「統合コマンド」の版間の差分

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	*使用方法3(３次元再構成): [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)]]<br>		*使用方法3(３次元再構成): [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)]]<br>
−	ファイン・アラインメント: [[:Media:Makefile-Tomogram1.zip]]<br>	+	ファイン・アラインメント: ([[:Media:Makefile-Tomogram1.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography1/?format=zip 全ファイル])<br>
	*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)]]<br>		*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)]]<br>

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2014年8月11日 (月) 06:55時点における版

統合コマンド一覧　

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正

単粒子解析

２次元画像の分類（クラスター解析）と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: Media:Makefile-Cluster.zip

• 使用方法: 単粒子解析#クラスター解析(コマンド例は段落末尾に記載)
  

リファレンスがある場合の３次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: Media:Makefile-Ref.zip

• 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(上段)
  

PDBファイルを使った場合: Media:Makefile-Ref1.zip

• 使用方法: 単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合(下段)
  

３次元再構成

mrc2Dto3Dを使用した場合: Media:Mediafile-Reconstrucion.zip

• 使用方法: 単粒子解析#３次元再構成
  
• 補足:参照付投影角度決定#演習に利用したMakefileの内容を少し変更している。
  

ラドン変換を利用した場合: Media:Makefile-Radon.zip

• 使用方法: 単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)
  

３次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip

• 使用方法: 単粒子解析#実行例1(1軸回転)
  
• 旧バージョン:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip
• 旧バージョン2:Media:Makefile-Reconstruction.zip(上記と全く同じファイル)

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Makefile-Reconstrucion1.zip

• 使用方法: 単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)
  

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip

• 使用方法: 単粒子解析#実行例3(２軸回転)
  
• 旧バージョン: Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip(参照像の体積調整などに未対応)

らせん単粒子解析

電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

３次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

• 使用方法1(前処理): 電子線トモグラフィー#前処理(窓関数)
  
• 使用方法2(位置合わせ): 電子線トモグラフィー#位置合わせ
  
• 使用方法3(３次元再構成): 電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)
  

ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)

• 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)
  

ファイン・アラインメント(繰り返し): Media:Makefile-Tomogram2.zip

• 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例2(傾斜軸の繰り返し調整)
  

３次元再構成(2軸傾斜): Media:Makefile-Tomogram6.zip

• 使用方法1: 電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜での再構成)
  
• 使用方法2(Double): 電子線トモグラフィー#実行例3(Doubleを使用した2軸傾斜での再構成)
  

３次元再構成(ラドン変換): Media:Makefile-Tomogram7.zip

• 使用方法: 電子線トモグラフィー#ラドン変換を使った３次元再構成で実行
  
• 旧バージョン: Media:Makefile-Tomogram3.zip(ファイルからの角度情報の読み出しに未対応)
  

セグメンテーションとサブトモグラム

1軸傾斜: Media:Makefile-Tomogram4.zip

• 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜のサブトモグラム)
  

2軸傾斜: Media:Makefile-Tomogram5.zip

• 使用方法: 電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜のサブトモグラム)
  

らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成

２次元画像処理

3次元画像処理

分解能解析

FRET解析

モデリング