hh
- ActorMaker.hh
- eosAxisSource.hh
- eosAxisSource0905.hh
- eosDataPicker.hh
- eosInteractorMyStyle.hh
- eosInteractorStyleStereo.hh
- eosStereoModeOn.hh
- eosStereoRenderer.hh
- eosStereoWindow.hh
- eosTclNewCommandCreate.hh
- DataBase.hh
- DataBaseCorba.h
- DataBaseCorbaBank.hh
- DataBaseCorbaImpl.hh
- DataBaseCorbaManager.hh
- DataBaseJournal.hh
- DataBaseMaker.hh
- DataBaseNote.hh
- DataSearcher.hh
- DataStore.hh
- FigureFactory.hh
- FunctionMode.hh
- HomologyStore.hh
- PickedDataStore.hh
- Property.hh
- PropertyTcl.hh
- ShapeMaker.hh
Postsrcript File
- psFile.h
Molvieに関するAPI
- molvieDefault.h
- molvieDockDefault.h
- molvieFlightDefault.h
- molvieMrcViewerDefault.h
- molvieProjectionDefault.h
- molvieViewerDefault.h*lmolvie.h
- lmolvieProteinStatus.h
- lmolvieViewer.h
GeneralクラスのAPI
- Array.h
- Cluster.h
- Contour.h
- Crystal.h
- File.h
- Map2D.h
- Matrix3D.h
- Memory.h
- Vector.h
- genUtil.h
- Random.h
- Socket.h
- String.h
- NeuralNet.h
- PVM.h
- SpecialNumber.h
MachineManipクラスのAPI
- hf2000.h
- lhf2000LenzCurrent.h
- lhf2000SepecimenPosition.h
- lhf2000SpecimenPosition.h
未分類
- DisplayListNumber.h
- Eos.h
- Test.h
- aa.h
- alsa.h
- bar.h
- marching_cubes.h
- openGL.h
- keos_proc.h
- khorosData.h
- lFRET.h
- lLcalculation.h
- nr2.h
- fft2d.h
- fftn.h
- transform.h
- powerspectraTangentLine.h