「統合コマンド」の版間の差分

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(セグメンテーションとサブトモグラム)
(3次元再構成)
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=====3次元再構成=====
 
=====3次元再構成=====
 
[[mrc2Dto3D]]を使用した場合: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion.zip]]<br>
 
[[mrc2Dto3D]]を使用した場合: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion.zip]]<br>
*使用方法: [[単粒子解析#3次元再構成]]<br>
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*使用方法: [[単粒子解析#3次元像を再構成する]]<br>
 
*補足:[[参照付投影角度決定#演習に利用したMakefile]]の内容を少し変更している。<br>
 
*補足:[[参照付投影角度決定#演習に利用したMakefile]]の内容を少し変更している。<br>
  

2014年8月21日 (木) 07:45時点における版

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正


単粒子解析

2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: Media:Makefile-Cluster.zip


リファレンスがある場合の3次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: Media:Makefile-Ref.zip

PDBファイルを使った場合: Media:Makefile-Ref1.zip


3次元再構成

mrc2Dto3Dを使用した場合: Media:Mediafile-Reconstrucion.zip

ラドン変換を利用した場合: Media:Makefile-Radon.zip


3次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Makefile-Reconstrucion1.zip

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip


らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

3次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(ラドン変換): Media:Makefile-Tomogram7.zip

セグメンテーションとサブトモグラム

1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング