「統合コマンド」の版間の差分

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(3次元再構成)
(3次元再構成)
 
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===[[画像補正]]===
 
===[[画像補正]]===
 
====[[CTF補正|CTFの補正]]====
 
====[[CTF補正|CTFの補正]]====
 +
複数の[[tiff]]ファイルに[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection1/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[CTF補正#例1 Makefileを使ったCTF補正]]<br>
 +
入力ファイルを作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection2.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection2/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法1: [[CTF補正#例2 Makefileを使ったCTF補正2]]<br>
 +
*使用方法2: [[CTF補正#例3 ジーメンススターでCTFの影響を確認する]]<br>
 +
*使用方法3: [[CTF補正#例4 ノイズを含んだ画像でのCTFの影響]]<br>
 +
同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する:  ([[:Media:Makefile-CTFCorrection4.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection4/ 全ファイル])<br>
 +
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 ([[:Media:Makefile-LoopCommand.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/TIPS/LoopCommand/ 全ファイル])
 +
*使用方法: [[CTF補正#例5 デフォーカス毎の画像の違い]]<br>
 +
同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成して[[CTF補正]]を行う: ([[:Media:Makefile-CTFCorrection3.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/CTFCorrection/CTFCorrection3/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法1: [[CTF補正#例6 デフォーカスの異なる画像の平均化]]<br>
 +
*使用方法2: [[CTF補正#例7 デフォーカスの異なる画像の平均化2]]<br>
 
<br>
 
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====[[2次元画像の分類|2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得]]====
 
====[[2次元画像の分類|2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得]]====
 
=====[[クラスター解析]]=====
 
=====[[クラスター解析]]=====
実行例1: [[:Media:Makefile-Cluster.zip]]<br>
+
実行例1: ([[:Media:Makefile-Cluster.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/2DClustering/2DClustering1/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#クラスター解析]](コマンド例は段落末尾に記載)<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#クラスター解析]](コマンド例は段落末尾に記載)<br>
 
<br>
 
<br>
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====[[3次元再構成1|リファレンスがある場合の3次元再構成]]====
 
====[[3次元再構成1|リファレンスがある場合の3次元再構成]]====
 
=====参照像の作成=====
 
=====参照像の作成=====
PCAを使った場合: [[:Media:Makefile-Ref.zip]]<br>
+
PCAを使った場合: ([[:Media:Makefile-Ref.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/Reference0/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](上段)<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](上段)<br>
  
PDBファイルを使った場合: [[:Media:Makefile-Ref1.zip]]<br>
+
PDBファイルを使った場合: ([[:Media:Makefile-Ref1.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/Reference1/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](下段)<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#球・楕円体を参照像とする場合]](下段)<br>
 
<br>
 
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=====3次元再構成=====
 
=====3次元再構成=====
[[mrc2Dto3D]]を使用した場合: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion.zip]]<br>
+
[[mrc2Dto3D]]を使用した場合: ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction/ 全ファイル])<br>
*使用方法: [[単粒子解析#3次元再構成]]<br>
+
*使用方法: [[単粒子解析#3次元像を再構成する]]<br>
 
*補足:[[参照付投影角度決定#演習に利用したMakefile]]の内容を少し変更している。<br>
 
*補足:[[参照付投影角度決定#演習に利用したMakefile]]の内容を少し変更している。<br>
  
ラドン変換を利用した場合: [[:Media:Makefile-Radon.zip]]<br>
+
ラドン変換を利用した場合: ([[:Media:Makefile-Radon.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstructionRadon/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例6 (ラドン変換)]]<br>
 +
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 +
 +
[[PIONE]]の[[パッケージ]]によるコマンド:
 +
([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SampleCode/PIONE/Advanced1 PIONEパッケージ]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/base/blobs/master/Integration/SingleParticle/Makefile-fromKanae?export=raw 元Makefile])<br>
 +
*使用方法: [[PIONEチュートリアル#応用4(単粒子解析)]]
 +
*補足: [[電子顕微鏡画像]](.roi)ファイルから[[参照画像]]の2Dスタック(.stack)を利用して3次元画像を作成する。<br>
 +
*補足2: 相関マップ作成の際にサイズを1/8にした画像を用いることで時間短縮を可能としている。<br>
 
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=====3次元再構成の繰り返し処理=====
 
=====3次元再構成の繰り返し処理=====
1軸回転: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip]]<br>
+
1軸回転: ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion0.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction0/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例1(1軸回転)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例1(1軸回転)]]<br>
 
*旧バージョン:[[:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip]]
 
*旧バージョン:[[:Media:Mediafile-Reconstrucion1.zip]]
 
*旧バージョン2:[[:Media:Makefile-Reconstruction.zip]](上記と全く同じファイル)
 
*旧バージョン2:[[:Media:Makefile-Reconstruction.zip]](上記と全く同じファイル)
  
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Makefile-Reconstrucion1.zip]]<br>
+
1軸回転(角度情報偏り改善ver.): ([[:Media:Makefile-Reconstrucion1.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction1/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例2(相関値を正規化して角度情報を得る)]]<br>
  
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): [[:Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip]]<br>
+
2軸回転(角度情報偏り改善ver.): ([[:Media:Mediafile-Reconstrucion4.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/SingleParticle/3DReconstruction4/ 全ファイル])<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例3(2軸回転)]]<br>
 
*使用方法: [[単粒子解析#実行例3(2軸回転)]]<br>
 
*旧バージョン: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip]](参照像の体積調整などに未対応)
 
*旧バージョン: [[:Media:Mediafile-Reconstrucion3.zip]](参照像の体積調整などに未対応)
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===[[電子線トモグラフィー]]===
 
===[[電子線トモグラフィー]]===
 
====[[3次元再構成3|複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法]]====
 
====[[3次元再構成3|複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法]]====
[[:ファイル:Makefile-Tomogram.zip]]<br>
+
3次元再構成(1軸傾斜): ([[:Media:Makefile-Tomogram.zip|Makefileのみ]]) ([https://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography0/ 全ファイル])<br>
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*使用方法1(前処理): [[電子線トモグラフィー#前処理(窓関数)]]<br>
 +
*使用方法2(位置合わせ): [[電子線トモグラフィー#位置合わせ]]<br>
 +
*使用方法3(3次元再構成): [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜での再構成)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram1.zip]]<br>
+
ファイン・アラインメント: ([[:Media:Makefile-Tomogram1.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography1/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(傾斜軸の調整)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram2.zip]]<br>
+
ファイン・アラインメント(繰り返し): ([[:Media:Makefile-Tomogram2.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography2/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例2(傾斜軸の繰り返し調整)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram3.zip]]<br>
+
3次元再構成(2軸傾斜): ([[:Media:Makefile-Tomogram6.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography6/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法1: [[電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜での再構成)]]<br>
 +
*使用方法2(Double): [[電子線トモグラフィー#実行例3(Doubleを使用した2軸傾斜での再構成)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram4.zip]]<br>
+
3次元再構成(ラドン変換):  ([[:Media:Makefile-Tomogram7.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography7/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[電子線トモグラフィー#ラドン変換を使った3次元再構成で実行]]<br>
 +
*旧バージョン: [[:Media:Makefile-Tomogram3.zip]](ファイルからの角度情報の読み出しに未対応)<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram5.zip]]<br>
+
====セグメンテーションとサブトモグラム====
 +
1軸傾斜: ([[:Media:Makefile-Tomogram4.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography4/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例1(1軸傾斜のサブトモグラム)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram6.zip]]<br>
+
2軸傾斜: ([[:Media:Makefile-Tomogram5.zip|Makefileのみ]]) ([http://sourceforge.jp/projects/eos/scm/git/tutorial/archive/master/Tomography/Tomography5/ 全ファイル])<br>
 +
*使用方法: [[電子線トモグラフィー#実行例2(2軸傾斜のサブトモグラム)]]<br>
  
[[:ファイル:Makefile-Tomogram7.zip]]<br>
 
 
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2015年1月27日 (火) 05:38時点における最新版

統合コマンド一覧 

Eosが提供している統合コマンドの一覧を示します。現在は、ほとんどMakefileもしくはbashで書かれています。少しずつPIONEでの記述も提供します。

画像補正

CTFの補正

複数のtiffファイルにCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

入力ファイルを作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカス毎のCTF補正画像を比較する: (Makefileのみ) (全ファイル)
上記のコマンドには右記のコマンドも必要です。 (Makefileのみ) (全ファイル)

同一視野でデフォーカスの異なる入力ファイルを2つ作成してCTF補正を行う: (Makefileのみ) (全ファイル)


単粒子解析

2次元画像の分類(クラスター解析)と平均像の獲得

クラスター解析

実行例1: (Makefileのみ) (全ファイル)


リファレンスがある場合の3次元再構成

参照像の作成

PCAを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

PDBファイルを使った場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


3次元再構成

mrc2Dto3Dを使用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)

ラドン変換を利用した場合: (Makefileのみ) (全ファイル)


PIONEパッケージによるコマンド: (PIONEパッケージ) (元Makefile)


3次元再構成の繰り返し処理

1軸回転: (Makefileのみ) (全ファイル)

1軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸回転(角度情報偏り改善ver.): (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん単粒子解析


電子線トモグラフィー

複数領域のROIのある電子線トモグラフィー法

3次元再構成(1軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント: (Makefileのみ) (全ファイル)

ファイン・アラインメント(繰り返し): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(2軸傾斜): (Makefileのみ) (全ファイル)

3次元再構成(ラドン変換): (Makefileのみ) (全ファイル)

セグメンテーションとサブトモグラム

1軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)

2軸傾斜: (Makefileのみ) (全ファイル)


らせん対称性解析

らせん対称性を利用した3次元再構成


2次元画像処理


3次元画像処理


分解能解析


FRET解析


モデリング