画像フォーマット変換
提供: Eospedia
電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。
Eosにおけるファイル変換
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc
課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff
課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif
3.その他のツール
- MRCからの変換
- mrc2dsn6
- mrc2fld
- MRCからGIFへの変換(グレースケール):mrc2gif
- mrc2hdf
- mrc2lattice
- mrc2map
- mrc2pov
- mrc2tiff
- mrc2viff
- MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):mrcImageColoring
- MRCへの変換
- その他
EosにおけるMRCファイルフォーマット
注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。
- Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート
一般的な注意
Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。
- Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
- CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
- コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。
Chimeraに対応させたいとき
A, B, G: 90 90 90 C, R, S: 1 2 3 これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。
AVIZOに対応させたいとき
拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。