「統合コマンド」の版間の差分

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(参照像の作成)
(統合コマンド一覧 )
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[[Eos]]が提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつ[[PIONE]]での記述も提供します。
 
[[Eos]]が提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつ[[PIONE]]での記述も提供します。
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===[[画像補正]]===
 
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====[[CTF補正|CTFの補正]]====
 
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===[[単粒子解析]]===
 
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====[[2次元画像の分類|2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得]]====
 
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=====[[クラスター解析]]=====
 
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実行例1: [[:Media:Makefile-Cluster.zip]]<br>
 
実行例1: [[:Media:Makefile-Cluster.zip]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#クラスター解析]](コマンド例は段落末尾に記載)<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#クラスター解析]](コマンド例は段落末尾に記載)<br>
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====[[3次元再構成1|リファレンスがある場合の3次元再構成]]====
 
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=====参照像の作成=====
 
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PCAを使った場合: [[:Media:Makefile-Ref.zip]]<br>
 
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*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](上段)<br>
 
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PDBファイルを使った場合: [[:Media:Makefile-Ref1.zip]]<br>
 
PDBファイルを使った場合: [[:Media:Makefile-Ref1.zip]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](下段)<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](下段)<br>
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[[:ファイル:Makefile-Reconstrucion1.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Mediafile-Reconstrucion0.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Reconstruction.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Radon.zip]]<br>
 
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====[[3次元再構成2|らせん単粒子解析]]====
 
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===[[電子線トモグラフィー]]===
 
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====[[3次元再構成3|複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法]]====
 
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[[:ファイル:Makefile-Tomogram.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Tomogram4.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Tomogram5.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Tomogram6.zip]]<br>
 
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[[:ファイル:Makefile-Tomogram7.zip]]<br>
 
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===[[らせん対称性解析]]===
 
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====[[3次元再構成4|らせん対称性を利用した3次元再構成]]====
 
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===[[2次元画像処理]]===
 
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===[[3次元画像処理]]===
 
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===[[分解能解析]]===
 
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===[[モデリング]]===
 
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2014年8月5日 (火) 02:37時点における版

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正


CTFの補正


単粒子解析


2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得


クラスター解析

実行例1: Media:Makefile-Cluster.zip


リファレンスがある場合の3次元再構成


参照像の作成

PCAを使った場合: Media:Makefile-Ref.zip

PDBファイルを使った場合: Media:Makefile-Ref1.zip

ファイル:Makefile-Reconstrucion1.zip

ファイル:Mediafile-Reconstrucion.zip

ファイル:Mediafile-Reconstrucion0.zip

ファイル:Mediafile-Reconstrucion1.zip

ファイル:Mediafile-Reconstrucion3.zip

ファイル:Mediafile-Reconstrucion4.zip

ファイル:Makefile-Reconstruction.zip

ファイル:Makefile-Radon.zip

らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー


複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

ファイル:Makefile-Tomogram.zip

ファイル:Makefile-Tomogram1.zip

ファイル:Makefile-Tomogram2.zip

ファイル:Makefile-Tomogram3.zip

ファイル:Makefile-Tomogram4.zip

ファイル:Makefile-Tomogram5.zip

ファイル:Makefile-Tomogram6.zip

ファイル:Makefile-Tomogram7.zip

らせん対称性解析


らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング