「統合コマンド」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(3次元再構成の繰り返し処理)
(3次元再構成の繰り返し処理)
行30: 行30:
  
 
=====3次元再構成の繰り返し処理=====
 
=====3次元再構成の繰り返し処理=====
[[:ファイル:Mediafile-Reconstrucion.zip]]<br>
 
 
[[:ファイル:Mediafile-Reconstrucion1.zip]]<br>
 
 
 
1軸回転: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip]]<br>
 
1軸回転: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例1(1軸回転)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例1(1軸回転)]]<br>
 +
*旧バージョン:[[:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip]]
 +
*旧バージョン2:[[:Media:Makefile-Reconstruction.zip]](上記と全く同じファイル)
  
 
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Makefile-Reconstrucion1.zip]]<br>
 
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Makefile-Reconstrucion1.zip]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)]]<br>
 
[[:ファイル:Mediafile-Reconstrucion3.zip]]<br>
 
  
 
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip]]<br>
 
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例3(2軸回転)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例3(2軸回転)]]<br>
 
+
*旧バージョン: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip]](参照像の体積調整などに未対応)
[[:ファイル:Makefile-Reconstruction.zip]]<br>
+
 
<br>
 
<br>
  

2014年8月5日 (火) 07:31時点における版

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正


単粒子解析

2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: Media:Makefile-Cluster.zip


リファレンスがある場合の3次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: Media:Makefile-Ref.zip

PDBファイルを使った場合: Media:Makefile-Ref1.zip


3次元再構成

ラドン変換を利用した場合: Media:Makefile-Radon.zip


3次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Makefile-Reconstrucion1.zip

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip


らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

ファイル:Makefile-Tomogram.zip

ファイル:Makefile-Tomogram1.zip

ファイル:Makefile-Tomogram2.zip

ファイル:Makefile-Tomogram3.zip

ファイル:Makefile-Tomogram4.zip

ファイル:Makefile-Tomogram5.zip

ファイル:Makefile-Tomogram6.zip

ファイル:Makefile-Tomogram7.zip

らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング